明代针灸学在宋金元针灸理论有较大发展的基础上，进入一个新阶段，特别在针刺方面，在单式针法基础上，形成20余种复式手法；灸疗方面，由艾炷灸发展为使用艾卷的温热灸法。这一时期还出现了一些集大成的针灸著作。书中内容多数是摘录前人针灸学论述而成，且多歌赋形式表述者。
(一)针灸学说与理论的发展
汪机重视经络腧穴在疮疡诊断中的作用，提出五脏六腑之痈均有相应募穴隐痛征象，可作为诊断依据之一；强调对症状的分析和治疗选取腧穴郁应结合经络循行。汪氏还注意到瘢痕组织对经气传导的影响。
高武研究了按时选穴学说，主张废弃当时流行的“按时用穴”法，倡用“定时用穴”法。前者不问何病，皆于某日某时，针灸同一开穴，这种取穴法，疗效不高，且易误人。定时用穴法强调先知病，后定经穴，再据该经穴开穴时辰针灸，治病很有针对性。
杨继洲研究了井穴的临床运用，在《针灸大成》中绘有“十二经井穴图”，列有井穴主治各种病证。他还进一步阐发了八脉八穴理论，增加了杨氏治症36项，使之成为系统学说。
李时珍的《奇经八脉考》，发挥了奇经八脉理论，指出奇经也是经脉，较为详细地阐明了奇经八脉的循行路线，所主症状等，丰富了经络学说的内容，引起后世医家对奇经的重视。
(二)针刺手法和灸法的发展
重视针刺手法是明代针灸学的特点之一。徐风诠释了窦默的手指补泻十四法，增加了使气至病所的“调气法”，用捻转、按压、插针等手法控制针感传导的“龙虎升腾”和“纳气法”：记述了当时临床应用的烧山火、透天凉、阳中隐阴、阴中隐阳、子午捣日、进气法、留气法、抽添法、龙虎交战法、青龙摆尾、白虎摇头、苍龟探穴、赤风迎源等法，使复式手法达15种。杨继洲在《针灸大成》中，广泛吸收了以前的手法，阐述了杨氏家传的特有手法，如十二字法、下手八法、二十四法等，包括数十种单式和复式手法。杨氏发展了透穴针法，如以风池透风府治偏正头风、合谷透劳宫治口眼斜等。针刺手法的改进和丰富，对提高针刺疗效，扩大针灸应用范围，都很有意义。
明代灸法也有明显的发展。汪机、薛已等善用砭灸法、隔蒜灸法以治疗外科疾病；李善用“炼脐”法养生防病，法用麝香、丁香、青盐、夜明砂等20味药末填脐中，上盖槐皮，置艾绒施灸五、六十壮，使遍身汗出。如无汗，三、五日后再灸120壮，这是对唐代孙思邈保健灸的进一步发展。张介宾重温补亦重灸法，以为灸有散寒邪、除阴毒、开郁破滞、助气回阳之功。明代出现的艾卷灸首见于朱权的《寿域神方》，最早艾卷并不掺药。后来《本草纲目》，药用沉香、木香、乳香、茵陈等与艾绒同搓为艾条，以治风寒湿痹、寒性腹痛、痛经等；扩大了灸法的使用范围。
(三)针灸著作和医家
明代出现了较多的汇编性针灸著作，主要有徐风《针灸大全》、商武《针灸聚英》、杨继洲《针灸大成》、朱《普济方·针灸》、吴昆《针方六集》、张介宾《类经图翼》等。此外尚有《琼瑶神书》(一名《针灸神书大成》)、《秘传常山敬斋杨先生针灸全书》等。内容丰富的汇编性针灸专著的传播，对推广针灸学术起着重要作用。
除上述汇编性著作外，较著名针灸著作还有陈会这一时期出版了大幅明堂图，如镇江府刻印的《铜人明堂图》、丘浚雕版的《明堂经络图》2幅，上二者现已佚；赵文炳雕版的《铜人明堂图》2幅。
(四)针灸铜人、按摩术等
明代太医院仍用铜人考试针灸医生，因此明朝政府和民间医家均重视铸造针灸铜人。明政府在洪武和正统间曾分别指定专人铸造钢人。高武鉴于以往仅有男子铜像一种，不符实际需要，因铸男、女及童子铜像各一座，以方便取穴。此外，明代医家开始重视推拿(即按摩)术，出现了不少有关推拿的专著，推拿不用针，不服药，较适用于小儿，故推拿著作多着重于小儿。
(五)推家学的突出进展与成就
明代，推拿学有突出的进展和成就，首先表现在按摩科在太医署医学分科中又重新得到地位，是当时医学十三科之一，从而为该学科之发展创造了条件。
其次是推拿术广泛为医家、养生家所接受，因此而得到推广。如洪武12年(1379)朱权的《活人心法》中即收有仙术修养术、八段锦导引法、导引图等，并结合中医肾气、命门火、脏腑等学说，增加了摩肾、按夹脊、叩涌、按腹等手法。其中之八段锦法，因其发展了坐功，简化了导引术，并能与中医经络学说紧密结合，因而为后世养生家多种著作收录。如《尊生八笺》、《古今养生录》等，流传更广。《新刻养生导引法》，则是对前代养生导引法之总结。除分述中风、风痹、心腹痛、霍乱、腰痛、脚气、淋、痔等二十余门证候之导引法，并载虾蟆行气法、龟鳖行气法、彭祖谷仙卧引法、右宁先生导引行气法、王子乔八种导引法、五禽戏法等。此外，如《古今医统》、《医学入门》、《医学正传》，甚至《本草纲目》等书中亦都收有导引、按摩方法。
再次是明代按摩家在广泛总结儿科临床应用按摩法的基础上，撰写了大量有关儿科按摩著作，如《陈氏小儿按摩经》(为杨继洲收入《针灸大成》中)、《小儿推拿秘旨》、《小儿推拿仙术秘诀》等。《陈氏小儿按摩经》(1601)用歌诀形式，介绍了小儿常见病证的按摩推拿的理论和方法。特别对掐法、推手指三关(风关、气关、命关)法及其适应症有详述。《小儿推拿秘旨》(1604)认为推拿对小儿保健医疗有独特良效，“一有疾病，即可医治，手到病除，效验立见，洵保赤之良法也。”书中用歌诀表述穴位与推拿治法，方简易记，特别对十二种推拿手法的名称、功效、操作和适应症阐述尤为明晰。亦介绍有小儿急救、护理等推拿法，《小儿推拿秘诀》(1605)记载了阳掌(掌面)诀法和阴掌(掌背)诀法，并简述“身中十二拿法”的穴位与功效，甚便于习学。而书中常用葱姜汤推，用艾绒敷脐或用葱捣捏成讲敷穴治疗亦为其特点。这些小儿推拿著作的广泛流传，进一步促进了推拿疗法在儿科中应用，成为明代推拿术进展的一大特色。
