(一)外科著作
清代二百余年出现了大量外科类著作，尤其一些外科之专病著作更为丰富。其中出现了多种大型综述性外科巨著，在提高和普及外科医疗技术方面发挥了重要作用。其中有代表性的影响深远者如：《外科大成》4卷，祁坤撰于1665年，三百年间刊行近20次；《御纂医宗金鉴》之《外科心法要旨》(1742)即以此书为蓝本，后者更有不同刊本约30种；《洞天奥旨》(1694)16卷。又名《外科秘录》，陈士铎述，反映了陈氏医疗化脓性感染的丰富经验和理论知识，该书之现存版本有17种之多；《外科证治全生集》，1卷，王维德撰于1740年。由于在治疗外科疾病上极力主张“消贵托畏”，反对手术，在病人心目中颇有影响，二百年间之刊印竟达50余次，可能是外科书刊印率之最高者；《疡医大全》40卷，顾世澄撰于1760年，是清朝以前外科学内容最为丰富的一部巨著，150余万字，对外科学术发展有着广泛而深入的影响。《疡科会粹》，10卷，孙震元撰于1802年，是继《疡医大全》之后的又一部巨著，全书110余万字，可惜只存抄本而流传未广；《疡科心得集》是高秉钧30余年外科临床经验和心得的总结，在论述外科化脓性感染病因方面重视天行时气为其特点；《外科真诠》2卷，邹岳撰于1838年，其内容亦多作者经验之总结，影响也比较广泛。
(二)外科学术思想与争鸣
清代外科学家围绕化脓性感染脓已成是否早期手术切开引流，以及非药石所能治愈的外科疾病是否用手术治疗等，继明代之后，争鸣更为激烈并形成了学派。这一争鸣因非手术学派占有优势，从而明显地促进了外科保守治疗经验的积累。主张脓已成应予早期切开引流和运用外科手术治疗一些非药石所能治愈的疾病的外科学家，由于外科手术的其他条件尚不成熟，使争鸣多处于劣势，甚而在外科学家中保守的学术思想日益趋于浓厚了。
祁坤，曾任太医院判等职，对外科学理论和临床经验之论述，颇多精辟的见解。例如所述脓肿切开引流原则时正确指出：“针锋随经络之横竖，不则难于收口；刀口宜下取，便于出脓。”并强调切开后“以绵纸捻蘸玄珠膏度之”的引流技术，从而使外科脓肿之切开引流的理论原则和医疗技术达到清以前的最高水平。
陈士铎，力求外科疮疡脓肿之非手术治疗，反对外科手术，对王维德等人学术思想的形成有一定的影响。
王维德，在外科化脓理论和医疗技术上，十分强调“以消为贵，以托为畏”，对化脓性感染尚未化脓者，均主张保守治疗，宁可“待其自溃”，也绝不可以手术切开引流。王氏的学术思想虽然得到不少学者的继承，但也有一些外科学家对其偏谬进行了批评。
顾世澄，临床经验丰富，学识渊博，对外科学术界之种种争论多取平和兼容态度，并各吸收其所长，在学术思想上少有偏颇之见解。医疗方法由痈疽初起之内消到脓已成之切开引流，非药石所能治愈疾病的外科手术方法与步骤等等，均有着详细而且具体的论述。顾氏在外科学术上十分重视整体现念，认为外科疾病虽然多显于外，但“必先受于内，然后发于外”；他反对“只过膏丹，不习脉理”的局限性；他还强调指出脓已成，仍“勉强消之，不独不能消散；反致……造成坏证”。顾氏学术思想与医疗理论经验对后世及外科学研究有着较大的影响。
(三)疾病认识水平继续提高
关于颈淋巴结结核：在古代以其病发特征曾命名为鼠疮，或名瘰疬，如祁坤所述：“小者如瘰，大者如疬，连续如贯珠者”。同时，祁坤还对该病与急性淋巴结炎的鉴别诊断和不同治疗原则提出了正确的意见，他说：疬由内伤所致，其形小，其发缓，无疼痛，计以月年。毒由外感所致，其形大，其发暴，多肿痛。”
关于前臂骨关节结核：祁坤按该病之特征命名为“蝼蛄串”。对骨关节结核的好发部位、典型症状及预后等均作了比较正确的描述。
关于直肠癌：祁坤在前人基础上对直肠癌症状描述和诊断要点作出了相当确切的记载，并以其最终发展成为大便不能排出而命名为“锁肛痔”，或以其形态称之为“翻花痔”等。他指出：“痔有三不医，为翻花痔、锁肛痔、脏痈痔也”。这些认识在当时确系正确的结论。
(四)外科医疗技术与手术水平
清代外科手术和医疗技术从总体上讲，由于反对的风气较为浓烈，发展是不很明显的。当然也有少数民间外科学家在前人基础上作了新的探索，一些疾病的外科手术治疗水平得到了提高。
