随着药物学的进展，明代方剂学也有巨大进展。一方面，大量方剂书，尤其是巨型方剂著作的出版，另一方面，对理、法、方、药的研究也更为重视。
(一)医方巨著《普济方》
《普济方》是我国现存最大的一部方书，也是明代最大的方书。它搜罗极广，篇幅很大，几乎收录了十五世纪以前所有保存下来的方书内容，并兼及传闻、小说、道藏、佛书内的相关内容，还收入大量的时方，可谓集十五世纪以前方书之大成。《普济方》是由朱元璋第五子周定王朱棣组织编辑，由教授腾硕、长史刘醇等参与编辑考订而成，刊于永乐四年(1406)，原作108卷，《四库全书》改为426卷。共分为2175类，718法，收入61739方，239幅图，总论包括方脉总论、药性总论、五运六气、脏腑总论等。各论包括脏腑各论，按人身头面、体表、五官、口齿和内部器官。分述病候；伤寒杂病，包括急、慢性传染病与内科疾病，以后为外科，骨伤科，妇产科，儿科，针灸等。每种疾病有论有方，治疗方法多样，包括汤药、罨敷、针灸、按摩等。它的主要贡献是保存了古代大量医学文献，价值已超出方剂学范围。李时珍编修《本草纲目》时，虽说浏览参考文献800多种，实际上当时已有不少文献失传或成为罕见的孤本，李时珍并未能一一亲阅，其中不少是通过《普济方》间接读到的。
(二)推求古义的《医方考》
吴昆的《医方考》，撰于万历年间。作者15岁学医，行医后深感业医者知识贫乏，必须对医者的素质进行提高。他从历代方书中选出常用方剂700余首，编成本书，共6卷。按病症分为中风、伤寒、感冒、暑湿等72门，每门下列一证，先论病因，次列诸家治疗方法，再汇集名方。《医方考》虽汇集群方，却不追求方剂数量，而是严守质量，“揆之于经，酌以心见，订之于证，发其微义”，重在阐发分析。如中风门，首述中风名义、病因及各家认识，“风者，百病之长，得行天之象，故其发也暴。然上世论风，主于外感，乃河间主火，东垣主气，丹溪主湿，而末世之论纷纷然。今考名方23首，为风、为火、为气、为湿，皆时出而主之，初不泥于一说也”。论下先列乌梅撩牙关方、稀涎散、通顶散、苏合香丸、许胤宗黄芪防风汤熏蒸法等治标之方；次列治半身不遂、语言蹇涩、口眼歪斜等后遗症之方，有主风的牵正散、省风汤、小续命汤、防风通圣散；史国公药酒方，主火的泻青丸。主气的四君子汤加竹沥姜汁方、八味顺气丸，主痰湿的二陈汤、星香汤等。每方下列适应症及详细的方义分析——条理清晰，因证致用，说理是很透彻的。本书出版后影响广泛，清代汪昂的《医方集解》、吴仪洛的《成方切用》等都宗《医方考》所开之学风，《医方考》出版后，连续刊刻近十次，在医学界起了积极作用。
(三)张景岳对方剂学的贡献
《景岳全书》中的“八略”和“八阵”实为讲述方剂学的内容。他把治病立法比作战略战术。故称治则治法为“八略”；把立方选药比作布兵排阵，将方药主治的论述称“八阵”。八阵又分为古方八阵与新法八阵。他根据个人丰富的临床经验发议论，有不少创见。八略亦称新法八略，即补、和、攻、散、寒、热、固、因诸略。根据八略而列八阵，古方八阵选历代名方1516首，另有妇产、小儿、痘疹、外科等古方922首。新方八阵系张氏自创方利，共186首。新方八阵诸方多切临床实用，有不少至今仍为常用名方，如左、右归丸，左、右归饮，金水六君煎，玉女煎，理阴煎等。补略和新方八阵的补阵最能反映作者的学术思想，张景岳是温补派的代表人物，特别重视人体本元，谓为“人之大宝”，他从阴阳互根角度体察真阴真阳，认为“阴不可无阳，非气无以生形也，阳不可无阴，非形无以载气也”。以气血、形体性用的相互依存和消长关系来阐述生死之机，强调温补元阳，滋养真阴，使阴阳归于平衡，实现水火既济。强调古人之方，是示人以法，并非限人以药。对待成方，又要圆活。张氏对方剂的认识尽管也有不足，但仍是明代方剂学中一枝奇葩，后世虽有非议，也多偏执管见，其成就却是不可抹杀的。
(四)追源溯沉的《祖剂》
施沛辑明代以前著名方剂800余首，成《祖剂》一书，共4卷，收主方70首。该书以《素问》、《灵枢》及伊尹汤液之方为宗，以张仲景《伤寒论》、《金匮要略》之方为祖。选《和剂局方》及宋、元、明诸家流传方以归类叙述。追本溯流，把相类方剂归于一起论述如以《素问》之泽术麇衔汤为主方，其下述张仲景的泽泻汤、猪苓散、茯苓戎盐汤、五苓散、茵陈五苓散、猪苓汤、茯苓泽泻汤，后世的四苓散、加味五苓散、山栀五谷散、胃苓汤等，将17首方剂集中介绍，有些地方作者还加了按语“和得者也”，主方除选自《内经》、《伤寒》、《金匮》外，还有的选自伊尹《汤液经》、《和剂局方》、《肘后方》、《广济方》、《千金》、《得效方》、《集验方》、《济生方》及李东垣、张洁古、朱丹溪等人的医方，对学习古代方剂学有一定参考价值。
