秦汉时期对医药文献的整理，以国家组织人力整理为主，同时也有个人零散的研究整理工作。
在秦始皇时期，曾“收天下书，不中用者尽去之。”（《史记·秦始皇本记》）。说明当初秦朝对图书是比较重视的，并有可能对缴上来的和国家藏书试图进行鉴别整理，其中当包括医药书籍。秦始皇下焚书令时，明确规定医药书籍不在焚烧之列，因而使秦代及其以前的医药书籍得以保存。
刘邦进入关中时，萧何等人首先将秦朝丞相府的图书、档案保存起来，后来楚霸王入咸阳大肆焚烧，使秦代重要的图籍包括医书在内，遭到一次严重的毁灭，西汉统一，“改秦之败，大收篇籍，广开献书之路。迄孝武世，书缺简脱，礼坏乐崩，圣上喟然而称曰：‘朕甚闵焉！’于是建藏书之策，置写书之官，下及诸子传说，皆充秘府。至成帝时，以书颇散亡，使谒者陈农求遗书于天下，诏光禄大夫刘向校经传、诸子、诗赋，……侍医李往国校方伎。”刘向将所校的书摘录其要旨，撰《别录》20卷，这部提要性的目录学《别录》并未完成，刘向病逝后，汉哀帝令刘向之子侍中奉东都尉刘歆继父业，刘歆于是总群书而名《七略》，以奏朝廷。这是西汉时期一次由官方组织人力进行的校书。
《七略）已失传，其中《方伎略》在《汉书·艺文志》中有较全面的收录。将方伎类书目分为4种：
（一）医经
“医经者，原人血脉经（络）［落］骨髓阴阳表里，以起百病之本，死生之分，而用度箴石汤火所施，调百药齐和之所宜……。书目有：《黄帝内经》18卷、《外经》37卷，《扁鹊内经》9卷、《外经》12卷、《白氏内经》38卷、《外经》36卷、《旁篇》25卷，共7部，175卷（原书谓216卷）。
（二）经方
“经方者，本草石之寒温，量疾病之浅深，假药味之滋，固气感之宜，辨五苦六辛，致水火之齐，以通闭解结，反之于平。及夫其宜者，以热益热，以寒增寒，精气内伤，不见于外，是所独知也，书目有：《五藏六府痹十二病方》30卷，《五藏六府疝十六病方》40卷，《五藏六府瘅十二病方》40卷，《风寒热十六病方）26卷，《秦始黄帝扁鹊俞拊方》23卷，《五藏伤中十一病方）31卷，《客疾五藏狂颠病方》17卷，《金疮瘛疭方》30卷，《妇人婴儿方》19卷，《汤液经法》32卷，《神农黄帝食禁》7卷，共计11部，288卷（原书统谓274卷）。
（三）房中
此类基本是性医学内容，也涉及男科、妇科等。房中书目有：《客成阴道》26卷，《务成子阴道》36卷，《尧舜阴道》23卷，《汤盘庚阴道》20卷、《天老杂子阴道》25卷，《天一阴道》24卷，《黄帝三王养阳方》20卷，《三家内房有子方》17卷。房中共计8部，191卷。（原书谓186卷）。
（四）神仙
“神仙者，所以保性命之真。而游求于其外者也。聊以荡意平心，同死生之域。其中包括有导引、气功、按摩、炼丹、服食芝菌等养生保健的内容，神仙类的书目有：《黄帝歧伯按摩》10卷，《黄帝杂子芝菌》18卷，《黄帝杂子十九家方》21卷，《泰壹杂子十五家方》22卷，《神农杂子技道》23卷，《泰始杂子黄冶》31卷等。共计10部，181卷，20篇（原书谓205卷）。
秦汉时医药卫生书籍，托以上古传说中的圣贤、医人和神话人物者较多，如《淮南子·修务训》所言：“世俗之人多尊古而贱今，故为道者必托之于神农、黄帝而后能入说。”此为这一时期医书名称的一个特点，秦汉时期国家图书馆所藏的大批书籍（包括医书在内），后经“董卓之乱，献帝西迁，图书缣帛，军人皆取为帷囊，所收而西，犹七十余载，两京大乱，扫地皆尽。”（《隋书·经籍志》）
汉代小学的发展也促进着医药文献的整理研究。《尔雅》是中国最旱解释词义的专著，是汉初学者缀辑周秦以来诸书旧文，递相增益而成，其中的“释诂”中对疾病名称多有注释，“释草”、“释木”、“释虫”、“释鱼”、“释鸟”、”释兽”中对一些药古名作了解释。西汉·史游的《急就篇》作为一本启蒙书，叙有百余种可入药的动植物，60多个人体部位器官名，70多种疾病以及卫生知识，以七言歌诀的格式来记载。
东汉·许慎的《说文解字》对疾病的解释，对药物和有关医事的注解，都包含丰富的资料，该书涉及药物和病名各数百种，是后世医药文献注释的重要参考书。
东汉时，一些学者在注释经史中，涉及不少医学内容，如郑玄注《周礼》、《周易》、《寺经》等。高诱注《战国策》、《淮南子》、《吕氏春秋》等。上述种种虽然不是医药学专著，但在众多医药卫生专著散佚的情况下却可以反映出两汉时期医药卫生知识在文人学士中已得到普及，这也可以反证其时医药学发展的水平。
