秦汉及以前的“伤寒”概念几乎是温热病的同义语。它在医学中所占的地位逐渐上升的，所包含的实际内容逐渐扩大，其理论系统也逐步趋向成熟。东汉时期，伤寒的辨证施治体系达到了中医临床医学的高峰。
《伤寒杂病论》中的伤寒学说较之《内经》《难经》有了长足进展。由于伤寒热病的猖厥流行，这使当时的医家必须重视时该病的研究。淳于意、华佗等均有关于热病治疗的论述。甘肃武威出土的汉代医简也记载有伤寒的病名及症状。当时大都从外感风寒立论，治疗多行温法。如《史记·扁鹊仓公列传》中“诊籍”就明确提出“为之液汤，火齐，逐热。一饮汗尽，再饮热去，三饮病已。”可见此时中医临床确已使用汤药来治疗伤寒热病了，当时医家的探索与经验积累为张仲景的研究提供了良好的条件。
当然，张仲景的成就不止是对当时经验的简单总结，而是加以系统化与提高，他的工作使当时比较散乱、比较粗糙的伤寒理论及治疗经验，形成比较规范、比较完整，包括理、法、方、药相统一的辨证施治体系的伤寒学说。从伤寒的病因病机、发展转化规律、证候诊断、治法方药各方面进行了系统的论述。由于《伤寒杂病论》由晋·王叔和编次，宋·林亿等校订之后，形成《伤寒论》与《金匮要略》两本书。其伤寒部分集中在我们今天所见的《伤寒论》中。
（一）《伤寒论》的伤寒概念与理论渊源
《伤寒论》中伤寒也有广义，狭义之分。广义伤寒是对当时外感热生病的总称，包括有狭义伤寒、中风、中寒、风温、温病、奔豚、阴阳易、霍乱、痈脓等。在六经辨证的原则下。对每一病部提出了具体的理法方药。
《伤寒论》的学术渊源正如仲景本人所言：“撰用素问、九卷、八十一难、阴阳大论、胎胪药录，并平脉辩证，为《伤寒杂病论》合十六卷。”现确有据可寻的有《内经》与《难经》。仲景是在深入钻研《内经》、《难经》的基础上，将其贯穿于认识与治疗伤寒全过程中，并且结合后世的经验与本人的实践，创造性地发展了伤寒学说。
《伤寒论》的一个显著特点是继承了《内经》以正气为本的思想。他强调：“若人能养慎，不令邪风干忤经络，……房室勿令竭乏，服食节其冷热苦酸辛甘，不遗形体育衰，病则无由入其腠理。”发病后，正气的强弱可决定伤寒的发展转归，影响治疗的效果。因此，在治疗中他极其重视顾护正气。
对于伤寒的病因，仲景仍从《内经》、《难经》，以外感风寒立论。但对感邪之后的变化却分析得十分细致，自成体系。此外，散在于《内经》、《难经》中的阴阳表里寒热虚实八纲辨证及各种治法；在《伤寒论》中也得到了比较集中、全面、系统的体现。
（二）三阴三阳六经辨证系统
《伤寒论》中的六经辨证与经络、脏腑、八纲紧密联系在一起，用以代表伤寒的六种疾病类型。三阴三阳的每一类型，都有其典型的证候表现，转变过程及相应的治法。三阳病多为表、实、热证，反映的是机体内部邪正相争较为亢奋的病理变化，治以祛邪为主；三阴病多为里、虚、寒证，反映的是机体正气已受损伤的病理变化，治以扶正为主。这样，三阴三阳在伤寒诊治中起到了提纲挈领的作用。
必须指出，《伤寒论》中的三阴三阳概念与中医经络学说中的三阴三阳概念是有区别的。若将二者机械地加以对应，必将导致对《伤寒论》的错误理解。仲景的六经辨证系统也不象后世温病学派之卫气营血与三焦辨证系统那样有着明确的“层次”与“阶段”的含义，三阴三阳病之间并不一定依次逐一传递。
（三）因证立方、见证用方的论治原则
《伤寒论》中的六经辩证相当灵活。三阴三阳每一病都可有多种不同的证候表现，而同一证候表现又往往可以出现在不同的病中。然而，《伤寒论》中一方一证的对应关系却是相当肯定的。书中每一方都因一定的证候表现而立，都有严格而确定的指征，因而见是证，即可用是方，并不受何种病的限制。例如，不论是太阳病，少阳病，阳明病，还是厥阴病，只要有寒热往来，胸胁满或痛、呕等证，便可用柴胡汤。由于《伤寒论》中方与证有着这种对应关系，从仲景本人开始，就有将某方的适应证称作某方证的情况，如桂枝证、柴胡证等，后世就更为普遍。
应当说明的是，辨病也是十分重要的，例如太阳病之柴胡证“身恶风，颈项强，胁下满，手足温而渴”与阳明病之柴胡证“发潮热，大便溏，小便自可胸胁满不去”显然是不同的。可以说，辨病的作用在于认识疾病的过程与体内邪正双方的斗争，以决定治疗方法，探测疾病发展的趋向。辨证的作用是决定具体处何方，用何药。由于辨证论治对于临床实践具有更直接的指导意义，便于医生临症掌握好原则规范，因而在后世更受到重视，形成为中医临床的一个特色。
