(一)卫生行政组织
行政院卫生署，这是台湾最高卫生行政机关，其前身为内政部卫生局，1971年才在行政院下成立卫生署。行政院卫生署成立后，才真正发挥公共卫生行政领导单位的功能。首任署长为颜春辉(1971年1月～1974年5月)，第二任为王金茂(1974年7月～1981年5月)，第三任为许子秋(1981年5月～1986年1月)，第四任为施纯仁(1986年1月～1990年6月)，现任署长为张博雅(1990年6月～)。於1982年卫生署扩大编制，设医政、药效、食品卫生、防疫、保健等五处、六室及中医药委员会。附属单位有药物食品检验局、预防医学研究所、麻醉药品经理处、检疫总所(於1987年7月1日成立，下设七个检疫分所及两个疫病监视中心)等。负责台湾、澎湖、金门、马祖各地区之卫生行政事务及医疗保险规划，并对各级地方卫生机关，负有业务指导、监督和协调的责任。
省、市卫生主管机关有台湾省政府卫生处、台北及高雄两院辖市，有市政府卫生局、分别负责策划、督导和执行公共卫生工作及医疗服务。
在县、及省辖市(区)方面则设有卫生局(所)。乡、镇及县辖市方面，各设有卫生所；山地、离岛及较偏远村落设有卫生室或保健站。为提升乡村医疗保健服务水准，方便当地民众就医，自1983年於偏远乡镇设立群体医疗执业中心，大力普及基层医疗保健组织，使台湾已基本形成一个健全的乡镇医疗网。
(二)医疗机构
1945年10月台湾光复后，地方政府将日据时期地方州、厅政府设立及日人私立医疗院所分别加以接管整理归并，改设为县、市立医院，负责各该地区民众诊疗业务。当时共计设置县、市立医院十一所，嗣后因应地方之需要及行政区域之划分，及台北市、高雄市改制为院辖市，以及部份县市立医院升格为省立医院，致历年间屡有增减。计1948年时，县市立医院增至十二所，1949年时增为十三所，1950年时为十七所，1951年减为八所，1955年至1967年间为九所，1968年迄1974年为七所。当时之七所县市立医院为基隆市立医院、南投县立医院、高雄县立凤山医院、高雄县立冈山医院、高雄市立医院等七所。其中，南投县立医院及台南县立新营医院分别于1980年及1975年升格为省立医院，高雄市立医院於1979年高雄市改制为院辖市后更名为高雄市立大同医院。
1961年8月，台北市卫生院改组为卫生局，1962年9月扩编，附属单位则有市立医院、妇产科医院、传染病医院各一所，及松山、等十个卫生所。1964年，原属警察主管之清洁大队亦移转由卫生局管辖。至此，台北市之卫生行政业务才具备完整规模。
1967年7月改制院辖市后，市区扩大，翌年七月将邻近市区的内湖等六乡镇划归台北市，卫生局也因而扩大组织编制，1990年7月起卫生所由十六区改为十二区，台北地区医疗保健设施日臻完善。
高雄市为台湾地区南部最大都市，为工商海港城市，1992年高雄市卫生院改组为高雄市(省辖市)卫生局。1979年，高雄市改制为院辖市，卫生局隶属市政府，并受行政院卫生署监督。
在二次大战期间，因属红十字会故未受战火波及，为日据末期迄光复时止最完整无缺的医院。1945年11月充为台湾大学医学院第二附设医院之用，嗣於1947年1月又为省卫生局接管，成为省立台北医院，1986年再由台北市接管改为市立中兴医院。
台北铁路医院，对铁路员工、旅客提供医疗服务。1986年改隶为台湾省卫生处所属台湾省立台北医院城区分院。
教会医院在台湾近、现代医疗史上占颇重要地位。新楼医院太平洋战争末期被日军征用，战争结束后停办。1950年在原址重新开办。1985年扩建，即现在的新楼医院。
马偕医院1961年院舍扩建三层楼建筑一栋，1972年4月淡水分院(淡水竹围)落成，1980年新建十三层六百病床病房大楼完工，1983年医疗大楼落成，成为现在的规模。马偕医院并於台东设分院，於1988年完工。台北总院为因应大量之病患，再行扩建，於1995年，将原旧院舍及三楼院舍全部拆除兴建医疗行政大楼，预计於1997年完工后，将成为台湾最大的基督教医院。彰化基督医院1952年兰大卫医师之子兰大弼医师(Dr.DavidLands-boroughJr.)来彰化基督教服务，1954年任院长，复兴院务。1963年兴建中华路院舍，扩充成为250床之现代医院。1980年接办二林基督教医院，成为彰化基督教医院二林分院。1983年筹建南部医疗中心，第一期完成於1986年，第二期於1992年完工启用，成为彰化基督教医院总院，病床数已达七百余张，蔚为台湾中部医学中心之一。
