明代是眼科学发展的高峰时期，王肯堂《杂病证治准绳·七窍门》，在总结前代理论的基础上，对内服结构如神膏(玻璃体)、神水(房水)、神光(视功能)形质和功能均有论述，改进了前代在内眼结构上认识的不足，是反映明代眼科学发展水平的代表作之一。傅允科在此基础上博采精辑撰成的《审视瑶函》，成为明清以来最流行的眼科专著。其医论部分切中时弊，对眼科理论和证治问题也有重要阐发。如“五轮不可忽论”论述了轮脏关系，认为轮为标，脏为本，眼部症状是五脏失于调和引起的。“用药生热各异论”等从药性特点出发，论及眼病辨证论治方法和用药心得，促进了后世眼科的发展。
《杂病证治准绳·七窍门》列眼病180余证，较《眼科龙木论》的72证和《银海精微》的80证增加一倍以上，对角膜病、眼底病相眼外伤等作了进一步论述。如对“凝脂翳”(角膜溃疡)的叙述中，先交代病情的急迫和对视力的危害，“此证为病最急，起非一端，盲瞽者十有七、八”。在辨病上强调“da法不问星障，但见起时肥浮脆嫩，能大而色黄，善变而速长者，即是”。又如所首载之“视赤如白”证，指出“或观太阳若冰轮，或睹灯光反粉色，或视粉墙如红如碧，或看黄纸似绿似蓝等类”，出色的描述了色觉异常(色盲)，英国道尔顿报导该证晚了约200年。
《杂病证治准绳·类方》收载眼科专方390首，明显超过前人，且多注明出处。《审视瑶函》共收396方，除取自前代者外，部分为傅氏自订。如驱风散饮子，坠血明目饮，正容汤等，迄今仍为眼科临床名方。关于眼科医疗器械，傅氏首载针烙钩割刀样图、金针图，详细介绍了金针制作方法。对针灸、针拨内障、割胬肉攀睛等手术，对秘制炉甘石法、取汞粉法、制硇砂法、眼科取灵砥法等，都较以前著作，有更详细的介绍。所述金针拨障手术方法、步骤等也多有改进与提高。
耳鼻喉科学的成就：明代耳鼻喉科开始突破五脏与五官机械对应的概念，从临床实际出发，把耳鼻喉科疾病和多个脏器功能失调联系起来。关于耳鼻喉科疾病，也多有记载。又沈之问《解围元薮》的喉麻风，薛已《外科发挥》的鼻与咽喉梅毒，窦梦麟《疮疡经验全书》的耳菌、耳痔；龚居中《红炉点雪》的喉结核均系首次记述。有关耳鼻喉科疾病的治疗，也有所发展。王肯堂《疡医证治准绳》载有耳廓外伤撕裂之再植、断层的分层缝合手术。
