魏晋南北朝时期，针灸科取得了显著进展，主要表现在针灸学科的确立。
针灸学科确立的显著标志，是针灸学大师皇甫谧根据《灵枢》、《素问》与《明堂孔穴针灸治要》三书，参考《难经》等古代医学文献，总结了春秋战国以来针灸学的经验与成就，撰成《黄帝针灸甲乙经》十二卷，一百二十八篇，集针灸学之大成，为中国现存最早的全面系统的针灸学专著。为我国针灸学的发展奠定了坚实的基础。
其后，葛洪及其妻鲍姑，皆擅灸法，著《肘后备急方》，提倡针灸疗法，善用针灸之术抢救急证。
陈延之著《小品方》，重视灸法，提倡灵活应用，为其在针灸学上的主导思想和独到的特点。
（一）针刺治疗的成就
魏晋南北朝时期，在针刺治疗上，所取得的重大进展，以皇甫谧撰述《针灸甲乙经》（以下简称《甲乙经》）的成就，最为杰出。
在皇甫谧前，王叔和撰《脉经》，在《黄帝内经》基础上，阐述了经穴理论，以心与小肠，肺与大肠四经会于上焦神庭、云门。肝与胆、脾与胃四经会于中焦胞门、章门。肾与膀胱会于下焦关元等。
从三焦学和病理学角度，进行分析，这是《脉经》的首创，阐述了经络藏府表里、会合部位、临证表现等各方面的密切关系。《脉经·第四》：“腰脊强痛，不可俯仰，大人癫病，小儿风痫疾”等，此方运用督脉经穴。治疗癫疾等病证，经过千百年来的反复验证，确有良效，表明了《脉经》在经络病侯上，其学术成就的现实价值和深远影响。《脉经》阐述20多个穴位。未见于前人文献记载，在针刺深度上，提出足三阳经穴可刺6～9分，足三阴经穴，可刺3～6分。《脉经》卷六以足厥阴肝经病，取大敦、曲泉、太冲；手太阴肺经病，取少商、太渊、尺泽；足少阳胆经病，取足三里；足太阳膀胱经病，取委中等，无一不贯穿着循经取穴法则，并提出了远取穴与近取穴相结合，取躯干穴与四肢穴相结合的配穴规律。五藏病既可取四肢远隔的俞穴，又可取相邻近的募穴治疗。这种配穴原则的确立，为后世所遵循。
1、发展腧穴理论：皇甫谧《甲乙经》在《黄帝内经》130多个穴和《脉经》基础上，对十四经穴作了全面系统的归纳整理，增加到349个。穴位排列的次序，按头、面、耳、颈、肩、背、胸、腹、手三阴三阳、足三阴三阳经，由四肢至头面、躯干、依次向上向心排列；虽还没有完全与十四经结合起来，但却为腧穴经络相结合，开辟了新途径。
《甲乙经》记述有别名的穴位70多个。如攒竹穴，有员柱、始光、夜光、明光等四个别名；石门穴有利机、精露、丹田、命门等四个别名等等，都形象而准确地概括了穴位的位置与功用的特点。
《甲乙经》对349个穴位的位置与取穴方法，都有具体准确的记叙，有的根据患者口腔活动取穴：如取下关穴。“合口有孔，张口即闭”；取率谷穴，“嚼而取之”。有的根据患者体表静脉分布取穴，如取瘛脉穴，“耳后鸣足青络脉”即本穴；按之“细脉动应手”等。这样取穴，对提高穴位定位的准确率，具有重要意义。
《甲乙经》载有80多个会穴，后世极少增减。这些会穴，大多分布于头面躯干部，而头部及腹部又居其半，四肢部仅有三阴交、臂臑、居髎等几个穴位。交会的经脉，一般为2～3条，多者有4条，如中极、关元为足三阴与任脉之会，大椎为三阳经与督脉之会，不但能治督脉本经“脊强反折”等病证，且能治疗所有三阳各经的病证，其交会穴理论，不仅为后世考察和确定穴位提供了依据，对扩大穴位的主治范围，亦有重要意义。
2、针刺操作方法：《甲乙经》对每个穴位的针刺深度，都作了说明、规定。一般头面颈部穴位，多为刺3分深；背、胸、腋、胁等部穴位，多为刺3～4分深；肩、股等部穴位，多为刺5～7分深；腹部穴位，多为刺8～10分深；其中最浅者，为刺1分深，如井穴及瘛脉放血等，最深者，为刺二寸半，如水道穴等。
《甲乙经》对200个常用穴位留针时间，亦作了说明和规定：一般每次留6～7呼，短者，只留1呼如少商穴；长者，留10呼，最长者，留20呼，如环跳、内庭、公孙等穴。
《甲乙经》对误刺禁针穴位所能造成的后果，作了具体阐述，对禁针穴误刺所生后果，需作具体分析。其中有的是巧合，如神庭、上关等；有的是针刺后出血过多，引起休克、昏厥、如颅息；有的是刺中颈动脉窦，引起血压突降，如人迎；有的是针刺后发生气胸，引起呼吸困难（“逆息”），如缺盆，云门；有的是针刺后引起感染，导致后果不良，如脐中；有的针刺恶性肿瘤局部，造成病灶扩散，如乳中。
3、针刺处方原则：由《甲乙经》有关章节可见，书中处方特点为针刺多有单穴，如呕血上气刺神门、暴怒不能言刺支沟之等治病多用具体穴位，很少有以经代穴者，处方内容，多不记载用针用灸，或用补泻手法等。
