一、中医经典著作的文献研究
近代医家在《内经》文献学研究方面成绩卓著，初期（清末民初)大多致力于经典考证、校勘，而后期则侧重于阐述经义，并进行系统的整理类编。
清末民初，在乾嘉考据学余绪影响下《内经》训诂研究兴起。晚清经学大师俞樾(号曲园，1821～1906）的《读书余录》，也涉及他读《内经》的考据心得，后人将这部分内容单独抄录，刊载于《三三医书》，题名《内经辨言》(YuYue.Analysis and Explanation of Lutcmal Classic. In: Firstvolume of Three Three Medical Book:Haongzhou,1924.俞樾《内经辨言》（《三三医书》第一集，1924年杭州排印），胡澍撰《黄帝内经素问校义》(HuShu.Proofreading of Plain Questions of Yellow Emperor'sInternal Classic. In: Pan zhuyin,eds.16Th volume ofPangxizhai's Collection: Wu County 1883.胡澍《黄帝内经素问校义》（吴县潘祖荫刻入《滂喜斋丛书》，第16期），清光绪九年（1883年）蛟仁二位堂刻本)。顾现光撰写《素问校勘记》、《灵枢校勘记》。朴学大师孙诒让(1848～1908)，在前述俞氏、胡氏、顾氏之后，再度校《素问》，著有《素问王冰注校》一卷（Sunyirang. Annolation and Proofreading of Plain Questionsby WangBing, printed by sun in Rui’an in1894.孙诒让《素问王冰注校》（《礼》卷11），清光绪二十年（1894年）瑞安孙氏刻本）。
冯承熙在《素问悬解》(清同光年间阳源冯氏本)重刻时，于书末附有《校余偶记》1卷（Feng ChengxiNotes of Proofreading Work In Explanation of suspensesin Plain Questions,1872.冯承熙《校余偶识》（附《素问悬解》后），清同治十一年至光绪六年（1872年-1880年）刻本），计收录其校勘心得90余条。近代在《内经》训诂方面硕果累累。
民国时期，由于中西医论争激烈，《内经》研究已不再停留于训诂诠释，而是阐明《内经》的学术价值，旨在捍卫中医理论体系。恽铁樵的《群经见智录》和杨则民的《内经哲学之检讨》是这类研究工作的代表作。唐容川的《中西汇通医经精义》，是以藏象学说为主体，以西医解剖知识作为经文注脚，近代大多数医家则倾向于仿照科学体例框架，参考西医学科体例设计中医学校教程，以新的思路纂辑《内经》。
《时氏内经学》与《秦氏内经学》是民国时期盛行的《内经》研究著作秦伯未致力于《内经》研究历经数十年，早年曾有《内经》训诂之作——《读内经记》，后撰成《内经病机十九条研究》。秦氏又著《内经类证》（1929年），将《素问》、《灵枢》中有关叙述病证的经文摘出，共整理得《内经》所记载病类44种和病侯311种，并对摘录的文献进行分类编纂，在文献学与研究方法上较明张介宾《类经》更为深入。最后于1934年完成《秦氏内经学》。
综上所述，近代在《内经》文献研究方面不仅成绩卓著，而且颇具时代气息，不仅论著数量多，研究深度广度超出前代，而且研究方法与风格亦与前人迥然不同。前期在乾嘉余绪影响下，进行了大量的《内经》训诂，前所未有；而后期受西学影响，在《内经》文献类编上形成奇特的框架。诸多学术因素为《内经》研究在方法论方面增添了新的活力，使得近代《内经》研究颇具特色
二、丛书、工具书的编写
近代由于西学东渐，在医学领域，除了继承前代继续汇集列刻经典医籍和汇刻经过精校、评注的典籍外，以汇刻临床实用医书和医学入门读物成为主流。中西医书的合刻及汇通医学公书的出现，是这一时期丛书领域的特点。医学工具书在这一时期有较大的发展，不仅首次出现了辞典类著作，而且各种书目在此对期得到了突飞猛进的发展，为现代医学辞典类著作和各种工具书的编写奠定了基础。据《中医图书联合目录》（1960年）所载，这一时期的医学丛书约有135部，辞典类著作约14部，书目类著作约34部。
三、医学史研究
陈邦贤著《中国医学史》为中国第一部医学通史，我国系统研究医学史著作之滥觞。伍连德称其为“空前之杰作矣。”(ChenBangxian. Preface of the first edition of ChineseMedical History. Shanghai Medical PublishingHouse,1920.陈邦贤：《中国医学史》第1版序，上海医学书局l920年)，作者认为一人学识有限，为了集思广益，倡建“医史研究会”（Chen Bangxian Regulations of the Research society ofMedieal Histoy J Tradi Chin 8 West Med,1914,10thissue.《医史研究会章程》刊于《中西医学报》l914年5月，第4年合订本第10期），“邀我邦诸友，入会磋磨”，共同修改补充。参与讨论的研究会成员中不乏医界名流，如余伯陶先生，他是神州医药总会会长，陈氏书中记载民国初年中医界为兴办教育开展请愿抗争之事，余先生正是这次请愿活动的组织者，可见这一节记载翔实可信，是来源于当事者的第一手资料。这部专著内容丰富，给后人留下许多可贵的史料。
近代我国另一部重要的医学史著件，是王吉民、伍连德合作撰写的《History of ChineseMediecine(中国医史，英文)》。伍连德，王吉民是中华医史学会的创始人。此书在近代西洋医学传入中国的历史进程方面，记述甚详，内容丰富，书中引用了大量的第一手资料（如教会、海关中有关资料），对西医在我国逐步成长的历史作了翔实记载。
近代较晚年代的医史著作，有李涛的《医学史纲》，陈邦资《中国医学史》，王吉民、伍德《中国医史（英文）》和李涛《医学史纫》等三部著作，是中国近代具有代表性的医学史研究成果。
在中国医药发展史研究方面，随着兴办中医教育，在各院校教材的基础上，产生出几部医史著作。谢观(利恒)《中国医学源流论》(1935年)是一部中医史佳作。
近代我国医史界在开拓疾病史研究方面成绩卓著。
博物馆在我国作为一种独立的文化机构发轫于近代。1938年中国医史博物馆正式成立，王吉民任馆长，该馆是我国最早的医史专业博物馆。
