中医药学典籍，先秦到两汉时期已经相当丰富。三国两晋南北朝时期，不少医家对《黄帝内经》、《八十一难经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》等医药经典文献进行了整理研究或注释阐发。
（一）吕广注《八十一难经》
三国时吴国赤乌年间（公元238～250年），太医令吕广注《八十一难经》，启注疏经典理论医著之端，也是已知的整理研究古典文献之最早著作，惜已亡佚。作者吕广，字博望，隋代因避国讳，又转称吕博，吕氏长于脉学，还著有《玉匮针经》、《金韬玉鉴经》等书，均佚，《太平御览》中保留有《玉匮针经序》。
（二）王叔和整理《伤寒杂病论》
张仲景《伤寒杂病论》问世后不久，即因战乱动荡或传抄讹误而残损不全，因此极有必要对该书进行整理。首次从事此项工作的，是著名医学家王叔和。
他在《伤寒论》中说：“今搜采仲景旧论，录其证侯、诊脉、声色，对病真方有神验者，拟防世急也。”表明其研究《伤寒沦》是从脉、证、方、治几方面着手，亦即按照张仲景辨证论治的精神进行的。现行《伤寒论》本，一般认为卷一、二《辨脉法》、《平脉法》、《伤寒例》三篇及卷七《辨不可发汗病脉证并治》以下八篇，为王叔和所增。从《辨太阳病脉证并治上》至《辨阴阳易差病脉证并治》共十篇，保存了张仲景对伤寒病辩证论治的主要内容，也是现行《伤寒论》的主要部分。《辨不可发汗病脉证并治》以下八篇，主要是王叔和从仲景治法研究《伤寒论》的思想，启以治法分析《伤寒论》之端。
对王叔和整理《伤寒杂病论》一事，后世医家议论褒贬不一，指责者以方有执、喻嘉言为代表，明代方有执作《伤寒论条辨》，认为《平脉》乃王叔和赞经之词，又说叔和伪作《伤寒例》，使仲录之道反晦，“究其叛乱，则叔和亦罪之魁”。因此，他把《伤寒论》原文不易讲通之处，说成王叔和编次该书时造成的错简。但是，历代多数医家对王叔和整理《伤寒论》的评价，还是较为客观的，宋代林亿说：“自仲景于今八百余年，惟叔和能学之”；金代成无己说：“仲景《伤寒论》得显用于世，而不堕于地者，叔和之力也”；明初王安道说：“叔和搜采仲景旧论之散落者以成书，功莫大矣”，同时也批评了王氏于书中杂以自己的言论；有玉石不分，主客相乱之嫌；总的来看，由于王叔和距离张仲景生活年比较近，故其编次整理之书，应较接近仲景书原貌。不但传书之功应予肯定，且将仲景汗、吐、下、温、刺、灸、水、火诸法，分类进行比较分析，亦切合临证运用，较勉强定为397法，更为符合实际。
（三）全元起注《黄帝内经》
南北朝时期，出现了校注《黄帝内经》的书籍，即齐梁间人全元起所著《内经训解》，这是已知有关《黄帝内经》的最早校注本。
全元起校注的《素问》本，北宋时尚存，以后便散失不见了。今从林亿等所校订的《重广补注黄帝内经素问》中，尚可看到全元起编排的卷目次第和少量注文。例如，他在解释《素问·生气通天论》“风客淫气，精乃亡，邪伤肝也”时说：“淫气者，阴阳之乱气，因其相乱，而风客之，则伤精，伤精则邪入于肝也。”把“淫气”解释为内在因素，“风客”为外在条件，合理地阐析了病变机理。再如对《素问·热病论》中“三阳经络皆崇其病，而未入于脏者，故可汗也”一句，全氏以“脏”为“腑”，并解释说：“伤寒之病，始于皮肤之腠理，渐胜于诸阳，而未入府，故须汗发其寒热而散之”，亦甚合理。现在虽不能看到全元起校注《素问》的全貌，于此亦可窥视其学术造诣之一斑。
（四）《神农本草经》的注解
陶弘景作《神农本草经集注》，除保存《本草经》原有药物365种外，复增补东汉以降名医所用药365种。
以上四部典籍文献，经过吕广、王叔和、全元起、陶弘景的分别整理注解，得以保存流传，对中医药学发展和后世文献研究，有着深远影响。