关于急性阑尾炎、阑尾周围脓肿的手术治疗：钱思元于1822年记载一名操浙江口音的佚名外科医学家，于17世纪时为一位患者作过阑尾切除术的事迹。至于阑尾周围脓肿之切开引流，在清代外科学著作中则并不罕见。
关于脾外伤切除术：王孟英(1808～1866)根据祖父资料，记录湖州(今浙江吴兴)“汤荣光从树上坠地，腹著枯椿而破，疮口二寸余，已透膜，系红肉不见肠，复饮以药酒，使不知痛处，随用刀割伤口使宽，以铁钩钩膜内红肉出，则其大如掌，乃宿患之疟母(疟疾引起的脾肿大)也，始如法敷治疮口而愈，宿疾顿除。”
关于唇裂修补术：顾世澄说：“先将麻药涂缺唇上，后以小锋刀融唇缺处皮，以磁碟贮流出的血，调前药，即以绣花针穿丝钉住两边缺皮，然后搽上血调之药，三、五日内不可哭泣及大笑，又怕冒风打嚏，每日只吃稀粥，俟肌生肉满，去其丝，即合成一唇矣”，所述方法步骤与护理要求也较前更为符合实际。
包茎炎与包皮切开术：赵濂对因包皮过长、包裹龟头过紧引致包茎炎的手术治疗，在前人基础上，作出了创造性贡献。他指出：大人、小孩，龟头皮裹包，只留细孔，小便难沥。以骨针插孔内，逐渐撑大，若皮口稍大，用剪刀，将马口旁皮用钳子钳起，量意剪开，速止其血。或用细针，穿药线在马口旁皮上穿过，约阔数分。然后将药线打一抽结，逐渐收紧，七日皮自害，则马口可大矣”（赵濂：《医门补要》上海科技出版社铅印本1959）。
阴道闭锁之手术治疗：古代称之为“实女”者，即女性之先天性阴道部分或完全闭锁症，顾世澄称之为“室女无窍”。他首创铅梃为患者每日进行阴道扩张术治疗。顾氏强调：“实女无窍，以铅作梃，逐日推入，久久自开”。这一医疗技术对部分闭锁之阴道可以得到肯定的效果，其方法和原理至今仍有其重要的意义。
耳鼻等断落之缝合手术：除了上述外科手术外，《疡医大全》还记载了许多很有价值的外科手术治疗病例资料，如：耳再植、鼻再植的手术；断指再植手术以及鼻、阴jing的再造术。可以为研究者所借鉴。
此外，郑玉坛《外科图形脉证》(1795)，还记有肠损伤缝合、煮针、麻醉及弹丸剔除手术。郑氏所述该手术后之护理要求也很符合科学原则，如术后忌呼号妄动；初则少饮米汤，半月后方可食米粥；腹部伤口要用软布勒住等等。腹部外伤之肠纳入与腹壁缝合或用力裹缠腹部绷带以促伤口愈合在清代其他外科著作中有着比较普遍的记载。郑氏除强调外科手术麻醉之一般方法外，他还创造性提出用麻醉药煮外科手术器械，他认为经麻药煮过的刀“任其针割不甚疼痛，且御风寒”感染。
(五)皮肤病
清代前、中期，《外科大成》、《外科全生集》、《医宗金鉴·外科心法》等书先后问世。显示了祖国医学皮肤病的经验日趋丰富，许多疾病的诊治水平进一步提高。
1、缠腰火人丹(带状疱疹)，带状疱疹为常见之病毒性皮肤病，清初，对本病即可与其它疾病分开，较准确的描述其皮损和全身反应情况。如《医宗金鉴·外科心法》记述“缠腰火丹”：“此证谷名蛇串疮，有干湿不同，红黄之异，皆如累累珠形，干者色红赤，形如云片，上起风粟，作痒发热，此属肝、心二经风火。治宜龙胆泻肝汤。湿者生黄白，水短大小不等，作烂流水。较干者多痛，此属脾、二经湿热，治宜除湿胃苓汤。若腰肋生之，系肝火妄动，宜用柴胡汤治之，……。
2、鹅爪风：王洪绪《外科全生集》列述“鹅爪风”谓即油灰指甲，至以白凤仙花外治。该病相当于今日之甲癣，以白凤花捣烂包甲确属有较，至今有沿用。
3、四弯风(相当于异位性湿疹类皮病)：明《普济方》所述之四弯风，乃指肘凹、凹之迁延性皮损，至谓“痒不可忍”极似现代所谓之异位性湿疹，祖国医学认为此类疾患由风、湿、热邪相搏客于皮肤所致，并指出注意忌生冷辛辣腥味食物。
(六)外治法
这一时期有关外治法方面的内容大多散见于各种医学书籍中。由于外治法具有简、便、廉、验的特点，因而，其应用已远远超出了外科的范围。另外，出现了有关论述外治法方面的专著，如赵学敏的《串雅外编》可以说是对中医外治法方面一次较为系统的总结。在清代对外治法作出卓越贡献当推吴尚先的《理骈文》，内容十分丰富。
