（一）伤寒学说的研究进展
伤寒学说的研究在这一时期主要有两方面发展。其一是《伤寒论》的整理和研究，王叔和在这方面作出重要贡献，有关这方面的内容我们将在第四节阐述。其二在总结继承前人临床经验的同时，积极进行新的探索和改革。尤其是对一些传染病的认识有了新的发现，对后世温病学的产生与发展具有深远的影响，晋·葛洪《肘后备急方》在这方面的贡献最为突出。
伤寒的概念与病因探讨
与秦汉时期将温病、时行完全隶属于伤寒不同，此期医家们已试图对三者进行区别，他们虽无专篇论述，但往往作为并列的概念提出。《肘后备急方》认为主要区别在于三者的病因不同，《小品方》则提出不仅病因异气，而且“解宜不同，方说宜辨。”（王焘：《外台秘要》卷一，18，四库全书711册，上海古籍出版社，1986），尽管从现存的《小品方》条文来看“解宜不同”的区别并不严格，但医家们已经注意到温病，伤寒有所不同，这对以后温病学的独立发展是有积极意义的。
此时期伤寒的病因说虽基本源于伤寒病温的说法，继承了冬寒夏发的传统理论，但在《肘后备急方》中已经注意到“冬日不甚寒”仍可有伤寒发生这一事实，难能可贵的是提出“疠气”病因。该书指出“其年岁中有疠气，兼挟鬼毒相注，名为温病。”（葛洪《肘后备急方》卷二，15，商务印书馆，1955），第一次明确地将疠气作为温病的病因提出来，并指出瘟疫患者死亡之后仍具有传染性。这较秦汉时代的伤寒病因说显然有了重要的进步。
由于“疠气”的提出，认识到温病是有传染性的。《肘后备急方》中提出防治的具体方药。大黄甘草麻黄杏仁芒硝黄芩巴豆丸，还指明该方除用于治疗之外，“家人视病者，亦可先服取利，则不相染易也。”（葛洪《肘后备急方》卷二，P33，人民卫生出版社，1956）。在“冶瘴气疫疠温毒方”篇中，载有各种预防方药，用药途径有内服、鼻吸、外敷、佩带、烧熏、悬挂等等，说明当时对于预防温疫的发生确实经过了多种尝试。
对若干传染病的认识
《肘后备急方》中对若干传染病的卓越认识是葛洪的突出成就。不少见解和发现，至今仍具有重要科学价值。该书首载以常山、青蒿治疟，现代研究证明，常山确为抗疟特效药，而青蒿的有效成分青蒿素，高效、低毒、速效，被认为是现代抗疟史上继氯喹发现后的一个新突破，狂犬病是当时流行的严重传染病，人们多有警惕，如《北史·王宪传》载其曾孙王唏称“先被犬伤，困笃，不赴，有故人疑其所伤非猘，书劝令赴。晞复书曰：……若疑其是猘而营护，虽非猘亦无损，疑其非猘而不疗，（忄党）是猘则难救。然则过疗则致万全，过不疗或至于死。”（葛洪《肘后备急方》卷一，人民卫生出版社，1982），说明当时社会上对狂犬病的积极防治是很重视的。葛洪在这方面又作出重要探索，《肘后备急方》记载了被狂犬咬伤用狂犬脑敷创口“后不复发”之方，可谓为人工免疫思想的先驱，葛洪这一思想对后世“人痘法”的出现不无影响。葛洪还指出本病的潜伏期，“凡猘犬咬人七日发；过三七日不发，则脱也。要过百日乃为大免耳。”19世纪法国巴斯德证明狂犬的中枢神经组织中具有抗狂犬病物质，并制成狂犬病疫苗用于狂犬病的防治。该书还以时行病发黄来说明有传染性的黄疸病。在记载鬼注、尸注（类似结核病）中指出其“乃至灭门”的传染性也都是创造性的，尤足称道的是该书对豌豆疮（天花）与沙虱（恙虫病）二病的细致描述。
豌豆疮（天花）据现知资料，天花存在的最早证据是埃及法老拉美西斯五世（公元前1160年在世）木乃伊身上留下的麻点。然而世界上对天花的描述，当葛洪《肘后备急方》所述最早。《肘后方》指出：“比岁有病时行乃发疮，头面及身，须臾周匝，状如火疮，皆戴白浆，随决随生。不即治，剧者多死。疮瘢紫黑，弥岁方灭，此恶毒气。世人云，永徽（当为永嘉之讹）四年（公元301年），此疮从西东流，遍于海中……以建武（晋元帝年号）中于南阳击虏所得，乃呼为虏疮。”（葛洪《肘后备急方》卷二，35，人民卫生出版社影印，1956），虏疮后又被称为豌豆疮，也就是天花。葛洪对本病的流行性，病程经过、发疮特点及其预后等均已阐明，并提出了治疗及预防方法。同时，还说明出现这一新的疾病的源流，清楚地指出天花原非中国本土固有的疾病。其后，中国古代著名医家朱丹溪、张景岳也都重复强调了这一点。（建武年号在晋前凡三见，为东汉光武帝（公元25年至55年），为东晋元帝（公元317年），葛洪所指之建武，究指何时，至今意见不一，有待继续研究）。
