明代外科学在疾病认识、医疗技术改进及手术等方面，均有提高，出现了革新趋势，继元代之后，明代实行更为严格的医户制，这一制度虽不尽合理，但对技术要求较高的疮疡、骨伤、刀而箭治疗技术的继承和发展，却有不少长处。
(一)外科著作数量增加：明代外科著作，约有50种，其中有20余种至今仍是学习研究的参考书。综合反映了明代外科学的发展水平，这些著作中流传最广的是：《疮疡经验全书》仅现存历代刻本和抄本近20种；《外科准绳》亦名《疡医准绳》，作为丛书刊刻或单列刊刻近30种，《外科正宗》各种版本达50多种，流传之广，影响之深居历代外科著作之冠。陈实功的《外科正宗》实际上是明代外科学发展水平的代表作。
(二)外科学派与学术思想：明代外科学继承了宋元时代外科学的学术思想和经验，思想比较活跃，富有求实精神，出现了不同的学术观点，以及与之相关的治疗原则和医疗技术。外科学中不同观点和相互争鸣，对推动它的发展具有积极意义。
杨清叟对痈、疽化脓性感染的阴阳虚实辨证，论述甚详，保存有不少民间验方。赵宜真继承了他的理论、学术思想和经验。主张外科学的发展必须有大方脉作基础，从他处理化脓性感染的理论依据和指导思想看，比较保守，但强调外科学家必须掌握医学基础理论则应予肯定。
汪机的《外科理例》，多集前人之说而成。他强调外科学家必须重视掌握内科理论知识，并用以指导外科疾病论治的观点是正确的，与赵宜真的学术思想一致。江机则指出人体各个部位化脓性感染若已化脓，必须早期正确诊断，早期切开引流，不能一味等待自溃，汪机这一主张是很科学的。
申斗垣的外科学术思想比较激进，他崇拜华伦，深为其剖腹，刮骨等手术未能传世而惋惜。他对各种外科疾病，多能根据不同情况，在辨证基础上，给予手术或非手术的适时治疗。申氏提出的治疗原则和措施，至今仍有参考价值，如对筋瘤，主张“以利刀去之”；对血瘤，强调“以利刀割去，银烙匙烧红，一烙血止”，使不再生。这些由细致观察和经验总结形成的正确结论，对外科治疗学的发展极有价值。
王肯堂晚年撰成《外科证治准绳》，是集先代外科名医方论融合而成的代表作。王氏治外科学富有求实精神，重视临床效验，善于总结经验以提高理论认识。如关于诊断瘤肿性质与确定治疗原则的关系，他强调：“按之推移得多者，可用取法去之，如推之不动，不可取也，去法以药先腐，再剪割，必除瘤根。小瘤术后即愈，大瘤去后半年，其肌肉寐痹可复”。王氏对手术持慎重而积极的态度，主张扩大外科手术治疗领域。他是明代，也是外科学史上记述外科手术最多最详的外科学家，他对不少外科疾病的分析和认识，把中国外科学的学术水平大大提高了一步。
陈实功一生致力于外科学，强调作一位好的外科医生，必须勤读古代名医著作及文化哲学论著，以提高科学文化素质和外科学术水平。陈氏集40年外科临床理论研究和经验总结，撰《外科正宗》一书，即是这一学术思想的集中体现。陈氏重视理论联系实际，在医疗实践中，既重内治，也重外治，既强调宜手术者的早期手术，又反对给不适于手术治疗的滥施针刀。在这一思想指导下，提高了对若干外科疾病的认识水平，创造性地提出许多具有科学价值的医疗技术和外科手术。他首先强调外科治疗中必须配合饮食营养，认为“饮食何须忌口”，批判了无原则的饮食禁忌，是一种科学主张。陈氏改进了截趾(指)术、气管缝合术、死骨剔除术、咽部异物剔除术、下颌关节整复术，设计出巧妙的鼻息肉摘除手术器械和手术方法。陈实功反对内科医生轻视外科的错误观点，严厉批评外科医生轻诊断、乱投药和滥施针刀的不良倾向。在外科领域内，他是一位敢于创造，不墨守成规的学者，是一位言教身教并重的外科学家。
(三)外科疾病认识水平的提高：明代对外科疾病认识水平有明显提高，对一些疾病的病因、症状描述、诊断与鉴别诊断，以至提出针对病因的预防方法等方面，都做出了突出贡献。
明代对化脓性感染并发脓毒血症，有了较清楚的认识。外科著作多于“疔疮走黄”或“痈肿内陷”项下论述此证，陈实功强调对该病预防，“贵在乎早”。特别是位于头面部者，“其形虽小，其恶甚大”。并指出，不可艾灸退毒内攻，反会倒陷定黄。薛己记载了鼻面三角危险区化脓性感染引起的脓毒血症，因患者未接受早期治疗而死亡的病例。
