1、王清任在人体解剖学上的探索
元明以来，解剖学的事例和实际应用时有所见，如何一阳、王圻、沈彤等，皆有贡献。但中医的解剖学的伟大革新，是在王清任的大胆探索、躬身实践后才发生的。
长期以来，尊经祟古之风弥漫医界。人体解剖的知识唯以《内》、《难》是从。王清任却在研究《内经》、《难经》等之后认为：“古人脏腑论及所绘之图，立言处处自相矛盾”，他一反过去一些著作家从文献到文献的考订方法，必图亲视脏腑而为改正之说。无疑，这是躬身实践的科学态度。
当时王清任也只有观察的机会，而没有亲手解剖的可能。因此，他对刑杀囚徒进行反复的观察参照，并向有关人士请教，以求了解脏腑形态。
显然，王清任受到时代和礼教的局限甚大。他的创造力、探索的勇气和机会都受到挫折。这使他的《医林改错》没有达到预期的解剖学上的革命性成就。但他的怀疑精神、亲身观察的科学态度毕竟体现了中医发展的时代潮流，给后人以许多启迪相激励；另外他毕竟至少重绘了十三幅内脏解剖图，对会厌、气门、卫总管、营总管、气府、血府、津门、津管、遮食、总提、珑管、出水道等提出了新看法。这些从历史的角度来看，确是比较过去的医籍要准确。有不少且是过去医籍中从未描叙过的，例如肺的解剖，气管分支、肺泡及胸膜脏层等，虽名词与今不同，但结构大体正确。脾、胰、大小网膜等也是过去从未描述清楚的。王清任虽然仍是脾胰合一，但画出了胰管(珑管)，并说清了与肝、胃等之间的毗邻关系。
2、关于大脑功能的新知识
《内经》中关于大脑的功用，大抵是与耳目有关，未将大脑与神经中枢联系起来，也没有大脑主记忆的观念。一般仍以“心”为全身主宰。道教经典比较重视脑，但也仅述及其为“上丹田”、“泥丸宫”、“神舍”。
李时珍提出“脑为元神之府”，是一大进步。不过，大脑的主宰功能和记亿功能，均未作深入论述。
清初汪昂撰《本草备要》(1694)，在“辛夷”条下引用了李时珍“脑为元神之府”一语，并以同乡金正希所语证诸：
尝语余曰：人之记性皆在脑中，小儿善忘者，脑未满也；老人健忘者，脑渐空也，凡人外见一物，必有一形影留于脑中。”
王清任《医林改错》乃有“脑髓说”专论。他并且进一步批判了自古以来“灵机发于心”的错误，发挥了“脑主记忆”的理论，而且从大脑发育与五官功能的关系上阐明了脑主五官感知和指挥语言的功能。脑髓说大大完备了。他并且指出，“两耳通脑”、“两目即脑汁所生”、“鼻通于脑”。在一定程度上作了解剖学的说明。又以癫痫一症的症状用脑病理作解释，提出了“灵机在脑”的实际证据，使中医学关于大脑功能的认识大大提高。王清任的“灵机在脑”说是比之“脑主记忆”说更为提高了的。
