中医基础理论除在固有理论体系范畴内不断有所发展外，同时由于西医学的传入，为中医学引进了一个参照系统和竞争对手，在对人体与疾病的认识方面吸收了部分西医的观点，一些新的概念或学说深入到人们思想中，例如生理、病理、解剖、诊断、细胞、组织、系统，以及神经、循环、呼吸、消化、分泌、生殖等。在基础理论方面出现了一批以“生理”、“病理”、“诊断”等命名的中医书籍和教材。l9世纪末直至20世纪40年代，否定中医主体文化、否定中医学的思潮对中医基本理论进行了冲击，中医界奋起应战（详见第五章第一节）。通过论争双方对中医基本理论的反复争辨与深入探讨，使中医界对于自身有了较为清醒的审视，认识到中西医学文化基础不同，出发点不同，方法不同，只能部分沟通，不能完全合并。中医学术自成体系，它有自己的理论范畴、实践经验和疗效证明，故始终有独立存在的价值。论争的结果，使中医理论体系得到了一次较全面的整理和较科学的诠释。
这一时期的脉学研究仍以祖述《内经》、《难经》、《脉经》、《伤寒论》等经典著作的脉学原理，结合后世名家有价值的论述和研究者个人读书临证心得体会如以阐扬和发挥为主要方式，出现了如周学海这样对诊断学文献进行系统整理，全面总结，并对脉学理论深入研究做出贡献的医家及其《脉学四种》等较高水平的著作。
舌诊是望诊的重要内容，在此期也不断得到发展。
1920年曹炳章(赤电)撰有《彩图辨舌指南》，本书有论有图，有治法有医案，兼列方药，内容较为完备。
