以“运气七篇”（指王冰次注本《黄帝内经素问》中卷十九至二十二中的七篇论述运气学说的专著）为标志的五运六气学说，虽然形成的时代较早，但在唐代以前它却是罕为人知的，几乎没有什么实际影响。直到唐·宝应元年(公元762年)，王冰将“运气七篇”补入《素问》之中并加以注解阐发以后，运气学说才为世人所知，并逐渐受到重视。唐代后期又陆续出现了几部运气学说专著和专篇，如《素问六气玄珠密语》、《天元玉册》、《昭明隐旨》和《元和纪用经·六气用药增损法》等，其中除《昭明隐旨》已佚失外，其余三部书尚存，这几部书旧题为王冰撰，但据其内容考证可知，均为唐代后期人士伪托王冰之名而作。
宋仁宗嘉祐至宋英宗治平年间(1057～1067)，由“校正医书局”将王冰重新编次的含有“运气七篇”的二十四卷本《黄帝内经素问》选作范本，加以校正并颁行全国。“运气七篇”在王冰次注本《黄帝内经素问》中占有近三分之一的篇幅，它被作为医学经典——《素问》的重要组成部分由官方颁行全国，这无疑大大提高了它在医学领域中的地位，扩大了运气学说在医界的影响。因此，北宋的医学校——太医局以及地方医学校也将王冰次注本《素问》作为教科书，并将“运气”列为基本教试课程之一。北宋末年，运气学说由于受到宋徽宗赵佶的大力提倡和推广而进入鼎盛阶段，《圣齐经》与《圣济总录》将运气学说置于突出地位。这一措施不仅在全国医界、而且在全民范围内推广普及运气学说知识，运气学说的影响和应用至此也达到空前的兴盛时期。
刘温舒《素问入式运气论奥》(以下简称《运气论奥》)成书于宋哲宗元符二年(公元1099年)。全书共三卷，以图文并茂的形式分三十个专题，对运气学说中的基本概念和基本原理进行了阐明和发挥，《运气论奥》立论比较醇正，不象《玄珠密语》和《天元玉册》那样偏僻驳杂，更无占卜灾祥的内容。它忠实于“运气七篇”的基本精神，着重摘取。“运气七篇”中原有的概念、原理和理论格局，加以阐释和发挥，该书以相当篇幅对五行生克休旺、十干、十二支、五行生成数、纳音、月建、四时气候、九宫分野等自然哲学的基本概念和理论加以论述，也是为了阐发运气学说，使之便于理解。《运气论奥》是中医史上的一部较重要的运气学说专著。
南宋时期，陈言在其《三因极一病证方论》中针对年干和年支详细而具体地开出了治疗五运太过不及和六气司天所致病证的十六首方剂。这是将运气学说的治疗原则具体落实到方药上，继《元和纪用经》之后进一步发展了运气治疗学说。
宋代运气学说的另一特点是强调运气有常有变。最先明确提出运气的常变之辨者为北宋科学家沈括。
所谓“常”是指经常性的、规律性的变化，“变”为异常的、特异性的变化。沈括认为气候及其病候的出现有常有变，运气所决定的是规律性的气候病候，而在其之外还有特异性的变化；因此在应用运气学说时就不能胶执于定法，不知变通。而应结合其时其地的具体气候病候来加以判断，《圣济总录·运气》也承认运气有常变之别，运气理论格局反映的是其常——“定期之纪”；由于种种原因，运气也有变异；对于变异的情况，就不可拘泥于常理。
提出运气有常有变是为了告诫人们要灵活应用运气学说，将运气理论格局与具体时间地域的气候情况相结合，知常达变。这种主张在后世得到了广泛的响应。
