(一)巫医时代：
台湾巫医时代主要系指清代早期以前，虽然现代并未绝迹，但早已并非医疗之主要方面。巫医在台湾约有两类，其一是以原住民高山族之巫医，巫师之原始活动延续下来者为代表。其二是自18世纪以前陆续由大陆移居台湾之民众带去的巫医或神医习俗等派生的各神医疗活动。对于前者，即台湾固有的巫医习俗，清代乾隆进士，硫球(即台湾)副使——周煌，曾撰《琉球因志略》，引《徐葆光录》内容，叙述了当时台湾的僧、道、巫情况，指出台湾“无道士、尼姑，惟有僧，亦有男巫、女巫”。可见台湾由于汉族移住已有僧，而男巫、女巫恐多系原住民之所信奉，台湾原住民对疾病之认识，在明、清时期及其前，一般以鬼神作崇为主流，从事巫术者颇受族众之尊敬与信赖，在社会上有着崇高的地位。其除疫、医疗，甚或咒诅以使人病、伤亡者，均赖巫师、女巫为之。
黄叔璥(1662～1721)于康熙时曾奉旨巡视台湾，编撰《台湾使槎录》，其中有这样一段记叙：“庄秀才子洪云，康熙三十八年(1699)……归家俱病，医疗罔效，后始悟前曾乞火于大杰岭番妇，必为设向，适郡中有汉人娶番妇者，因求解于妇，随以口吮鸾夙脐中，各出草一茎，寻愈。番妇自言，初学咒时，坐卧良久，如一树在前，卧而诵向，树立死，方为有灵。诸罗志作法诅咒名向”。“擅其技者，多老番妇”。诅咒占卜之巫术等，曾为当局禁止者，故黄氏书称“近年附郭诸社，畏法不敢为，稍远则各社皆有”。虽然九族之巫术多有不同，但其形形色色之根本意义并无不同。哈鸿潜教授等已进行了比较系统之论述（哈鸿潜《高田原住民之医药考察》《中华医史杂志》1994，P5～8），铃木质《台湾蕃人风俗志》也明确指出：“自古以来，山胞生病或遇到灾祸的时候，都认为是神的旨意，所以一旦生病或遇到灾祸，必定请巫师厌胜……在山胞之间，医术与厌胜是无法区分的”。（铃木质原著，林川夫审定《台湾蕃人风俗志(探寻原住民的历史)》武陵出版有限公司1991，P264）。
大陆巫医、神医习俗传入台湾者，主要是福建以及沿海地区民众移居台湾省者所带入。有以医药神传入者，有以医药知识传入演变者，有与医药、巫医相兼而传者。其传入之时间已难以确考，现仅就其影响较大而持久者约有以下数则：
保生大帝：是台湾最受崇拜的医药神，传说所供以台南县学甲镇慈济宫的保生大帝像为最早，原系郑成功收复台湾时由福建将宋代的雕像带到台湾以供祭祀的遗物。还有一种说法，认为是康熙三十八年(1699)台湾发生传染病流行，群医束手无策，许多来自泉州、漳州的移民，纷纷回到故乡，将保生大帝的灵身带到台湾供人祭拜，病皆治愈。从此，保生大帝就日益为台湾人民所信奉，建庙祭祀以求保佑之风更为普遍。
保生大帝，字华基，号云冲，世尊吴真人。宋太宗兴国四年(979)，三月十五日生于福建泉州同安县白礁乡。少超悟好学，长以医济人，医术高明，医德高尚，深受民众百姓之敬重。仁宗时，皇后病，群医不效，经吴施治而愈，授御史。景祜三年(1036)逝于乡。据传著有《吴本草》。吴逝世后，屡著灵迹，乡人于白礁乡建庙纪念。《金门县志》：“明永乐太后患乳疾，甚剧，医治不痊，洪熙太子榜求名医，公化为道士，诣阙视疾……(灸治)遂愈，太子喜，以金谢公，不受，乘白鹤而去，太子知为神医，爰加封为万寿无极，保生大帝庙曰保生，概取诸此”。由此，迅速扩及厦门、漳州乃至台南而遍及全台。在保生大帝庙多设有药签，药签还分为大人科、儿科、眼科、外科、妇科等，以大人科之药签最多。