沙虱（恙虫病）：葛洪在《肘后方》中描述：岭南一带山水之间有一种几乎看不见细小的虫子，叫沙虱。人人溪中或用山水洗浴，或阴雨天在草丛中行走，此虫便可附着人体，钻入皮肤。初起时皮肤发潮，红色疹，如小豆，玉米或粟粒大小，手摩时痛如针刺，三天之后，全身关节强痛、发热、恶寒，红斑上发疮。此虫逐渐侵入心脏，可致人死亡。他指出甲针挑出虫子为疥虫样，放在指甲上映光观察，才能看见它的活动。
沙虱，据学者研究即恙螨，葛洪在1600多年前即最早对恙螨的生态。自然疫源地，恙虫病感染及其初疮，主要症状体征，检查方法和预后等，进行了如此细密的观察及科学的描述，受到国内外学者的高度赞扬。1930年日本学者证实它是由东方立克次体引起的恙虫病。沙虱是恙虫幼虫－恙螨，是该病的传播媒介。
（二）内科杂病
这一时期内科临证医学迅速发展，标志之一是医方书的大量出现，种数约达二百种，其中影响较大者如《肘后备急方》、《小品方》及《范汪方》、《僧深师方》等，这些方书的内科杂病内容大部甚为丰富，对一些病证的认识和诊断更为深入与细致，治疗上既注重疗效，又提倡简易疗法。尤其突出的是，对诸如脚气病、瘿病等一些当时的常见病、多发病，及时予以了高度重视，其相应的诊治方法也得到发展，并注意到了一些病证的流行病学因素。一些医疗新方法的探索也极有价值。这不仅丰富和发展了防治经验与水平，且对后世产生了一定的影响。
具体病证认识与临证水平的进展
脚气病
本病自晋代日渐流行，葛洪《肘后备急方》记载：“脚气之病，先起岭南，稍来江东。得之无渐，或微觉疼痛，或两胫小满，或行起忽弱，或小腹不仁，或时冷时热，皆其侯也。”可见当时对该病的主要临床表现已有较全面的认识，对该病某些症状的诊断，已有客观的检查方法，如“若胫已满，捏之没指”。在治法上，虽然当时不可能认识到脚气病与缺乏维生素B1有关。但其常用的药物如大豆，牛乳、羊乳、松节、松叶等，却都含有丰富的维生素B1。同时，该书还指出：“不即治，转上入腹便发气，则杀人。”不及时治疗可以发生“脚气攻心”的危重症候。
瘿病
在此以前的史料和医籍中，均有该病的记载。但阐述较精当者，当推《小品方》。其论曰：“瘿病者，始作与瘿核相似。其瘿病，喜当颈下，当中央，不偏两边也。乃不急，膇然则是瘿也。中国人息（恚）气结瘿者，……，长安及襄阳蛮人，其饮沙水，喜瘿，有核瘰瘰耳，无根浮动在皮中。”概括了该病的体征形态，上述前者由恚气之气结，与今日囊状型甲状腺肿相似；后者由饮用沙水所发，与今日结节型甲状腺肿相仿。
《小品方》将该病按其病因分为上述两类，是当时瘿病史中首创，并对后世的证型分类有深远的影响。在治疗方面，共有治瘿方剂26首。当代的新方共有14种，其中以海藻或昆布单用以及与它药配伍的方剂达11种，另有鹿靥单方1种，而不含海藻、昆布的治方，仅为2种。
就海藻、昆布与它药配伍的治方来看，其中配伍槟榔、白蔹、牡蛎、海蛤、土瓜根、桂心、半夏等7味药，是在重用海藻、昆布破散结气的基础上，佐以消肿软坚、降气平喘所组成的。另一鹿靥单方，当为鹿的甲状腺制剂。这是我国南朝宋齐间五世纪《僧师方》著者僧深所首创，若与1914年Kendall氏对地方性甲状腺肿开始实施的甲状腺剂疗法相比，可为世界医学史中的光辉一页。
流行病学因素的重视
当时医家已非常重视并开始着手研究疾病的分布，以及影响分布的因素，借以认识疾病的病因和发病规律。如对脚气病，《肘后备急方》就有“脚气之病，先起岭南，稍来江东”的叙述，反映当时战乱频繁、人群迁徙、灾荒遏野的社会背景与疾病分布的内在联系。又如瘿病，《小品方》指出，当时南朝所在地域的“中国人息（恚）气结瘿者”与“北方妇人饮用沙水者”，说明了地区分布不同其致病原因和临床表现也不相同，从而突出了该病的流行病学特点。此外，葛洪对沙虱病昆虫媒介及其与沙虱病的关系，进行了深入细致的流行病学调查研究工作，并作了科学的记载。他还对类似血吸虫病的“射工”有了初步的认识。
