宋代医学教育虽不如唐代稳定，却有所改革和发展，医政与医学分立，太医局成为国家最高医学教育机构，地方也设有“医学”专门培养医药人才。
(一)国家医学教育机构
太医局 医学教育设立机构，始自仁宗庆历四年(1044)，太常寺置太医同，于翰林院选拔医官讲授医经。王安石变法后，推行三舍升试法，改革医学教育。熙宁九年(1076)太医局不再隶于太常寺，成为医学教育专门机构，开医学教育独立发展的先河，置提举及局判、管勾官。局判以知医事者充任，掌医学教授学生。
通常每年春季招收学生，以300人为额，采取“三舍升试法”分级教学，外舍(低年级)200人，内舍(中年级)60人、上舍(高年级)40人。设方脉科、针科、疡科三个专业。本科学生必须兼通其他有关学科，所谓“三科通十三事”，即要求各科学生有广博的基本知识。
(1)方脉科：必修大小方脉及风科，兼习《脉经》、《伤寒论》。
(2)针科：必修针、灸、口齿、咽喉、眼、耳，兼习《黄帝三部针灸经》、《龙木论》。
(3)疡科：必修疮肿、折伤、金疮、书禁，兼习《黄帝三部针灸经》、《千金翼方》。
三科必修的公共课程则是《素问》、《难经》、《诸病源候论》、《补注本草》、《千金要方》。
在针灸教学中采用王惟一发明铸造的针灸铜人，进行直观教学，也是历代医学教育的一大创举。
考试访大学之法，建立了严格的制度。每月一次私试，每年一次公试。成绩分为优、平、否三等。优良者升为内舍，每年一次会试，及格者升为上舍。还根据学生的品德和技术水平，将上舍分为上、中、下三等。学生在学期间为使理论与实践紧密结合，除课业学习外，还要参加临诊，轮流为太学、律学、武学的学生及各营将士治病，年终根据每个学生的临床记录考察其成绩，按疗效高低分为上、中、下三等，其失误多者，酌量轻重给予处罚，严重者勒令退学。
元丰改制后，太医局隶太常礼部，学生限额300人，设大方脉(120)人、风科(80)人、小方脉(20)人、眼科〔20)人、疮肿兼折伤(20人)、产科(10人)、口齿兼咽喉科(10人)、针灸科(10人)、金镞兼书禁科〔10人)，神宗死后，王安石新法天折，医学教育一度实行的“三舍升试法”也被废止。
崇宁二年(1103)微宗诏令另在国子监设立“医学”，吸收儒生学医，造就有文化素养的医学人才，以改变医学的社会地位，医学教育恢复“三舍升试法”。由于徽宗的倡导，当时五运六气之说盛行。运气也成为学习重点之一，列为各科必试科目。
公试合格后，选取医疗技术精良者充当药局医师以下职务，其余各以其等第补官，或派为本学博士、正录，或委为外州医学教授。
(二)地方医学教育
宋代地方医学教育也较发达和普及，嘉祐六年(1061)，各道、州、府仿照太医局的教学方式，设立地方医学，吸收本地学生习医，选官管勾，由医学博士教习医书，学满一年时，委官进行考试，合格者补充为地方医官。学生名额大郡以10人为限，小郡以7人为限，其中小方脉专业各为3人。
政和五年(1115)，州、县医学隶属于当地提举学事司，学生分斋教养，设科及课程均仿太医局。