魏晋以后，由于封建制度的发展，技术保守日渐严重，在针灸学中家族关系显得突出。
南朝徐熙一家六代，父子兄弟，针灸世家，相袭传授，成为针灸世家的典范。徐氏一家，虽徐叔响著《针灸要钞》，但久已失传，现今我们只能在李延寿《南史》中见到徐秋夫针灸治腰痛，徐文伯针泻足太阴，补手阳明下胎，及《北史》称徐之才为北魏武成帝治疗精神失常“针药所加，应时必效”等事迹片断，说明徐氏针灸学派对应用针刺治疗均较为重视。
（二）灸法的成就
魏晋南北朝时期，葛洪《肘后备急方》和陈延之《小品方》较为突出。
皇甫谧亦作出显著贡献。《甲乙经》对施灸壮数，一般每次为3～5壮，其中，头、面、颈、肩、背等处，多为灸3壮；脑、腋、腹部，多为灸5壮；最小者为井穴，只灸1壮；最多者为大椎穴等，灸9壮；个别穴位如环跳等，灸50壮。《甲乙经》第三卷，还提到“欲令灸疮发者，灸复熨之，三日即发”。说明已运用发泡化脓灸法。《甲乙经》还提出禁灸穴位，指出误灸的不良后果。灸脊中可引起痿证；耳有脓，忌灸耳门；灸乳中、渊液可引起“蚀疮”等。
葛洪倡导以针灸救治急证，为其突出特色。《肘后备急方》共收录针灸处方109首，其中，99首广泛应用于内、外、妇、儿、五宫等科，三十多种病证。对其作用、效果、操作、技巧、忌宜等，都作了全面的阐述，为记载古代针灸治疗的早期文献之一，内容丰富。
其主要成就，大致可归纳为以下三点：
（一）急证用灸：《肘后方》提出以灸法救治卒中、恶死、昏厥、寒湿、霍乱、吐泻、癫狂、痈疽、狂犬咬伤、蝎螫等卒发急证，用穴较少，记忆方便，施灸方便。
（二）以灸补阳：《肘后方》以一壮、三壮、五壮、七壮为基数，然后以七为倍数加壮、为二七壮、三七仕、四七壮等。以七为阳数的代表，加倍翻番，其先阳后阴，从阴到阳，以阳治阴等治疗原则，亦无不体现了其以补阳为主的学术见解。
（三）灸不固定用艾，灸亦可隔物：《肘后方》为便于急救，除应用艾灸外，在仓卒无艾时，亦用竹茹、黄蜡、纸屑等为代用品，其中，竹茹、黄蜡，既有艾炷的温熨作用，又有艾炷所没有的清热开窍，通经活络等特点，所以，它们是艾炷的理想的代用品。《肘后方》还以隔蒜、隔盐、隔椒、隔面、隔瓦甄等施灸为治疗的多样化发展，开辟了新途径，成为隔物灸的最早文献。
葛洪以上建树，对后世灸治疗的发展，影响极大。
继葛洪之后，陈延之《小品方》重视灸法，并灵活应用，他认为灸具有简便易行、应用范围广泛、效果良好等优点，值得提倡与推广。从该书辑佚之部分灸处方，可反应其这方面的学术思想。
《小品方》认为，只有恰当地掌握火量，才能使火气沿着经络达到病变部位。火量过大，易烧伤机体；火量过小，火气不能抵达病变部位，不易发挥治疗效果。对用灸壮数，中有一般要求，但主张就根据地域，气候、体质的不同，分别对待。其用灸壮数，多至100，少仅14，即同一种病，也有100壮、50壮、随年壮，或一日三次用灸的区别。取穴特点是少而精，一般每次只取一穴，多的不过二、三穴，除十四经穴外，亦取经外奇穴。虽然重视灸，亦不排斥针刺治疗。
按摩疗法在秦汉的初步发展基础上，至魏晋南北朝在按摩手法上有较大发展，并已广泛应用于临床，成为治病健身的重要措施之一。
此时间，以按摩疗法用于急症和以“膏摩”应用广泛为特点，如《肘后备急方》中，即记载了许多用于急症治疗的膏摩法，如有治“中晋暴百病”的裴氏五毒神膏、“疗百病”的苍梧道士陈元膏、“疗寒时行赋风恶气”的丹参膏等，以及治中风口眼斜、治内胀、蛊、蜂、百毒、溪毒、射工病的膏摩、丸（亦属药）摩法，《小品方》、《刘涓子鬼遗方》亦有多首膏摩方。
按摩手法也较以前增多，具体有按摩法、爪掐法、拍法、抓腹法，抄举法、拈脊皮法、掷背法等。《肘后备急方》之抓切人中法，至今为急救常用，而其抄举法治卒腹痛，其法“使病人伏卧，一人跨上，两手抄举其腹，……轻举抄之，令去床三尺许便放之，如此二七度止”。与现代治急腹症肠梗阻之颠波法有异曲同功之妙，葛洪在《抱朴子》中提倡“……清晨建齿三百过者，永不动摇”，是吸收导家导引、按摩术的内容用于医疗保健者。陶弘景《养主延命录》中有论述养生保健按摩法的内容，如按摩明目法：“平旦以两手掌相摩令热、熨眼三过，次又以指搔目四眦，令人目明”及摩身法病：“摩手令热雷摩身体，从上至下，名曰于浴，令人胜风寒时气、热头痛。百病皆除”。颜面保健法：“摩手令解以摩面，从上至下，去邪气，令人面上有光彩”，这些自我保健按摩法，一直被后人所效法。此期亦有按摩法专著如《按摩经》、《导引经》等，惜亦已失传。
