（一）外科的发展
在秦汉时期除《汉书·艺文志》仅存目之《金疮瘛疭方》30卷外，尚无外科之专著，在医事制度上也无疡医之设立，只是在民间却成长了一代外科巨匠——华佗。
在淳于意《诊籍》的25个病案中，有一例论及肠胃间生疽之诊断依据和所作预后判断。张仲景以伤寒证治而闻名，但他在外科学的发展上也有自己的成就，主要反映在他对杂病的论述中。例如：张氏对肺痈（肺脓疡）、肠痛（阑尾炎）以及良缢、溺死等急救技术等。《金匮要略》之疮痈、肠痈、浸淫病脉证并治第十八，是外科专篇，该篇首先论述了化脓性感染的脉证特点以及诊断要点后，即比较正确的叙述了肠痈的证治。指出：“肠痈之为病……此为肠内有痈脓”，“肠痈者，少腹肿痞，按之即痛，如淋，小便自调，时时发热，自汗出，复恶寒；其脉迟紧者，脓未成，可下之，当有血；脉洪数者，脓已成，不可下也。”张仲景所论述的肠痈，应当说主要是指阑尾炎而言的，他对急性阑尾炎之发病，是否化脓的鉴别诊断方法和不同的治疗原则等，都达到了很高的水平，其影响至今不衰。还应指出：张氏所说“阴吹，……甚或簌簌有声，如后阴（肛门）之矢气状。”可能是对阴道直肠瘘的最早描述。张氏还叙述了刀斧伤等金疮的治疗原则和方法，论述了皮肤病（疥，黄水疮）的治疗方药等。
关于急救技术，张仲景在杂疗方篇对若干卒死的急救方法进行了叙述，尤以救自缢、溺死技术叙述较为具体。例如：急救自缢强调“徐徐抱解，不得断绳，上下安被卧之，一人以脚踏其两肩，手少挽其发常弦弦勿纵之，一人以手按据胸上，数动之。一人摩捋臂胫、屈伸之。若已僵，但渐渐强屈之，并按其腹，如此一炊顷，气从口出，呼吸眼开，而犹引按莫置，亦勿苦劳之。须臾，可少桂汤及粥清含与之，令濡喉，渐渐能咽，及稍止。若向令两人以管吹其两耳，……。此法最善，无不活也。”张仲景所记述的人工呼吸法抢救自缢的医疗技术，在理论和实践上均甚符合人体之解剖生理原则，该术在历代医学的发展上有着广泛的影响。溺死，张氏用“取灶中灰两石余，以埋人，从头至足，水出七孔，即活。”还有救中暑、堕马筋骨折损以及禽兽毒虫伤人的方法等，反映了此期内科医生也都掌握了比较科学的急症救治技术。
1972年，甘肃武威地区发掘了一座汉墓，墓主人是一位具有一定社会地位，受人尊敬的高龄医师，在其随葬品中，主要是一部医学笔记性著作，整理者命名为《武威汉代医简》，其次还有鸠杖、五铢钱……等。该书涉及外科之内容较丰富，例如：泌尿系结石等，其内容与《五十二病方》相似，其论“治诸癃，石癃出石，血癃出血，膏癃出膏，泔癃出泔，此五癃皆同药治之，……病即愈，石即出。”此外，对麻风、久创、烫火伤、冻伤、狗咬伤、卒痈等均有所论述，丰富了外科的治疗经验。
华佗以其在发展外科上的杰出贡献，被历代医家尊之为外科鼻祖，其影响涉及国内、外。华佗在外科上的贡献主要表现有两个方面，即麻醉术与外科手术。
关于麻醉术：秦汉时及其以前医家已相当普遍的运用酒服某些药物用于金疮等外伤的止痛。在《列子·汤问》中记载了一个富有幻想的故事，《列子》被认为是一部伪书，其作者为晋人，但据研究其《汤问》篇内容是依据已佚古文献写的。所述：“扁鹊遂饮二人（鲁公扈、赵齐婴）毒酒，迷死三日，剖胸探心，而置之，投以神药，既悟如初。”这一医疗故事在秦汉前虽然并非事实，但其所用“毒酒”，显然是一种有着较大麻醉作用的药酒，可以使二人达到“迷死三日”的深度。心须指出，即是小说家言也必有其用毒酒、或酒制剂使人醉倒的实践经验积累为依据。这里姑且不谈换心手术有否可能，但这一故事却生动说明，那个时期进行外科手术曾运用毒酒作为麻醉剂的历史事实是存在的。