军事机关附设医院：1949年国民政府转进台湾后，为便利伤病官兵就医，各兵种均附设有军医院，其中较具规模的大型综合医院，如三军总医院、空军总医院、以及陆军医院、海军医院等。各医院医师素质及设备皆具相当水准。各军事机关附设医院，除经常为官兵医疗伤患外，并附设民众诊疗部，兼为一般民众服务。
荣民医院：行政院国军退除役官兵辅导委员会为照顾荣民就医，於1957年3月开始筹划设立荣民总医院於台北市石牌，1959年11月正式开院。
1994年底台湾地区之医疗机构包括公私立医疗院所总数的15738院所，其中医院825家(包括公立95家、私立730家)，诊所14913家(西医诊所8501家、中医1876家、牙医4536家)。基层医疗保健单位的卫生所有361家、卫生室510家。
(三)台湾之医事人员
1950年一月台湾全省开业医师：医师有2532名，乙种医师251名，计2783人。至同年十日为止，全省登记医师计有3371人，牙医师736人，护士1031人，助产士2672人，药剂师736人，护士8544人。台湾省各项医事人员执业者，计有医师4813人，牙医师804人，药剂师951人，助产士2093人，护士1588人，药剂生436人，中医师1674人，镶牙生232人，乙种医师82人，总计台湾地区共有十所医学院，十二所医事专校及十五所医事职校，每年约有1200余名药学系，350余名牙医学系，500余名医事技术学系，1200余名药学系及5000余名护士及助产士5000余名毕业生，故医事人员显著增加。
至1994年底，台湾地区各类执业医事人员共有114076人；其中，医师24455人(21.44%)、中医师2,833人(2.48%)、牙医师6973人(6.11%)、药师11025人(9.66%)、放射线技术师(±)1699人(1.49%)、护理师23270人(20.40%)、护士30464人(26.71%)、助产士905人(0.79%)、镶牙生122人(0.11%)。
1994年底台湾地区执业医事人员平均每万人计53.87人。每万人拥有医师12.89人(西医11.55、中医师1.34人)、牙医师3.29人、药师(生)8.86人。
(四)传染病防治
法定传染病
台湾地区目前有十二种法定传染病，包括霍乱、痢疾(阿米巴性与杆菌性)、伤寒及副伤寒、流行性脑脊髓炎、白喉、鼠疫、猩红热、斑疹伤寒、回归热、狂犬病、黄热病、后天免疫缺乏症候群等。
&应报告传染病
台湾省政府於1955年陆续发布百日咳、破伤风、小儿麻痹症、疟疾、日本脑炎及恙虫病等六种疾病为应报告之传染病，通令各卫生医疗机构，凡发现该等患者应即报告。自1974年行政院卫生署陆续增列应报告传染病多种，1974年增加开放性肺结核、结核性脑膜炎、麻疹、急性病毒性肝炎；1985年后天性免疫缺乏症候群列为应报告传染病，至1990年公布了爱滋病防治条例后该症候群即归类为法定传染病；1988年以后，增列登革热、德国麻疹(风疹)、先天性德国麻疹症候群、风湿热、癞病、腮腺炎、淋病及梅毒；1994年增列急性无力肢体麻痹症。
预防接种
对婴儿及学龄前儿童提供各项免费预防注射，如卡介苗、白喉、百日咳、破伤风混合疫苗、小儿麻痹疫苗、麻诊疫苗、B型肝炎疫苗、日本脑炎疫苗、德国麻疹、麻疹、腮腺炎混合疫苗等。1994年各种预防接种达8583千剂。其中以B型肝炎疫苗最多，小儿麻痹口服疫苗次之。
(五)主要疾病防治成果
寄生虫病防治：
1971年台湾省政府卫生处对全省四万余国小学童抽查结果，显示蠕虫感染率高达73%,其中蛔虫、钩虫约占55%以上，严重影响学童健康。拟定《台湾省学童肠内寄生虫病防治计划》。
疟疾之扑灭
