整个清代，虽然难以找出具有划时代意义的药物学杰作，但也异常繁荣，至少在本草著作的数量上空前多，种类空前丰富。
(一)赵学敏的《本草纲目拾遗》
在医学史上，但凡一部伟大著作产生之后，往往会伴随着产生众多的后续性著作。在《本草纲目》众多后续性著作中，成就最大的无疑是清代赵学敏的《本草纲目拾遗》。赵学敏一成中写过大量有关医药方面的著作，其中的《升降秘要》和《药性玄解》是介绍炼丹方法的，实际上是研究制药化学的专著；《本草话》是辨别药物真伪和产地的专著；《花药卜名录》专载药物别名和隐名；《奇药备考》是补充明代高廉所著《珍异药品》的著作。可惜这些著作都已散佚无存。赵学敏毕生心血在药物方面只留下《本草纲目拾遗》10卷尚流传于世。
《本草纲目拾遗》的主要贡献在于，他总结了《本草纲目》之后药物学发展的成就。全书载药921种，其中的716中为《本草纲目》所未载。这一数字超过了古代任何一部本草著作所新增添的药物数，对李时珍的错误或不妥之处加以订正。如《本草纲目》载铅粉辛寒无毒，世人“皆仍其误”，危害匪浅，赵学敏根据实地考查，证明这是错误的，并加以纠正。赵学敏对民间医药知识极为重视，他深入到民间劳动群众当中，虚心学习求教，采集了许多简、便、廉的草药和单方。如鸡血藤舒筋活络、鸦胆子治冷痢、千里光治疮、鹧鸪菜驱蛔虫、臭梧桐治头风、六月霜解暑毒等等都直接来源于民间经验。他还记载了清以来传入的药物知识，如治疗疟疾的金鸡勒、治疗咽喉肿痛的胖大海、外用的日精油及东洋参、西洋参、烟草等等。还记载了一些西药如消强水、刀创水、冲鼻水等。赵学敏编纂医药著作的目的是“可济于世”，因而他治学态度极为严谨。因此《本草纲目拾遗》有很高的科学价值，是清代新内容最丰富的本草著作之一，代表了清代本草学的最高成就。
(二)尊经复古思潮下的本草著作
从明代缪希雍《本草经疏》起，明清在药物理论探讨上出现了新的变更，其中有言本草必宗《本经》的尊经派，着力阐发《神农本草经》的药物机理；有致力于《神农本草经》原文的辑复工作的；还有以张仲景所用药物为研究对象，注疏“经方”药物的。这种尊经复古倾向的产生与清代整个医学界的复古思潮有关，与清政府禁固思想文化而产生的乾嘉考据学风也有关。
1、注疏《神农本草经》药物为主的本草著作
《本草祟原》为张志聪的未完稿，经其门人高士继续完成。他们从药物生成、形色性味及与病因病机之间的关系入手分析药理，切于实际，通俗易晓。
清代中叶另有姚球撰有《本草经解要》一书，论药着重在“药与症相应”。把药物气味功效与人体脏腑功能紧密结合，与《本草祟原》殊途同归。
乾隆年间著名医家除大椿撰集了《神农本草经百种录》，从辨药物之形气监督来探讨药性，研讨精深，多有新意。他针对当时一些不明药性、滥用药品的时弊予以抨击。
陈修园撰写《神农本草经读》时常结合张仲景用药法，并结合自身丰富的临床经验，颇有建树。综上各家的共同特点都是在理论上尊经崇古，但由于以上著作多出于临床经验丰富的名医之手，故有不少宝贵的用药经验体会，颇有新的见地，所以流传较广。
2、对《神农本革经》等的辑复工作
《神农本草经》的辑佚始于南宋，至明代有卢复辑佚本。清代受考据学的直接影响，一些经学家把其余力用在本草著作上，出现了一股小小的辑佚热潮，孙星衍、孙冯翼所辑《神农本草经》是各种辑佚本中较突出的一部。孙星衍是清代著名考据学家，孙冯翼是他的学生，仰仗他们渊博的学识、丰富的资料和严谨的学风，二孙辑本受到广泛重视，多次翻刻，影响较大。此后顾观光在《神农本草经》药物校勘和考证方面下了一定功夫，辑为新的本子，但其编排次序取自《本草纲目》所列《本经》目录，未为允当。
此外清代对《吴普本草》、《雷公炮炙论》、《新修本草》都作了初步辑复工作。
3、注疏经方药物为主的本草著作
清代部分尊经复古者专门讨论《伤寒论》、《金匮要略》两部经典中的药物。黄元御《长沙药解》，取张仲景方书中161味药，探讨张仲景治病用药机理。其特点是将论病与用药议方结合起来，间附个人见解，对当时医学中的流弊也多加针砭。
邹澍将张仲景所用173味药予以疏证，编成《本经疏证》。该书将药物分为三品，除注疏药性外，还在毒药下论述了药物基原，其特点是结合个人体会，把药、方、病结合起来论述。
此外还有周岩《本草恩辨录》吴槐绶《南阳药证汇解》和田伯良《神农本草经原文药性增解》也都着眼于张仲景用药法的研究。
(三)《本草述》及后续著作
清初节纂改编《本草纲目》的著作中，刘若金的《本草述》影响较大。他将《本草纲目》进行了删节修订，在80岁上撰成《本草述》一书。书共32卷，编排顺序、药品基本上都取自《本草纲目》大量吸收宋元以来医家有关论述。该书论药以谈论药性药效及药理入手，常于略引前人论说之后，附以大篇阐释，对有些药物解说辨析入微，颇有见地。
该书一问世，颇受欢迎。嘉庆间杨时泰对其进行删节修订，增加了药物基原、产地、性味、主治等内容，使一部原为专述药性的著作，一变成为适于临床应用的书籍，命名为《本草述钩玄》。
在《本草述》基础上改编而成的，还有陈其瑞的《本草撮要》，全书以药为经，以方为纬；体裁与《本草述钩玄》相类似。另有张琦依据《本草述》节录的《本草述录》。其后蒋溶又在张琦节本基础上再加辑补，成《萃金裘本草述录》。张琦学生包诚在张琦节本药物基础上，以十二经络为经，十剂为纬，列成《十剂表》。
(四)普及性本草著作
在清代400余部本草著作中，普及性本草书籍竟占大半，这不能说是完全正常的，但普及性本草著作中仍不乏高水准之作。
清代流行最广的普及性本草著作是汪昂的《本草备要》。他以《本草纲目》和《神农本草经疏》为基础加以综合节要而成。该书最大特点是实用，所选400种药物皆常用之品；另一特点是通俗，解说简明扼要，易懂易记。
吴仪洛的《本草从新》是《本草备要》的增补本。共录药物720种。分类编次悉同《本草备要》。补充了许多未见于本草著作记载的民间药材。在药物识别上他也根据体会予以记述，其次在产地、道地药材、炮灸等方面都有新的见解。
其它如郭佩兰的《本草汇》、张璐的《本草逢原》、黄宫绣的《本草求真》等等也各有特色。
