汉代针灸学术，在继承前人经验基础上，继续取得发展。
淳于意是西汉初期的著名医学家，他从公乘阳庆、公孙光等战国时期老一辈医家那里继承了针灸学术，并将其传授给高期、王禹等人。针灸学在《难经》中占着重要的地位。《难经》在《黄帝内经》的基础上，对针灸学理论有一定的充实和提高。在西汉时期，刘胜墓出土的九枚医用金针和银针，亦标志着针灸用具的显著进步。《后汉书·郭玉传》的记载，有涪翁、程高、郭玉等一派互为师承的针灸家撰著《针经》、《诊脉法》等，互相传授，虽然均已失传，但涪翁“时下针石，辄应时而效”的高超针术仍得以流传。程高学于涪翁，并将所学针灸技术传与郭玉。郭玉在东汉和帝（89～105年）为太医丞，在针灸上不仅具有“一针即差”的本领，而且还深刻地认识到“针有分寸，时有破漏。”他认为“腠理至微，随气用巧，针石之间，毫芒即乖，神存于心手之际，可得解而不可得言也。”说明在针刺治疗上已达到相当高的水平，并已获得显著的疗效。
西汉末至东汉延平（8～106）年间，在针灸史上出现一部名著《黄帝明堂经》；即《明堂孔穴针灸治要》，是中国第一部针灸学的腧穴学专著。隋唐之间，曾先后两次由政府下令，加以修订，规定为针灸医生的必修课本，并流传到日本等国，对后世中外针灸学的发展产生了深远的影响。
《武威汉代医简》有九枚医简涉及针灸，从中可以看到当时的留针时间较长，可达“炊米一升顷”之久，简文共载有三里、肺俞二穴。其泉水，从上下文看亦当为穴名，但不见于后世针灸著述。肺俞穴，似为脾俞穴的误记。三里穴，原简作“时下五寸”亦与今穴不同。简文还谈到刺灸与年龄的关系，这也是其他针灸著述所未见的。《黄帝虾蟆经》是一部论述四时刺灸禁忌的专著，全书有十分之七的内容为插图，其中有一幅全身谨避针灸的人体图，是按六十甲子交替排列的，共有六十个禁刺部位。
华佗亦长于针灸。史载：”若当灸，不过一两处，每处不过七八壮，病亦应除。或当针，亦不过一两处，下针言，当引某许。若至语人。病者言：‘已到’，应，拔针，病已行差。”形象他说明了针刺是否得气和疗效的关系。曹操“苦头风，每发，心乱目眩，佗针鬲，随手而差。”
张仲景对针灸亦有独到见解，以伤寒为例，发热恶寒，……，寸脉浮紧，大渴欲饮，自汗便利的宜刺期门；妇人中风，发热恶寒，经水适来，热除脉迟，身凉下满，……，亦宜刺期门。在69条有关条文中，以刺期门主治为最多，张仲景在针灸操作方法上也有所发展，如针刺与温针、烧针、艾灸等，并各有比较明确的适应症。如所论之“可刺”、“不可刺”、“可灸”、“不可灸”、“可火”、“不可火”等，专篇论述针灸的忌宜，成为张仲景针灸学说的又一特点。