《三国志·方技传》首先记述了华佗。在论述其外科成就时指出：“便饮其麻沸散，须臾便如醉死，无所知，因破取（腹腔肿物）。《后汉书》在其相似的记述中。则作“乃令先以酒服麻沸散，既醉无所觉。因刳破背，抽割积聚”。一为“如醉死，无所知”，一为“既醉无所觉”。显然陈寿与范哗所据为同一史实，参看《列子》及医学文献所记，大体可以肯定我国最晚在秦汉时期已成功的将酒以及其他药物用于外科手术之麻醉，在麻醉作用上也达到比较好的效果。美国拉瓦尔提到华佗在发明麻醉术时说：一些阿拉伯权威提及吸入性麻醉术，这可能是从中国人那里演变来的。因为华佗曾运用这一技术，把一种含有乌头、曼陀罗及其他草药的混合物应用于此目的。华佗的麻沸散，可惜其组成药物已不可确知，然据近现代学者考证，包含有曼陀罗、乌头等，其麻醉效果也已为现代实验研究与临床应用所证明。酒本身就是一种比较好的麻醉剂，它已有古代和现代大量临床应用的经验和理论为依据。从这点来看，华佗的外科手术在当时确已有了比较理想的麻醉术。
华佗的外科手术。《三国志·华佗传》载：“若病结积在内，针药所不能及，当须刳割者，便饮其麻沸散，须臾便如醉死，无所知，因破取。”又说“病若在肠中，便断肠湔洗，缝腹膏摩。四、五日差，不痛，人亦不自寤，一月之间即平复矣。”《后汉书》在论述这两个外科手术下例时，谓“因刳破背，抽割积聚”，“若在肠胃，则断截湔洗，除去疾秽，既而缝合，博以神膏。”两相比较，文字词句虽不尽同，但语意则完全一致，前者是在麻醉下进行腹腔肿物摘除术；后者则是在麻醉下进行肠部分切除吻合术。关于术后护理，有膏摩，有敷以神膏；关于预后，两书均强调了四、五日瘥，一月之间即平复矣。从史书记载仍然可以辨出术名和简单的手术方法和步骤。从此时的人体解剖知识水平，有效麻醉术的应用，以及两书提供华佗曾进行这些手术的史实资料，再参考当时其他医学家曾进行过的手术，综合分析其可能性应该说是肯定的。虽然国内、外也有个别学者提出怀疑，他们不作历史分析，只是主观认为此时作这样大的手术是不可能的，或无法否定这些手术的可能，便更为离奇的说：华佗不是中国人。在此类问题上，必须清理本世纪30年代前后那些重西非中思潮的影响。
除上述外科手术事例外，华佗还有一例剖腹手术记录。《三国志·魏书》载：华佗诊治某“君病深，当破腹取。”“遂下手，所患寻差。”虽然记录过简，不能知其何病及用何外科剖腹手术。但由“当破腹取”可知为剖腹摘除术之类，这些例证也可以给上述的腹腔肿物摘除术一个有说服力的注脚。陈寿距华佗死时约半个世纪，他在记述了华佗种种外科手术事例后，颇有感触他说：“佗之绝技，凡此类山，”也足以证明影响之大。
华佗运用保守疗法成功治愈肠痈也值得注意。如“军吏李成苦咳嗽，昼夜不寐，时吐脓血，以问佗。佗言：君病肠痈，咳之所吐，非从肺出也。与君散两钱，当吐二升余脓血讫，……一年便健。”华佗还告诉病人愈后可能复发，要求患者注意自养，并带有药散以备发作时治疗。五年后一直强健的李成，肠痈发作，但因药散被里人急用，使李成“无药而死”。这一病历说明华佗治疗外科的技术已达到相当高的水平。
（二）骨伤科的发展
