明代是内科杂病学术全面发展并达到空前繁荣的时期，其特点，一是围绕金元四家与古代医学理论及医疗经验的继承和发展，所出现的不同学术流派及其学术争鸣，主要是以薛已、张介宾、赵献可等医家所代表的温补派对刘完素、朱丹溪医学主张所展开的论争，这种学术争鸣对内科杂病学术的发展起了很大的促进作用。其二，内科杂病学家们在临证上更为重视辨证论治理论的运用，使内科杂病辨证沦治水平较以前明显提高，其三，不少医家对内科杂病诊治的总结与医著空前增多，并能对临证实践发挥切实的指导作用。明代在内科杂病学术上所取得的成就，使这门学术的发展趋于成熟，并对后世内科杂病学术的发展产生了较大影响。
(一)丹溪学派传人的学术彭响
朱震亨的弟子较多，而且不乏在医学上有一定成就与影响者，因此元末明初时丹溪学说一度颇有影响。其中素炙丹溪之门的医家，有赵良仁、戴思恭、刘叔渊、王履等人。赵良亡所著《金匮衍义》一书，恪守丹溪家法，阐释杂病立方施治的要旨，戴思恭除协助其师整理《金匮钩玄》等医著外，自己还著有《证治要决》、《证治类方》、《推求师意》等书，对丹溪学说多有阐发，如从阳有余、阴不足的观点出发，更强调了“火之为病”的危害性，及进一步阐发“六郁之病”的证治等，对后世有一定影响。王履治学颇多创意，敢于大胆批评前人之说，他宗丹溪学说对东垣学说指斥甚力，王氏在内科杂病中的一个突出成就，是对中风提出了“真中凤”和“类中风”的独特见解，对后世影响很大。
(二)温补学派的盛行及其对内科杂病的影响
薛已可谓温补学派的倡导者，他在《内科摘要·脾肺亏损咳嗽痰喘等症》中提出，“当补脾土、滋化源，使金水自能相生”的观点，进一步推论说脾胃一虚则诸症蜂起。因此，他在治病时特别注重补益脾胃之气，同时他也探讨了肾命学说。由于脾肾在生理病理关系上极为密切，薛已对于以上虚为主者，主张“补肾不如补脾”之说；但当肾虚为重时，则又以补肾为先。至脾肾皆虚，则经常采用脾肾同治之法，兼筹并顾。在治则上，讲究固本滋源，因而他在处方用药时重视温补，不尚苦寒。
孙一奎对命门学说有潜心的研究，提出了肾间动气学说。他强调命门是客观存在的，其位在两肾之间，即命门穴所在之处，乃人身一太极，为阴阳之根蒂，造化之枢纽，是生命的原动力，在构成人体完整的生命系统中起着重要作用。他十分重视对下元虚寒的辨治，如论肾泄、癃闭、遗溺、小便失禁诸症，亦多从下焦命门着手。
赵献可特别强调命门之火，他认为八味丸是“益火之源，以消阴翳”的主要方剂，凡命门火衰，不足以化水者，非此方则无以济火。他在临证中强调保养命门之火为治病之要义，养命门之火为治病名要义。
张介宾力倡“阳非有余，阴常不足”的论点，既重视真阳又重视真阴，并把真阳与真阴归根于肾命之水火。他创制的右归丸和右归饮，是温补扶阳的代表方剂，张氏的温补学说，在虚劳等虚损疾患的治疗中起到重要的作用。
另一位医家李中梓，以注重先后二天水火阴阳著称。在疾病的论治中，特别强调膊肾的病理变化，重视脾肾之脉，常诊太溪以察肾气之盛衰，诊冲阳以察胃气之有无。如果脾肾二脉能应手，则患者有回生之望；若脾肾二脉不能应手，则多为危殆之腹，他治先天之本，基本上继承薛己、赵献可的补肾之法；治后天之本，则沿袭了张元素、李杲的理脾之方。
综上所述，温补学派发展了易水学派的脏腑病机学说，除注重调理脾胃以治疗内科杂病的积极作用外，还深入地探讨了肾命学说，从真阴元阳两个方面阐明了人体阴阳平衡的调节机制及重要意义，并于临床实践方面，在温养补虚治疗脾胃和肾命疾患过程中积累了丰富的经验，对后世临床各科产生了深远的影响。
(三)内科杂病辨证论治水平的提高