例如，如南县大人科有处方120个，其中如：永康保生宫保生大帝。第55首处方药物组成为：常山、麦冬、槟榔各一钱，柿蒂三钱，水八分煎五分。除药签外，保生大帝庙还印有《保生大帝济世真经》，以及众多的卫生保健、疾病医疗类书藉等等。例如：《保生大帝济世真经》开经偈“心是灵泉源远流，日似河池液生津，遑遑名医行天尊，古帝神农尝百草，医治众生得康宁，诸邪杂症疗疮癣，五脏六府相关连……历代先贤精医理，扁鹊华佗人所知，保生显灵中华土，闽境降生报亲恩，攻读诗书志为本，苦研岐黄又求精，替天宣化行大道，名医救世不逞能，宫中医好皇族病，世人苦痛多呻吟，贫人增药不收金，富贵人家求公平，数十年风霜星月，凭经验医好万人，名声远播在华夏，仁慈众知呼名医”。这种求签医治疾病的实质，无疑是唯心主义的，那些处方也经非保生大帝之显灵，其来源何在？日本吉元昭治先生曾向台南学甲镇慈济宫负责人询问，回答是“相传本庙药签是很久以前，本地的名医会集本宫，对各种疾病的处方进行研究，然后用药签的形式记录下来，编成号，摆在保生大帝的神像前，由求签者向保安大帝求签，祈求这一医药神的明示。据统计，在台湾各地现有大小保生大帝庙162座（吉元昭治《道教与不老长寿医学》(中文本)成都出版社1992），最有名的要属台北市大龙峒的保安宫（黄得时《保生在帝传奇》，见《民俗台湾》第一辑武陵出版有限公司P133～138引自《民俗台湾杂志》(1943～1945)，也可见吴在台湾影响之深而广泛了。
神农大帝：是中国传统医学不分地区、种族的创始者，千秋供奉的医药神。神农尝百草，一日而遇七十毒，始有医药的故事，人所共知，相信此类习俗在闽粤人等移居台湾时，也带至台湾并为其生活中所崇敬，至于建寺庙年年拜祭者似较晚。据说，在台湾现存最早者为宜兰的神农宫，始建于清代咸丰元年(1850)，此后相继建成的以神农大帝作为主神的寺庙，据统计有百余座之多，亦可见台湾人民对之信仰、崇敬之恳切。据文献载述，台北保安宫后殿供奉的神农像，每逢四月二十八日，台省粮食、台药公会、台北市商公会人员，都要聚集于此，举行盛大的祭祀活动。有病患者，也有拜祭神农以求安康。
浴于河以已疾：台湾民众在医药尚处于落后时期，多认为疾病系鬼神作祟，故多宰牛、猪以祈祷，或请响婆(即女巫)禳之，也有投河沐浴以治病者。这一习俗虽富有迷信色彩，但其传说还是有参考价值的。一说为林谦光在清朝平定郑克垓后撰辑《台湾纪略》所记：“疾病不足医，辄浴于河，言大夫置药水中，济度诸番，言冬月亦入水澡浴以为快”；一说：“或云明太监三保，航海到台，见番俗顽冥，弃药于水，浴可以已疾”。这两种传说，均说明其时其地曾有知医者企图为原住民医疗的故事，只是因为原住民怀疑其能否有效而拒绝的情况，或许有其一定的事实依据。大夫已不知何人，而三保则是指三保太监郑和而言。郑和(1371～1435)，明代宦官，航海家，回族，本姓马，小字三保，由于其祖与父曾到伊斯兰教圣地麦加，对外洋有所了解。