秦汉时期骨伤科也有了比较明显的进步，表现在骨伤科疾病外科手术、方药治疗、按摩导引及针灸治疗等技术，都有所发展与进步。此期骨伤科外科手术虽然尚不很多，但扩创术、病灶清除术已达一定的水平，医为关羽进行的“刮骨疗毒”，即骨伤科扩创手术的首例记载。《三国志·魏书》记载了华佗用麻醉药使病人麻醉后，为一例膝部患疮七八年（似慢性骨髓炎或膝关节结核）的病人，进行了死骨剔除术，这是病灶清除手术在临床运用的例子。
《神农本草经》已记述有主治创伤折跌强筋以及金创死肌的药物40种，治痈疽药50多种，治各种痹痛、腰痛的药达60多种。此期从对症用药发展到审因组方，治疗效果也得到提高。
导引和按摩疗法：从考古发现西汉时的《导引图》，可知当时导引的具体方法。从这些图所示治痹、厥者可以看到当时人们已运用锻炼腰背肌及关节的功能以治疗腰痛和关节痹痛。华佗认为导引练功能使“血脉流通”，“并利蹄足”，强调“引挽腰体，动诸关节”的意义，这种认识和方法，明确了导引练功对运动系统的作用，对骨关节疾病的治疗和保健康复有价值。
针灸和药熨疗法：华佗善灸治腰痛，“有人病两足，不能行，辇诣佗。佗望见云：‘已饱针灸服药，不复需看脉。’便使解衣，点背数十处，相去或一寸，或五寸，纵邪（斜）不相当。言灸此各十壮，灸创愈即行。后灸处夹背一寸，上下行端直均调，如引绳也。”华佗在运用“下病上取”的原则，采用《内经》夹脊穴，疗“脚擘不能行。”在治疗腰背、腰腿痛方面获得显著疗效，后世称之为“华佗夹脊灸”。《治百病方》用当归、川芎、丹皮、桂、漏芦椒等药和酒煮。“背痛者卧药当出血久瘀”（瘀方），也反映了汉代的医疗水平。
（三）皮肤病认识与治疗技术的提高
秦汉时期，皮肤病治疗学有所进步，武威汉代医简《治百病方》中，有12枚木简和86号木牍涉及皮肤病，有治疗痈、痤、溃疡、瘙痒、大风（麻风）等，从“治百病膏药方”、“治千金膏药方”等简及86号木牍“大风方”中可以看出，不仅载有病名，还记述若干病状体征，所用药物的剂量、制备和使用方法；甚至还提到经治后的转归。其治法较《五十二病方》有所进步，如以药膏外敷治疗疮痈就相当高明：多层涂药，中央留孔，既促进炎症局限以至消散，又利于脓液引流，所采取的方法和步骤与现代常用之鱼石脂饼换药法类似。对于麻风病，战国晚期秦之基层医生已可作出正确临床诊断，并对患者实行隔离（疠迁所），到汉代则可以有效复方治疗。木牍治大风方之疗效按其所记能使毛发皆落达到“随皆复生”，“随折复起”，麻木之“不仁皆仁”。上述治疗思想及其具体方法不仅反映了该时期无名医家所能达到的技术水平，也开辟了尔后皮肤病治疗学继续发展的先河。
张仲景《伤寒杂病论》所论述的辩证论治理论和原则，同样奠定了皮肤病临床治疗的基础。如《金匮要略》首载：“浸淫疮（相当于急性湿疹），黄连粉主之。”为后世医学家论述和提高奠定了基础。该病是皮肤科常见多发病，张仲景所述及黄连粉主治已为现代科学实验所证明。又如以蛇床子粉、苦参汤治疗阴部及粘膜部位疾患等，至今沿用不衰。
狐惑（类似于口－眼－生殖器皮肤综合症）：张仲景首先载述于《金匮要略》“百合狐惑阴阳毒病证治”之中：“状如伤寒，默默欲眠，目不得闭，卧起不安，蚀于喉为惑，蚀于阴为狐……”并设有甘草泻心汤、苦参汤、雄黄熏药及赤小豆当归散依口腔、前后阴、面目等局部和全身脉证状况，分别内服、外用辩证施治。现代医学的口－眼－生殖器皮肤综合症系土耳其皮肤病学家白塞氏（Beheet）于1937年提出，并被公认为一独立疾病，故又名白塞氏综合症。我国1932年也有此种综合症的报告，并认为白塞氏病类似于我国汉代张仲景所述之狐惑病。
