清代前中期内科杂病学术的发展，延续了明代的特点并有所深化。在学术流派及其学术争鸣上，主要是徐大椿、陈修园等医家对明以来温补派学术主张所进行的论争，这种论争进一步促进了内科杂病学术的繁荣。在辨证治理论的运用上，这一时期对瘀证等一些内科杂病的理论认识与经验总结大为深化，取得了显著进步。同时，有关内科杂病的综合性医著与专著、专篇也不断丰富，尤其有关内科杂病的专著增多，所论及的内科杂病的具体病证亦更为广泛。
(一)温补派的余绪与学术争鸣
清代前中期，一些医家在学术上仍受温补派的影响，推祟其说并续有发挥。如清初医家高鼓峰遥承薛己、张介宾的学说，注重五脏诸证的辨证的治疗，其中尤其着重于养肾，形成了自己的学术特点。吕留良在医学方面，其学术思想也属于温补学派，对薛己、赵献可之学，特别是对赵氏的命门学说有所发挥。他主张对命门之火宜养不宜伐，故偏于执八味丸统治诸病。又如沈朗仲《病机汇论》，举历代医家对内科疾病脉、因、证、治的有关论述，其中十分突出和推祟李中梓注重脾肾的学术内容。张璐医学观点接近于薛已、张介宾二家。其方药主治多本于《薛氏医案》和《景岳全书》，明显地受温补学派的影响。马元仪从学于李中梓，对张璐的学术思想亦有深刻的研究，故在他的医疗实践中，颇侧重于甘温补中、益气扶阳两方面。马元仪下传于尤在泾，故尤氏在继承李中梓学术观点方面有较突出的成就，这些医家都不同程度地继承和发展了温补学派的医学思想，丰富了祖国医学温养补虚治疗脾胃和肾命疾病的临床经验。
(二)具体病证认识与临证水平的进展
中风医家姜礼在系统研究历代医家有关论述的基础上，对中风证有相当明确的见解。主张应从中风证的内在病变来考虑这一问题，不能胶固在“风之一字”的命名上纠缠不清。认为中风的病变主要责之内虚。
熊笏认为中风的发病与人身卫气有关。卫气虚是引起外风乘虚而入，形成中风的病机所在。在治疗方面，以卫气为纲，研究和阐述中风的辨证施治，从理论和实践方面丰富了中风病的学术内容。
瘀证此期医家王清任在瘀证证治上取得了显著成就。首先，他认为百病皆伤气血，在强调气虚为病的同时，又认为气虚可致血瘀，二者常相兼为病，故在治疗上创立补气活血法，王氏补气善用黄芪，12首补气方中就有11首方用黄芪。王清任善用活血逐瘀法治疗血瘀诸证，其所列的血瘀证大致可分为两大类。一是没有明显血瘀征象的无形的血瘀证。二是有明显征象的有形血瘀证，如流紫黑色血等指证。王氏强调化瘀必须行气，在《医林改错》的15首活血化瘀方中，均以活血化瘀与理气同用，气行则血活瘀化。
王清任在补气活血与活血逐瘀的学术思想指导下，创制了许多著名的方剂，丰富了活血化瘀的治疗方法，为后世临床实践起到指导作用，产生了不小影响。
(三)对霍乱的认识
霍乱是一种由霍乱弧菌引起的烈性传染病。然而，”霍乱”作为一个中医病名，在《内经》中便有记载，指的却是以腹痛呕吐为主要临床表现的多种其他疾病。以示区别，前者也被称为真性霍乱。我国出现真性霍乱约在1817年，是由国外传入的。
正由于古代医书中所言之“霍乱”与真性霍乱是在同一病名之下，而且是症状相似的不同疾病。因此真性霍乱传入之初，中国医生对其难免产生一些认识上的混淆，然而经历了几次霍乱大流行之后，医家们。随着临床经验的逐渐积累，对真性霍乱的病因病机、证候表现、诊断、鉴别诊断以及治疗、预防等，逐渐形成了相对正确的认识。
首先，医家们清楚地认识到这是一种胃肠系统的烈性传染病，其好发于夏季，春秋有散发流行。此病一旦发生，如不及时控制，则可沿门阖户，成燎原之势。并且认识到此病的流行与交通繁杂，人烟密集及卫生环境恶劣，尤其是饮用水源的污染，有着密切的关系。
根据医家们对1820年那一次霍乱流行的记载看来，他们对霍乱的临床观察相当细致，几乎可以认为他们已认识到古代医书中所言之霍乱与当时流行的真性霍乱属于不同的疾病。例如徐子默对真性霍乱剧烈吐泻，小腿枸挛及严重预后描述得非常准确。王孟英试图对热霍乱(真性霍乱)与寒霍乱(其他肠道疾病)进行区分，欲将真性霍乱从夏秋和其他肠道传染病中独立出来。他所指出的三个要点：传染性的强弱，有无腹痛，病情及预后如何，恐怕是当时所能做到的鉴别诊断的关键所在。对于霍乱的治疗可以说当时处于尝试阶段，包括了多种治疗方法的使用，有伐毛、取嚏、刮法、刺法、洗、放血、辨证施治行中药方汤治疗等等。当然，主要仍依靠内服汤药治疗。根据医生的用药习惯，有主张以清凉药为主的，如王孟英；有主张以温热药为主的，如徐子默。
对于霍乱的预防，医家们明确指出求神符对防病徒劳无功，预防的关键在于注意隔离，保持环境洁净卫生，空气流通，尤其要注意防止饮用水源的污染与饮食卫生，这些认识都相当可贵，即使在今天，仍不失其科学性。
(四)内科杂病著述的不断丰富
清代前中期延续了明代以来的发展趋势，有关内科杂病的著述不断丰富。在内科杂病占有重要地位的有关内科的综合性著述中，重要者如：李用粹的《证治汇补》记述八十余种病证的辨证论治。其中主要为内科杂病，内容简明扼要；林佩琴的《类证治裁》其大部分篇幅都论述了内科杂病。中如对脱证、喘证、泄泻与痢疾、癃证与闭证等病证的析折，都条分缕析，精确实用。
著名医家尤怡《金匮冀》，则可谓这一时期中内科杂病专著的代表作。
这一时期专论内科杂病某些病证的医著更为丰富，如卢之颐的《痎疟论疏》孔毓礼的《痢疾论》、吴道源的《痢证汇参》等；汪启贤的《中风瘫痪验方》、肖埙的《中风证)与熊笏的《中风论》等；均有较大影响。