中风：有关中风的病因，自金元以降，突出以“内风”立论，明代医家在各自临床实践中，对此又有新的认识。如吴昆指出阴阳异位，升降失常可以导致中风的形成。王肯堂则十分重视饮食习惯和营养成分与中风发病的关系，如久食膏梁厚味或肥甘之品的人，其发病率较高。孙文胤指出与情志、嗜欲、饮食、起居等因素密切相关。
张介宾继而提出“非风”之论，明确提出此与外风无涉，实际应该是《内经》所提的“厥逆”，因此正名为“非风”。
虚劳：明末汪绮石对虚劳病机、治疗和预防作了系统的论述。病机分虚劳六因说和虚劳由火说。虚劳的治疗，汪氏在《理虚元鉴·理虚三本》中提出“理虚有三本，肺脾肾是也”的原则，说明了调理脏腑的重要，在预防方面，汪氏强调“六节”(节嗜饮，节烦恼，节忿怒，节辛勤，节思虑，节悲哀)，从精神因素方面做到克制和解脱，起到非药物所能达到的治疗作用。“七防”(防风，防暑，防凉，防湿，防燥，防寒，防非节之暖)，注意随时调摄，以防时令和气候的变化。如“四护”(保护四时贼风不从风池、风府而入；保护秽恶不正之气不从口鼻而入)，防护于未病之时、“三候”(春初、仲夏和夏秋之交)是本病易发或加剧时期，故须严加注意、“二守”(服药与摄养宜守之勿失），避免始勤终怠，延误治疗，“三禁”(用药禁燥烈、苦寒、伐气)诸法，都具有指导临床的作用。
咳嗽：明代医家对咳嗽的辨证论治有新的补充。李梃《医学入门》首先提出对咳嗽外感、内伤的分类，为后世提供了借鉴。《景岳全书》对外感、内伤咳嗽的病因、病机、证候、治疗，论述更为详细。提出外感咳嗽由肺而及他脏，故以肺为本，他脏为标；内伤咳嗽由他脏及肺，故以他脏为本，肺为标。这对后世治疗咳嗽有很大的指导作用。张氏还对外感、内伤咳嗽的辨证提出了若干要点。在治疗上则提出内伤咳嗽以阴虚为主，治以滋阴，但见虚寒而咳嗽不已者又当补阳，以上这些论述，都从不同方面大大丰富了对咳嗽辨证论治的内容。
消渴：关于消渴病的治疗，明代医家进行了多方面的探讨。戴思恭注重益气，专用黄芪饮治疗三消，把益气放在治疗的首位，在消渴病的治疗方面有一定的影响，李梃主张以补脾益肾为主，他在《医学入门·消渴》中说，消渴病其本在肾，其标在肺，肾暖则气上升而肺得润泽，脾旺则津液自生，故强调补脾益肾的重要性。赵献可力主三消肾虚学说，提倡治三消当以治肾为本。周慎斋治消渴强调以调养脾胃为要，并特别重视养脾阴，“专补脾阳之不足，用参苓白术散。”
哮证：虞传《医学正传》明确地对哮与喘作出了区别：“哮以声响名，喘以气息言；夫喘促喉间如水鸡声者谓之哮，气促而连续不能以息者谓之喘”，从症状特点方面说明两者的不同，明确了哮与喘的鉴别要点。关于哮证的病因，戴思恭在《证治要诀·哮喘》中，明确地提出本病有“宿根”之说，这在哮证的病因学上是一个重要进步。
(四)丰富的内科杂病著述
明代有关内科杂病的著述十分丰富，成为这一时期内科杂病学术繁荣的重要特点之一。重要著述有：薛己《内科摘要》，是中国医学史上最早以“内科”命名的医学专著；孙一奎《赤水玄珠》、楼英《医学纲目》，强调辨证论治理论的运用；虞传《医学正传》，本丹溪之说而有所发挥；王纶《明医杂著》提出“杂病用丹溪”的学术主张；龚廷贤《寿世保元》于中风预防有独到见解；秦景明《症因脉治》强调临证询视证候的宜要性等等，在内科杂病的诊治上均各具特色。
而内科杂病的专著与专篇则有王肯堂《杂病证治准绳》与张景岳《景岳全书·杂证谟》等，此外，方有执《痉书》为痉病论治专著，周履靖《金笥玄玄》为虫证论治专著，郑全望《瘴疟指南》为疟疾论治专著，龚居中《痰火点雪》、胡慎柔《慎柔五书》及汪绮石《理虚元鉴》均为虚劳论治专著等。