明初入宫为宦，从燕王起兵，赐姓郑。永乐三年(1405年)率舰队通使西洋，共计28年间，七次出国，远航曾达非洲东岸与红海海口，促进了中国与亚洲30多个国家的文化交流。郑和七次下西洋，每次舰队均由宝船62艘组成，率副使、水手、官兵27800余人，其中包括保健医生百余人。这个故事至少说明人门对医药的追思与幻想，或对未能得到医药知识有悔心情的一种补偿性纪念，以求神灵的保护。沐浴虽不能治愈疾病，但作为卫生保健无疑是良好的习惯。重要的是这种信念是一种非常有效的心理治疗，其作用或不可否认。
乩童、扶鸾之神谕：台湾有关医疗保健方面的教谕，大多来自孙思邈(真人)、华佗、庄周、保生大帝、文衡圣帝(关羽)等古代名医或所崇敬的神祗。唐宋以来，闽粤沿海一带零散移居台湾者不计其数，仅就有据可考者，如明末天启(1621～1627)时，大陆流民大批移入，郑芝龙就曾有组织的将福建饥民数万人移居台湾，至公元1660年，大陆移居台湾者已达十万人。郑成功于公元1661年率令数万官兵在台南登陆，向荷兰殖民者重申：台湾一向属于中国，“自应把它归还原主”，次年2月1日荷兰投降。郑成功视台湾“以为根本之地‘安顿将领家眷”以及数万官兵与各类工艺、技术工匠、医师等，当属治理台湾意料中之事，大陆不满清朝统治者大批移居台湾。其后，清王朝为了消灭郑氏在台的统治，又于公元1683年，命施琅率战船三百、水师两万，从郑氏统治下完成了中国的统一大业。并于次年在台设一府三县，于台驻兵八千，澎湖驻兵二千。大陆民众往台经商、教育、文化交流等更趋频繁，中医学在台湾传播更加广泛。据统计，到公元1893年移穆居台湾大陆民众已达254万人。同时，民俗文化、巫术、乩童扶鸾等也迅速在澎湖、台湾等蔓延，信民也日益增多，寺庙也多有兴建，如在台南古庙内配置之道具即有大人药签筒、小孩药签筒等。由于几次数以万计的有计划移民，这些移民因原籍之不同，其文化、信仰等自然也有较大的差异。正如黄叔璥于1662～1721年间以御使巡视台湾时所作习俗调查指出：“台地民非土著，逋逃之渊薮，五方所杂处，泉之人行乎泉，漳之人行乎漳，江浙两粤之人，行乎江浙两粤，未尽同风而异俗”。由此可见，他们所带到台湾的民俗文化、医药神等等，也有所不同。因而，在其各自的扩展、影响下就形成了种种形似或有区别的民俗、风俗与医药神祗等。
(二)原住民医药
早于汉人居住在台湾的南岛民族一般分“平埔族”与“高山族”，后者又由九个民族组成，他们均有自己的生活习性与文化信仰。悠久的原居民医疗活动，也颇具特色。台湾原住民凭长年积累的经验使用青草药治病也很常见，他们用生活周围可以得到的青草药治病疗伤，外敷或饮用。文献记载原住民药用植物有300种，包括治疗头痛、眼病、牙痛、胸痛、腹痛、中毒、痢疾、驱虫、感冒、喉咙痛、气喘、疟疾、肿疮、皮肤病、毒虫咬伤、梅毒、外伤、足痛、毒蛇咬伤、关节灸、生育及传染病预防等。除了藉巫医或青草治疗一般疾病外，台湾原住民对传染病也有一定的认知，并持恐惧心理。对传染病人采取隔离的办法，不与之共水、共火或全家族远避之。遇有天花病人，更必予以隔离或举家徒迁，甚至弃村举社他迁以防止传染。
