(一) 奠基阶段(1949～1966)
1955年底，在卫生部的领导下，建立中医研究院，其下设立偏审室。除编审室外，在上海还有中医文献馆，也是肩负相似任务的另一个中医文献的整理和研究基地。这两个机构是我国文革前两个中医文献研究中心，做了大量中医文献整理研究工作。
六十年代初，经过数年的努力，对全国中医图书进行了一次全面的调查摸底。参加这项工作的包括省、市、自治区、省辖市的公共图书馆、医药研究机构、高等医药院校、中国科学院、北京大学的图书馆等共五十九家图书馆，由中医研究院和北京图书馆带头，对我国现存的古今的中医药图书进行了普查，并分类编目，于1961年编成并出版了《中医图书联合目录》。全书计收入中医药图书7661种，分为医经、藏象骨度病源、诊断、本草、方书、伤寒金匮、温病、临症各科、针灸、养生护理按摩、综合医书、丛书全书、医案医话医论、医史、法医、兽医、工具书等十多类书。这是对我国现藏中医古籍宝藏的收藏情况，包括收藏单位，版本情况，促进中医图书研究，具有积极的作用。
(二) 停滞及缓慢发展阶段(1966～1976)
1966年开始的“文化大革命”对中医文献研究来说，如其他的科研工作一样，陷于停顿状态。
直到七十年代初期，这方面的工作以一些科研工作者对中医名词术语的整理研究为标志。由中国中医研究院和广州中医学院(现广州中医大学)的科研工作者合编的中医工具书《中医名词术语选释》于1973年由人民卫生出版社出版。此书选中医常用名词术语4285个，收藏了除中药、中医人物、经穴之外其他各科常用名词术语。这是中医文献工作恢复的先声，也为后来中医药大型工具书出版工作的繁荣打下了基础。
在这一阶段的末期，值得着重提出的是对一些出土的古代医书的整理研究。1972年，在甘肃省武威柏树公社旱滩坡的汉墓中，出土了一批汉代医学简牍计92片。经研究，其时代约为秦汉或更早一些。这一批简牍计载治病方剂约百首，故又名《治百病方》，对该简牍的排列次序进行了研究，得到了较好的复原。对简牍中的医学理论，临症各科辨证，方剂配伍、药物性能及用途以及有关治疗方法的章句注释，出处考证等，均做了较深入的研究，并于1975年整理成书，由文物出版社出版《武威汉代医简》。1973年，又在长沙马王堆三号汉幕出土了一大批帛书或竹简古医书，经研究，该墓葬系公元前168年营造，而这一大批古医书之著作年代则为秦汉之际。其中的医书经鉴定研究并予以命名，计有《五十二病方》、《足臂十一脉灸经》、《阴阳十一脉灸经》、《脉法》、《阴阳脉死候》、《却谷食气》、《导引图》、《养生方》、《杂疗方》、《胎产书》、《十问》、《合阴阳》、《杂禁方》及《天下至道谈》等十余种。其中的《五十二病方》在这一阶段得到充分的研究和阐发，该书在七十年代末也由文物出版社出版。
1976年中，由卫生部组织的“西藏医学文献调查小组”进藏，对由于文革冲击而被束之高阁的大量藏医古文献进行调查，其重点调查研究了《四部医典》及八十幅彩色医学汤卡系列。这一工作为其后藏医文献以至于藏医学的发展，起到了重要的促进作用。
(三)蓬勃发展阶段(1977～至今)
建立文献研究机构
1980年，医史文献研究室升格建所，成为我国第一个文献研究所，其下设立基础文献研究室及临床文献研究室，以不同角度对我国的中医文献开展研究工作。
除上海市中医文献馆恢复于1982年设制外，全国各地中医药院校、中医药研究机构均先后建置文献研究部门。到九十年代初，已在全国建立约四十个中医文献专业单位，包括所、室、馆，其中有北京，上海的老机构，也有以后陆续设置的的机构。其中，基础较好、力量较强的除中国中医研究院及上海中医文献馆基础雄厚外，还有北京中医学院中医文献教研室，上海中医学院中医文献研究所。
1994年在中国中医药会之下建立了中医文献会，这一学术团体的建立，标志着我国中医文献研究进入了一个更有组织、更加繁荣的发展时期。
为了有计划地培养我国中医文献的研究人才，经卫生部批准，从1983年开始，委任中国中医研究院医史文献研究所为培训我国医史、文献专业人员的基地，向全国招生。其中文献专业已先后主办两期，每期一年，由这里培训的文献研究人员，返回原单位后，均已成为中医文献研究的骨干，为在我国进一步开展文献专业研究，发展中医文献事业起到很好的促进作用。另一条培养文献专业的高级人才是研究生。自1979年开始，各科研单位，中医院校招收并培养文献专业的研究生，北京中医学院(现为北京中医药大学)等单位主办中医文献专业班。
文献工具书及检索类作品：
1949年后的四十多年，尤其是十年动乱以后，中医药工具书有极大的发展，如在“文革”末期完成的《中医名词术语选释》一书的基础上，由原班编著者作了进一步的工作，组织全国十一个中医院校共同编成《简明中医辞典》，此书于1979年编成，出版后，影响较大，在短短七年间，重复多次，印数达31万册，对于普及中医知识，促进中医学术的普及和提高，有较好的作用，评价较高。于1995年出版了合订本《中医大辞典》，成为我国有史以来最大的一部中医辞典。
另一部影响较大的辞典是《中药大辞典》，该书于1977年出版，全书收药5767味，其中植物药4773味、动物药740味、矿物药82味、传统加工的单味药172味。这是新中国成立以来影响最大、资料最齐全的一部中药物学工具书，在台湾、香港均有翻印本，现也有日文译本。
还有相当多其他类型的工具书出版，其中有地方性中医人物词典，有一般中医药工具书及半工具书性质的参考书，还有民族医学类工具书等。
值得一提的是我国第一部医学百科全书的出版。此套全书蕴酿于六十年代初，文革期间中断。十年内乱结束不久，于1978年，即开始组织。全套书以学科分类，计划共九十三卷于八十年代，开始陆续出版。
中医药的检索工具，是新中国文献学研究工作的一项新工作。五、六十年代开始有些零星的索引类的著作出版。七十年代末开始，各类索引性的工具书，开始陆续出版。如索引性期刊有定期的，也有不定期的。
五十年代初期，曾计划对全国中医类图书进行普查，组织全国各有关图书馆共同编制了一部联合目录，在此基础上，又经近十年的辛勤工作，在1991年正式出版了《全国中医图书联合目录》（中医古籍出版社），此书收编了全国115家图书馆收之的1949年以前出版的中医书籍计12124种，对各种书收藏情况。版本、刊刻年代等均有详细记载；其后陆续出版的各别图书馆馆藏图书，如中国中医研究院的《馆藏中医线装书目》，上海市医学院的《中医图书目》等，均有一定的文献学价值。
为便于编制中医药检索性工具书及分类标引方法引进中医药学，另制科学的主题词已经成为当务之急，为此而编制成我国第一部中医药学的《主题词表》也业已出版。
