一、关于中医基础理论的论争
近代中国医学史的核心问题是中西医的比较与抉择。西方医学的大规模传入，造成了国内中医、西医两种异质医学体系并存的局面。因而，通过比较并作出抉择便成为中国医学界必须面对的重要问题。围绕这一问题，医学界人土提出了多种观点，表现出多种态度。中西医之间出现正面的论争，是民国建立以后的事情。1916年余岩刊布《灵素商兑》，率先向中医基础理论宣战。论争涉及阴阳、五行、运气等内容。其后20年间，中西医日趋对立，论争日益激烈，卷入者也越来越多。1922年恽铁樵著《群经见智录》，正面回应余岩的挑战。其间中西医界都发表了各自的看法，中医界以陆渊雷、吴汉仙、陆士谔等人的言论较有代表性，而西医界人士多是应和余氏的主张。1988年，杨则民著《内经之哲学的检讨》，从前所未有的理论高度研究《内经》，同时也是批驳余氏废止中医观点的力作。
恽铁樵与《群经见智录》
余云岫早年留学日本，受明治维新时废止日本汉医思潮影响，于1916年发表《灵素商兑》，否定《内经》，诋毁中医理论。恽铁樵于1922年著《群经见智录》，次年著《伤寒论研究》，是中医界第一个挺身而出应余云岫挑战者。《群经见智录》是恽氏学术思想的奠基之作，他在该书中提出的关于《内经》基本理论的创见，对构成中医学基础的阴阳五行，六气等作出较令人信服的解释，具有较高的水平。
恽氏提出，《易》和《内经》都依四时立论。在此基础上，恽氏指出，“五行为四时之代名词”，“《内经》言五行配以五藏，其来源本于天之四时（YunTieqiao. Study in Five Elements. In: Intelligence shownin classical medical Books. Wejin: Yun’s PublishingHouse,1922,21.恽铁樵：群经见智录，五行之研究第八。武进恽氏铅本，1922：21）”。因而提出中医学的五脏乃“四时之五脏”的命题，揭示了中医基础理论的奥秘所在。
杨则民与《内经之哲学的检讨》
杨则民(1893—1948)，字潜庵，“乃承恽氏之余绪”，而另辟途径，主张吾人欲讨论《内经》之真价，宜以哲学的眼光衡量之，不当以自然科学之见解批评之。”他一针见血地指出：“然则《内经》之思想方法果何如乎？吾敢毅然断之曰：辩证法也（YangZhemin. Study on philosophy in Internal Classic.Edilorial Department of Chinese Medical Association.1984.杨则民：内径之哲学的检讨，中华全国中医学会编辑铅印本，1984：）。”
其它中医名家与余氏的论争
如陆渊雷于1928年发表“改造中医之商榷’等文，参与论争。吴汉仙、陆士谔均与余云岫展开针锋相对的论争二、关于阴阳、五行、运气存废的论争1900年前后学术界已出现否定五行说的思潮，在当时学术界影响较大的学者如严复、梁启超都有这方面言论。梁启超1923年5月在《东方杂志》上发表“阴阳五行说之来历”，其文开篇便说：“阴阳五行说为二千年来迷信之大本营，直至今日在社会上犹有莫大势力。今当辞而辟之”。1926年，章氏太炎在《医界春秋》上发表“论五脏附五行无定说”，从而掀起一次讨论五行存废的高潮。章氏主张废弃五行说，由于他与中医界保持相当密切关系，在中医界影响较大。民国建元到抗战爆发之间的20余年间，关于五行、阴阳及运气说的存废之争不断。江苏的袁桂生，1915年将“废五行说”作为一项提案交神州医药总会讨论。他主张废去五行但不主张废阴阳。陆渊雷、叶古红、秦伯未等医学家，以及新加坡的黎北海先生等都曾对此问题发表不同的见解。由此可见，近代关于阴阳、五行、运气存废的论争，是与当代的时代潮流相关的。