甲午战后，台湾及澎湖列岛遭日本割据，1895年6月起，日本占领台湾整整半个世纪，这期间疟疾一直是最重要的地方病之一。根据正式统计数字，疟疾是1906～1951年排名第一的死亡原因。
光复后台湾防疟的活动始於1946年11月。继之於1947年又在中台湾的水里和北台湾的基隆设置野外研究站。1948年春，成立疟疾研究所於台北，隶属省卫生处，原设之野外研究站改组为分所。台湾之扑疟计划分成四个阶段：准备期(1946～1951)、防治期(1952～1957)、监视期(1959～1964)及保全期(1965～)。
1965年11月1日，台湾获得世界卫生组织之证明书，正式列人疟疾根除地区之名单。
结核病之防治
台湾光复初期，肺结核病为流行最广、危害最烈之一种疾病，1952年时，死亡率十万人口中91.56人，居十大死因第三位。1985年起，结核病已被排出十大死因之列，1986年起，死亡率降到每十万人口中十人以下。
本省於1952年开始推行卡介苗接种，至今已接种2400多万人次，目前每年接种约五十万人左右，婴幼儿约占60%，婴儿之接种率达九成以上，对婴幼儿大具意义。本省在60年代死於结核性脑膜炎之幼儿每年约有两百人以上，至七十年代中以后逐渐减少，每年仅有数人，此现象与卡介苗之接种率高应有相当程度的关系。
台湾之病毒性肝炎防治
台湾地区四十岁以上的居民，约有90%曾受乙型肝炎病毒(HBV)的感染。并且乙型肝炎表面抗原(HBsAg)阳性率平均18～19%，全民中平均14～15%。
鉴於乙型肝炎病毒感染为台湾地区重要之公共卫生问题，卫生署於1982～1986年度完成“加强乙型肝炎防治计划”，自1988～1992年度间实施第二期计划，自1993～1997年度间实施第三期计划。
乙型肝炎预防注射实施计划自1984年7月起开始办理，1985、1986年度注射对象对带原母亲之新生儿，於1987年度起除所有新生儿外，并逐年扩大推动注射对象，从学龄前幼儿、国小学童、青少年、以至成人并包括医护人员及带原者家属。
(六)医学教育
医学教育的改革由制度着手，首先废止了日式的讲座制，分别改组、合并设科。日据时代行之有年的讲座一旦改制，起初虽也曾遭遇一些阻力，但在台大校长傅斯年的强力主导下终于完成改制。同时，也建立了住院医师制度。对于台湾医学教育制度的改进刘瑞恒博士有很大的影响力。
从1949年开始，医学院和附设医院选派基础和临床各科人员出国深造，主要的进修国是美国。早期帮助台大医学院和附设医院人员出国进修的经费，很少来自政府教育主管机关，大多是仰赖外援机构的资助，包括：美国医药援华会(AmericanBureau for Medical Aid toChina，简称ABMAC刘瑞恒为驻台代表)、中国医药基金会(China MedicalBoard简称CMB)、世界卫生组织 (World HealthOrganization，简称WHO)，美援会等。这些机构在提升和培育台湾医学教育和医事人员方面有很大的贡献。
医科学生修业年限，日据时期原为四年制，接收后改为五年制，于1947年再改为六年制，直到1949年始改为七年制。第一、二年称医预科，设在台大理学院，自1966年起，才改隶医学院。医科于1973年更名为医学系。学生修业期满，考试及格后，授医学士学位。
台湾公私立医学院总共有十一所，其中公立者四所，私立者七所，以台湾大学医学院历史最悠久，己有百年历史。除台大医学院外，其他十所医学院依成立之先后为：国防医学院(1949)、高雄医学院(1954)、中国医药学院(1958)、台北医学院(1960)、中山医学院(1960)、阳明医学院(1975)、成功大学医学院(1983)、长庚医学院(1987)、辅仁大学医学院(1990)、及慈济医学院(1994)。
各医学院有共同的系所，也各有特有的系所，各具特点，向不同的方向发展。国防医学院培养军医，中国医药学院培养中医，中山医学院创校时以培养牙医，阳明医学院以培养基层医师为主。
学制因学系有所不同，医学及中医学系为七年制，牙医学系为六年，其他学系为四年，学士后医学及学士后中医学系为五年。
