（一）阴阳学说的研究
方法论意义的阴阳学说研究：自西医学传入我国，阴阳学说作为方法论在近现代对中医学是否还具有意义，在学术界就有争议。五十年代，在中医科学化的背景下，这一问题更发展成为一场较大规模的争论。“文革”中，有关教材对阴阳学说大多以马克思主义哲学的朴素唯物主义和自发的辩证法给予定位。“文革”后，随着新的文化“启蒙”运动，国外自然科学界的最新观念被迅速介绍，在中医界这一事件被作为重新认识中医的契机。以多学科（如高能物理、模糊数学、系统论、信息论、控制论、耗散结构理论、混沌理论等）研究中医为名义，对阴阳学说的意义有趋于积极方向的评价。至九十年代，工作仍在继续。
作为生理、病理、诊疗模式的阴阳学说研究：阴阳的对立统一模式，在中医脏象、生理、病理、诊断、治疗、预后等方面均有明确的运用。“人生有形，先别阴阳。”“善诊者，察色按脉，先别阴阳。”阴阳的对立消长，依存互根，相互转化规律在以前易被认为只是一种思辩理论。阴阳模式的现代研究开展较多的是从cAMP/cGAP来研究其物质基础。1973年，国外学者Goldbeig首先提出人体信息传递的第二信使系统cAMP/cGAP两种环核苷酸之间存在着类似阴阳的关系，一般以cAMP为阳，cGAP为阴。上海内分泌研究所邝安坤1978年在《中华内科杂志》上发表“阳虚病人内分泌，免疫和环核苷酸变化的初步观察”，经20多种疾病的研究，证实了这一学说，从而引起对阴阳学说关系模式的重新肯定。1979年上海第二医学院夏宗勤在《中医杂志》发表“中医‘虚证’理论的初步探讨（阴虚和阳虚病人血浆环核苷酸含量变化的比较）”一文，指出阴虚时，cAMP含量明显增高，cAMP/cGAP比值无明显降低；而阳虚病人，cGAP含量明显增高，cAMP/cGAP比值明显降低。1980年陈奇在江西中医药杂志上发表“cAMP、cGAP与中医阴阳学说”的文章。随后在各类证候如阴阳虚证，气血虚证，寒热证等开展了与cAMP/cGAP变化的相关研究。在对临床辨证为阴虚、阳虚的病人所作大量工作表明，阴虚时主要为cAMP升高；阳虚时主要为cAMP/cGAP的比值降低。
作为有特定生理、病理、诊疗含义的阴阳学说的研究：即一般称为阴气、阳气的研究。这方面又有整体的阴气阳气和具体脏腑的阴气阳气的区别，后者可参见证候研究部分。二者的本质是一致的，从具体的研究内容看，整体的阴气阳气和具体脏腑的阴气阳气之分往往只是见仁见智之别。此外，寒热的研究与阴阳学说研究也有密切关系，可参照。
（二）五行学说研究
五行学说的研究主要是着眼于其方法论意义，而作为生理、病理、诊疗模式和有特定生理、病理、诊疗含义的五行学说的研究较少。其发展历程与阴阳学说同步。五、六十年代对五行学说的研究主要也在于阐述其哲学意义，但已有从控制论角度论述五行学说的论文，如当时的《中医——世界科学史上的奇迹》一文在八十年代有较大影响。在“文革”后的多学科中医研究中，有关控制论原理与五行学说原理的研究是这一热潮的肇基，也是其重点。1978年刘冠军在浙江中医学院学报上发表“从控制论看中医五行学说”，这一研究的结果之一是出现了对计算机中医诊疗系统的大量研究。并形成了如宋瑞玉的《控制中医学》等系统性著作。吉林省中医中药研究院王庆文90年代运用计算机控制论原理探讨五行学说的科学内涵及在辨证论治中的应用。