王肯堂在论述紫泡疔时，首先描述了炭疽症。他指出，“若因开割瘴死牛、马、猪、羊之毒，或食其肉，致发疔毒，或在手足，或在头面，或在胸腹，或在胁肋，或在背脊，或在阴胯。或起紫泡，或起堆核肿痛，创人发热烦闷。头痛身疼，骨节烦疼”。上述记载，正确的叙述了炭疽发病患者与羊毛市场、剥割疫畜的密切接触关系，并对该病症状与临床特点作出了比较确切的描述。
明代王肯堂，首次记述了男性乳腺癌。“万历癸卯(1603)二月，侍御赵荩庵……袒其胸，左乳侧疮口，大如碗，恶肉紫黑黯，鳞峋嵌深，宛如岩穴之状，臭不可近。于问何以得此，曰：馆试屡下意不能无郁，夏月好以手捋乳头，遂时时有汁出，或曰是真液也不可泄，因覆之以膏药，汁止而乳旁有核。既南来校阅劳神，乳核辄肿痛，……八月初，以滞下发哕死，夫男子思乳癌者少矣，其起又甚微渺，而三为盲医所误，不可不书之以为后鉴。”
(四)外科诊疗技术与急救：明代外科诊疗技术与急救技术均有较大进步，举例分述于下。
吸脓术：明代在处理脓肿切开引流方面，广泛使用了吸脓术。所用器具不尽相同，其原理却是一致的。赵宜真说：“用苦竹筒三、五、七个，长一寸，一头留节，削去其青令如纸薄，用拨毒药煮十余沸，乘竹筒热，以手便按上，紧吸于疮口上，脓血水满自然脱落，不然用手指脱更换别个竹筒，如此三、五次，毒尽消之”。用药煮十余沸，固在增加其秉性使真空性能更佳，但也不能否认其消毒和预防并发感染的作用。
切齐引流术：化脓性感染的治疗，围绕着脓已成是否应尽早切开引流，长期存在着尖锐分歧。反对者主张以内服药与外用药促其自溃，以达治愈目的，主张切开者认为等待自溃会延误治愈，但多数外科学家有力地阐发了后一种主张。汪机是积极主张切开引流的，陈文治则主张分别深浅部位不同处治。王肯堂认为切开引流对已成脓者十分重要。龚居中强调要根据不同部位，决定切口深浅：背、晌、腹部的痈疽要浅，“恐伤内膜”；臀、臀、胯等厚肉处所生痈疽，切开要深，“以泄内毒”。至于引流之纴，使用药物等，外科学家也各有不同要求，
(五)、外科手术、麻醉术及止血术
1、外科手术
明代在若干较小手术的技巧方面，有较大改进和新的创造。
自刎急救与气管、食管缝合术：对此术王肯堂与陈实功都有出色贡献，陈氏指出：“自刎者乃迅速之变，须救在早、迟则额冷气绝。……急用丝线缝合刀口，掺上桃花散，多掺为要，急以绵纸四、五层盖刀口”。并要求高枕使刀口不开。“待患者气从口鼻通出”。“外再用绢条围裹三转，针线缝之。”病人如有便秘，只能灌肠，不可用泻利药，王肯堂进一步强调，气管等应分层缝合，使这一手术达到新的水平。他说：“凡割喉者……，以丝线先缝内喉管，却缝外颈皮，用封口药涂敷外，以散血膏敷贴换药”，王氏且提出鉴别喉管是否全断的方法，认为全断者则不可治。陈实功认为，气管、食管全断者仍可治，但治愈率较低。
鼻息肉摘除术：对鼻息肉之病因、症状、摘除手术器械设计及手术方法步骤等，技术之精巧，效果之良好，当推陈实功。陈氏指出，鼻息肉结如石榴子，渐大下垂塞孔窍，使气不得通，药物不效时宜手术摘除。方法是：先用麻药吹鼻两次，次用细铜著二根，著头钻一小孔，用丝线穿孔内，二等相距五分许，以二著头直入鼻痔根底部，将著线束鼻痔根部纹紧向下一拔，其痔自然脱落，置水中观其大小，预用胎发灰同象牙末等分吹鼻内，其血自止，戒口不发。
王肯堂《外科证治准绳》中还载有许多外伤手术治疗方法，如耳落再植术。“凡耳砍跌打落，或上脱下粘，……看脱落所向，用鹅翎横灾定，却用竹夹子横缚定，缚时要两耳相对，轻缚住”。还说：“缺耳，先用麻药涂之，却用剪刀剪去外些皮，即以绢线缝合，缺耳作二截缝合”。王氏的记录，大体上反映了以外科手术治疗损伤的先进水平，肛门闭锁之手术治疗已如前述。
2、麻醉术：麻醉一般与外科手术是同步发展的，明代局部麻醉术的显著进步，就是一个突出表现。王肯堂唇裂修补术，陈实功鼻息肉摘除术等，都是在局部麻醉下进行的。
3、止血与清洁消毒：外伤止血，明代前已有烧烙止血的广泛应用，明代在烧烙器具上有所改进。陈实功强调综合止血术，他说：“血飞不住，治宜如圣金刀散掺伤处，纸盏，绢扎，血即止”。纸盖是压迫止血，绢扎是结扎止血，明代部已较普遍的应用。外科手术的顺利进行，除有效的麻醉及止血术配合外，防止并发感染十分重要。王肯堂对此似亦注意到，他说：“洗疮药须用文武火煎十数沸；洗疮时勿以手触嫩肉，亦不可气吹之，应避风”。这些是为预防并发感染采取的措施。
