由于文献资料的缺乏，关于早期蒙医学的历史很难做出系统的研究，目前只有一些零星片断的记载，做为早期蒙医史的参考。
大约在秦汉时期，蒙古族的祖先就会制造极其简陋的茅庵，蒙古族称为“茅草安布拉”（《蒙古秘史》内蒙古文化出版社1984，蒙文版，第27条），这是人们为了躲避野兽侵袭在树杈上营造小屋。以后，逐渐过渡到适合游牧生活的毡包(即蒙古包)、篷车。
对环境卫生，当时已知道要保持水井、挤奶场附近的卫生，严禁在其附近随地大小便。
在个人卫生方面，蒙古族人也早就知道洗手洗脸，凡早起必先洗手洗脸，饮食前也要求洗手洗脸，外出时各人随带碗筷。在十三世纪左右，人们已经有戴纱布口罩的习惯（《马可波罗游记》中华书局，1955，34页），在挤马奶前，都要求先洗手，挤奶桶也要求用沸水洗涮。
随着医药卫生习惯的萌芽，医药知识也积累起来了。应该说，这个时期的蒙医学还缺少系统的理论知识，而只有初步的理论萌芽。
十四世纪时，古印度的寿命吠陀医学的某些内容随着佛经传入内蒙而输入，如印度的《金光明经》就是在此时由当时著名翻译家希日佈僧格参照畏兀儿和藏文而译出的。在这部流传甚广的佛经中，第二十四章为《养生八吠陀经》。其中有：“治疗赫依(气)症、希拉(胆)症、巴达干(痰)症和聚症”的内容，这说明，当时已经有古印理的医学内容传入。这部佛经中对这三种病症的发作时间、治疗这些病症的药物的性能、品味，六时(即印度的六个季节)病症，也都有所涉及，与此同时，古印度的四大元素学说，即土，水、火、风也随之而来。这些终于与蒙古医学朴素的理论结合在一起，成为蒙医学中最基本的理论内容。
在这一时期，蒙医学的实际医疗积累了十分丰富的经验。尽管萨满教巫师这时还掌握一定的医疗技术，做为他们谋生的手段，但广大民间以及专业人员还是在实践中与疾病进行斗争，使蒙医学的内容逐渐丰富起来了。这些医疗实践经验大致有如下这几方面：
(一)饮食疗法：
蒙古族的祖先过的是游牧生活，他们的食物自古以来就以动物性的食物为主，最主要的是肉食和乳食，肉食与乳食都具有很高的营养价值。更值得注意的是他们保存、制作乳食品的技术对于改善身体营养状态，提高体质的作用。据史书记载，蒙古族的祖先匈奴人早在汉代就已经知道酿制酸奶和制造奶酪，用奶酪救治急症的一例。这种方法在民间也是流行的。
蒙古族古代有“病之源，食不消；药之源，百煎水。”的谚语。百煎水是即经煮沸多遍的开水。这些都是简便的饮食疗法，与生活习俗密切相关，但最能反映蒙古族饮食疗法的精华的，当推元代饮膳太医忽思慧的《饮膳正要》。
(二)急救治疗及脏疗、皮疗等：
由于蒙古族过的游牧生活，特别是在战乱期间，战争外伤、摔伤等等，是很常见的，这就促成蒙古医学中的外伤急救治疗，包括骨折、脱臼等骨伤科，以及因疼痛、失血、脑震荡等一类疾病在蒙医学中占有重要的地位。据有关文献的记载，就地挖掘坑穴，以急救失血或昏迷患者，从汉代匈奴开始即已应用，如苏武在匈奴地区自刎后用此法急救，武威汉代医简也有类以记载。
蒙医还有传统的瑟必素疗法、皮疗法及脏疗法。瑟必素指食草类反刍动物附胃中的食物，取出后，趁热把它敷在患处，以治疗寒冷症，皮疗法则是将动物杀死后，剥其皮并趁热将皮贴在患肢患处，也有驱寒散寒的作用，甚至妇女子宫寒症，也可蹲坐于动物附胃上以散寒。
蒙医脏疗法与上述两种治疗的原理相似，只是把瑟必素中的反刍胃中的食物或动物皮疗改为用动物的五脏。把新宰的绵羊等动物内脏趁热敷在患处，如把新宰羊的双肾敷在患者双耳、肝脾敷在肝脾部位。也还有利用动物的内脏内服治病的，这实际上属于脏器疗法的内容。
与此相类似的，还有一种急救术，即将病患者纳入动物腹内。这种疗法可能是前述的掘地为坑烧热后放入病人急救的发展。如成吉思汗时期其大将军布智儿“从征回回、斡罗斯等国，每临敌必力战，尝身中数矢，太祖亲视之，令其拔其矢，流血闷仆几绝，太祖命取一牛，剖其腹，纳布智儿于牛腹，浸热血中移时遂苏。”（《新元史·布智儿传》第26卷，中华书局）。
(三)针灸、按摩、放血等疗法：
针刺术在蒙医学中也占有一定的位置，在内蒙多伦地区发现的石器时代的石针，伊克照盟发现的匈奴时代的青钢针，都说明蒙医学早已有针术的应用。但由于文献的缺乏，难于断定当时针刺术的具体内容，不过用针刺放血治疗，则是是蒙医治疗中常用的一种方法，藏医著作《大宇陀传记》中就写有“来源于蒙古地区的放血疗法”的内容，说明蒙医的放血疗法起源是很早的。
火灸疗法起源较早，在广袤的草原上，尤其是严冬，牧民们十分需要火的温暖。蒙古族的祖先很早就学会用火，提高了身体的健康水平和保健。在实践中知道用火来温烤身体病痛的部位。后来，灸法就被称为“蒙古灸法”，如藏医的《由部医典》就有“蒙古灸法”的记载。据载，这种方法是将“小茴香拌油加热后用毛毡包扎”的一种热灸法，传统的蒙古火灸法用具是火镰、燧石、白山蓟绒三种，最早期用的并非用艾篙。
至于按摩术，蒙古族人民用得也很普遍。后来，用来按摩的还有黄油或其他油类。按摩时，有的用银碗，或直接把奶或油涂手掌上，进行按摩。银碗是一种没有底座，近乎半球形的碗，用圆滑的底面按摩。
(四)药物治疗：
早期的蒙古族人民用来治疗的药物，是取自广阔草原和大森林中的现成的自然赐予。直至十三世纪，还没有有关蒙药的专门著作，而只是在其他的一些著作中，提及一些有关蒙药的内容，如《饮膳正要》中提到的赤赤哈纳，就是沙棘，已经提到如何做成膏剂的方法。大黄也是常用的蒙药，如蒙哥可汗的胡图克皇后就曾接受大黄药浴的外治。再如蒙古地区的特产肉苁蓉应用也是极普遍的。《饮膳正要》、《瑞竹堂经验方》等书中均已提到。其他植物药还有八旦杏、人参、杏仁、甘草、山枣、百合等。
