1912年7月10日至8月10日，教育部召开第一届临时教育会议。到会议员80余人。提案92件。同年9月3日教育部正式公布学校系统。其后陆续颁布各科学校令。即《中华民国教育新法令》（ShuXincheng. Introductory Remarks in New Education Decreeof Republic of China. Shangwu PublishingHouse,1923:1.舒新城：中华民国教育新法令·例言，上海商务印书馆，1923：1．）。
《中华民国教育新法令》有关医药教育规程令颁布两次。第一次民国元年（1912年)11月22日部令第25号。《医学专门学校规程令》部令第26号《药学专门学校规程令》，医药两门各课程学科均漏列中医中药。第二次民国二年(1913年)1月，教育部公布大学规程，大学共分文、理、法、商、工、农、医七类，医类又分医学与药学两门，也都没有把中医药科列入以内。因此，北洋时期中医教育的焦点，首先是争取办学立案，将中医教育列入学制系统之内。教育系统漏列中医药案，引发了近代医学史上首次抗争救亡运动。上海神州医药总会余伯陶等人，立即和各地医学团体进行联系，至1913年10月有19个省市医学团体响应。并派代表参加“医药救亡请愿团”推举恽薇荪(北京)、叶晋叔(上海)为代表。此外尚有药业方面，同仁堂、西鹤年堂等参加。代表于1913年11月23日起程赴京请愿。《神州医药总会请愿书》是一份非常珍贵的近代中医教育史资料。现文摘如下：
“为请求建议，呈为恳请提倡中医中药，准予另设中学(注：指中医学)医药专门学校，以重民命而顺舆情事……”“今者民国肇始，力图自强，我国医药人材，方将与世界各国竞胜争雄，教育部太部定章，于医学课程独取西法，不及中学，此虽迫于世界进化之大势，别具苦心，然会员等愚以为医药为卫生强种之要素，与国计民生有绝大关系；速举中医中药切实整顿则可，逐如淘汰则不可……”（MedicalJournal. 1922,(8):81-86.医学杂志，1922，（8）：81～86）。
请愿书全文很长，最后提出八条具体措施，即设立中国医药书编辑社；开设医院；开设中医补习学校；规定诊察手续及立案程式；删补丸散膏丹暨各种药品；设立医药藏书楼、药品陈列所；设药品化验所；编辑医学报等。请愿书结尾曰：“大部为全国教育总司，必能下顺舆情，俯加采择，当无畸轻畸重之虞。所有请求恳请建议提倡中医中药，准予另设专门学校各缘由，除向教育部恳请，议会请求外，理合抄具简章，吴请俯充批示祗遵，不胜迫切待命之至。谨呈。”（MedicalJournal. 1922,(8):81-86.医学杂志，1922，（8）：81～86）。
北洋政府教育部在群众舆论压力下，1914年1月8日函复余德勋(余伯陶)请愿书。该批示认为：“本部对于医学，只期学术完备，求合于世界进化之大势，然后检疫，卫生诸政，冀可推行无碍，并非于中医、西医有所歧祝也。”(ChenBangxian. Chinese Medical History. shanghai: ShanghaiMedical Book store,1929:138.陈邦贤：中国医学史，上海医书局，1929：138)。
继教育部批复之后，北洋政府国务院于1月16日也发下正式复文：“查中国医学，肇自上古，传人代起，统系昭然，在学术固已蔚为专科，即民生亦资具利赖，前此部定医学课程，专取西法，良以歧行不至，疑事无功。先其所急，致难兼采，初非有废弃中医之意也。来呈述理由五端，尚属持之有故，拟办各宰，亦均具有条理，除厘订中医学校课程一节暂从缓议外，其余各节，应准分别筹办。仍仰随时呈明地方行政长官立案，俾资查考以便维持。此批。”（Replyof government Administration Council to sheuzhou GeneralMedical Association. Medical Journal, 1922, (8):89.国务院批答神州医药总会批调，医学杂志，1922，(8)：89）。
教育部和国务院的答复，明确表示并非于中医有所歧视、废弃之意，基本同意了全国医药救亡请愿团要求，准予分别筹办。虽然对中医学校课程要暂缓议定。但原则上已表示准许不加反对。这次请愿的初步胜利，为以后各地中医学校立案成功奠定基础。
民国初年我国中医界争取教育立案，虽然未能达到将中医教育列入教育系统之目的，但它迫使北洋政府当局公开肯定中医中药的重要作用，答应中医药学校课程暂从缓议，允许民间中医学校可先行自谋组建。社会各界也给予中医办学以大力支持，从而给中医教育造成了一个较宽松的发展环境，于是有了1915年上海中医专门学校及1917年广东中医药专门学校在内务部立案成功的先例。
1915年上海名医丁泽周(丁甘仁)、夏应堂等人发起筹办，上海中医专门学校，向北洋政府备案。丁泽周《为筹建上诲中医专门学校呈大总统文》。
丁泽周呈文，反映了我国近代中医界办教育的勇气及呼声。其以简练文字，论述了创办中医教育目的意义、途径方法，需融汇中西教学之所长。全文层次分明，铺叙委婉，北洋政府接文后交教育部及内务部作谨慎批复。教育部复称；“今丁泽周等欲振余绪于将湮，设学堂而造士，兼附设医院，兼聘西医，具融会中西之愿，殊足嘉许。”内务部批云：“教育部既深嘉许，本部自所赞同，应准备案，俟该校课程拟定后送部核查可也。（Symposiumof TCM Education. Shanghai Research Society ofTraditional and Western Medicine,1939:2～3.中医教育讨论集，上海中西医药研究社，1939：2～3）。
上海中医专门学校于1917年正式招生上课，谢观首任校长，所聘教师曹家达、丁福保、陆渊雷、黄体仁、余听鸿等，均有名望。l931年学校改名上海中医学院，丁济万继任院长。
广东近代的中医教育在全国占有重要位置，其影响力仅次于上海。1913年2月，广东中医药两界人士联合粤九大善堂力量，假座广州十八甫路爱育善堂，商议筹办粤省中医中药学堂事宜：“闻因教育部颁布医药学堂章程，专西遗中，该堂院等拟办中医中药学堂，以期研究。”(Recordsof Guangdong, Charitable Organizations to Build a Schoolof Traditional Medicine and Chinese Pharmaceuticals.Guanghua Medical and Health Journal, 1913,(8):50.广东九总善堂院集议筹办中医中药学堂汇录，光华医事卫生杂志，1913，（8）：50)。
1913年3月，省港药材行及广东中医界假座广州上九路张大昌寿世会馆集议，即席决定成立“中医药学校省港筹办处”，一致公推广东近代著名教育家卢乃潼任筹办处主席(总理)，以资责成筹办广东中医专门学校。19l6年上海方面传来中医专门学校内务部立案成功消息，1917年冬卢乃潼亲赴北平拜会内务部余某，从1915年至1928年，各地兴办的中医院校还有河南中医专门学校、湖北中医专门学校、福建中医专门学校、长沙明道医学校等，惜未见有更详细的文献资料。这一时期我国中医办学教育仅属初建起步阶段，有关教学上许多问题如教材编写、课程设置、学科建设、师资培训、附属医院创办适应临床教学需要等等，仍存待于以后发展成熟。
