宋代医事制度沿袭唐制而有所改革。医事行政与医学教育各设机构，分别管理。翰林医官院掌医政和医疗。太医局，则为管理医学教育造成医学人才的机构，使医事行政和医学教育分工明确，二者各有专责，有利于医药行政管理的实施和医学人才的培养。这是宋代医学比前代有较大发展的重要因素之一。
(一)中央医事机构
翰林医官院是中央较高品位的医疗兼行政管理机构，掌供奉朝廷医药，对内廷、朝臣疾病以及军旅、学校、民间疾疫派遣医官治疗，元丰元年(1078)六月，翰林医官院改为翰林医官局，其职能仍旧。
翰林医官院初期，医官编制庞大，嘉祐二年(1057)医官院自直院发下定员142人，但后来却恣意叙迁、荫补、以致员额滥冗无度。宣和二年(1120)自和安大夫至祗候竟然达到1096人。后经过裁汰，宣和三年(1121)医官额减为350人，绍兴三年(1132)更减为43人。宋代职官十之八九官与职分离，本官不管本职，医官职位用武阶，徽宗鉴其弊端于政和二年(1112)，改医官职位武阶为文阶，共计22阶，和安大夫、成和大夫、成安大夫为从六品，是医宫中官品最高者，翰林医学为从九品，是最低者。
翰林医官的录用，选40岁以上，经过考试本科经义或方脉用药，以通六七分以上者为合格。为了补充医术精良的医官，淳熙十五年（1188)九月，诏命文武臣，从各州县民间医生中保举人才，经初试合格者，参加次年省试，合格者五人取一名，给帖补充习医生，二次省试，五人取一名，成绩八通补翰林医学，六通补抵候。
(二）地方州郡医官制
州郡也有医官。元丰六年(1083)规定医生数额：京府节镇10人，内小方脉3人，余州7人，小方脉2人，县每万户1至5人，3人以上，小方脉1人，遇有缺，差官于历习方书试义十道，以五通为合格，给帖补之。政和元年门（1111）规定：京府及上中州设医学博士(政和九年改作医博士)、助教各1人，下州设医学博士1人，诸州医学博士、助教阙，由本州医生中选医术精良者补充；如无合格人员时，选能医者通过考试录用，诸职医；助教、医生医术不精，治疗多失误者，经上级查验属实，另选合格者充任。
(三)国家药政机构
宋代药政较为进步，药物管理设有尚药局，专门负责御药、和剂、诊疗疾病。又设御药院，为皇帝御用药房，多由宦官主管。
1、尚药局 属殿中省，为六尚局，（尚食、尚药、尚酝、尚衣、尚舍、尚辇)之一，设有典御2人、奉御6或4人、监门2或1人及医师。此外，尚食局设有食医4人经管皇帝的膳食，似今之营养师。
2、御药院 至道三年(公元997)设置，属内侍省。起初御药院以入内内侍3人掌管，仁宗天圣四年(1026)又置上御药及上御药供奉多至9人。崇宁二年(1103)年御药院一切供御汤药的事改归尚药局管理，鉴于御用药品之重要，又增置内臣监官4人为奉御。
御药院职责是检验秘方，以时剂和药品进御及供奉禁中之用。此外，保管加工炮制国内外进贡药物，采购药材，官员也常奉敕出使，如代表皇帝向驻边臣帅赐药，率太医给疫区送药。
(四)官办药厂与药店
宋代药物被列为专卖品，由市易务卖药所经营。熙宁九年(1076)神宗诏令撤消合并旧有的熟药库、合药所、卖药所，在京城开封设置太医局熟药所，又称修合卖药所，通称药局。委官监制和销售成药，为官药局的创始。熟药所出售的成药比生药使用方便，很受医生和病人欢迎。经营一年来，收息钱二万五千缗，效益显著。崇宁二年(1103)熟药所增加至5所，另设“修合药所”2处，为制药作坊。政和四年(1114)“修合药所”改称“医药合剂局”，“熟药所”改称“医药惠民局”。南宋绍兴六年(1136)于临安设熟药所4处，其一为和剂局，由翰林医官院选保医官辨验药材。绍兴十八年(1148)改熟药所为“太平惠民局”，熟药所除日常以优惠价格向民间出售药物，向地方批发，交换药材外，还制定有每逢夏季，冬季和疫病流时施医给药制度，轮流值班制度，药品检验制度等。这些制度的制定及实施促进医药事业的发展在中国医药学史上有其积极意义。熟药所的设立，使《和剂局方》得以推广，成药使用有所普及，给民众医治疾病带来了便利，是宋代医学发展的特色之一。可惜原是嘉惠人民的官药局，随着宋政府的日益腐败，变得有名无实。
(五)与医有关的慈善机构
1、安济坊 政府设立病坊收容穷困无靠病人，给予医药照顾，滥觞于南北朝，唐代有悲田养病坊之设。宋代的病坊设置有较大发展。崇宁元年(1102)置安济坊于各路，收容贫病无靠者给予医药。病人依病情轻重异室居住，“以防渐染”，又有厨舍以调制汤药饮食。另有养济院收容臣病在道，旅店不能容留者，轮差医生诊治，俟病愈后再给钱米遣还乡里。政府对安济坊的医生和管理人员订有奖惩条例，并委官经常检察。此外，当时地方官绅也有个人出资建立病坊，从事慈善事业，收治贫困无靠病者。宋代病坊备有病房，医生和记录治疗效果与失误的，“手历”(类似令之病历记录表)，以便年终考绩，其组织已渐具“医院”雏形，理宗绍定二年（1229)绘制的平江图(藏今苏州市博物馆)已见有“医院”地名记载（宋政和三年（1113）升苏州为平江会，该府即今苏州市）。
2、居养院 居养院始于唐代的悲田福田院。宋元符元年(1098)淮东路设官房，居养鳏寡孤独贫困不能自存者，月给口粮，病者给医药。崇宁四年微宗赐名“居养院”，居养人的口粮，日用钱，冬季柴炭钱，政府也都有具体规定。
3、福田院 宋仁宗以前，京师已有东西两福田院，安置老疾乞丐，嘉祐八年(1063)增南北两福田院，各院有屋50间，所养各以300人为额，内藏年拔给经费5千贯。
4、漏泽园 元丰间(1078～1085)神宗曾诏令在开封府置，以官地收葬尸骸。崇宁三年(1104)徽宗再次下诏推广命各地择高扩不毛之地理漏泽园，掩埋贫无以葬者或客死暴圳者。漏泽园制定有应葬者登记，对葬穴面积、深度也有具体要求。漏泽园的建立，客观上改善了环境卫生，对防止疫病流行具有一定的积极意义。
5、慈幼局 淳祐九年(1249)理宗给官田五百亩，于临安创建慈幼局，收养遗弃的新生儿，并置乳母喂养，无子女者可来领养。慈幼局的建立为育婴堂的嚆矢，
6、保寿粹和馆 创立于政和四年(1114)，是掖庭宫人养病之处，位于宫城西北隅建官设属。宣和七年(1125)，徽宗下诏撤消。
7、病囚院 此院亦称病牢，为监犯治病的医院。真宗咸平四年(1001)，今诸路置病囚院，医治持杖劫贼、徒、流以上病囚，其它病囚得保外就医。
