(一)西辽时期的回鹘医药
我国北方少数民族契丹族于916年建大契丹国，938年改国号大辽，其西境直达叶塞尼河上游，与高昌回鹘、喀喇汗国接邻，互相贸易十分活跃，其上京汉城因之设有“回鹊营”。回鹘文化甚至景教(基督教)亦于此时传入辽地。
这时期的回鹘医药文化有了更多成分和溶合。塔里木盆地南缘还出现了一个出色的医学家艾拉·伊丁·穆罕默德·和田尼，他出生于和田伊里奇肩波孜热纳村，就学于和阗，后到喀汁、布哈拉深造，并拜师访友，成了一个博学多才的医生。后来积多年亲身体会和经验，写出了《医学结晶》等许多医学著作，他还在当地开办的经学堂教授生徒，培养了许多医生和科学家。但至1211年，屈出律夺得岳父的西辽政权后，所有书籍被烧毁，医学典籍遭践踏。
(二)元蒙时期畏吾儿医药
1217年，蒙古军队进击屈出律，回鹘成为成吉恩汗西征欧亚大军的组成部分；元蒙帝国中亚、西亚、包括新缰西州移民和宿卫既多，阿拉伯医药更加快了传布，1263年爱薛掌管西城星历、医药二司，1270年设广惠司，皆与此有些关系。
这时期塔里木盆地基本倾向于稳定，医学也受到重视。喀什、莎车等地的学堂教育日益兴旺，还建立起专门的医疗机构，并鼓励医生们著书立说及从事翻译工作。阿拉伯、波斯文中的《提比·玉素夫》、《考黑日·哈日考才夏》等书被译成察合台语；由撒马尔罕人著成的《鲁则提沙怕》(《察合台医生历史》)是用察合台语写成的。还有许多医书手抄本印有国王印玺。根据当时著名诗人阿不都热衣木·纳扎里的诗著记载，汗国后期在塔里木盆地成长起来的著名医生努肉孜阿訇，一生中培养了许多徒弟，他擅长利用当地草药为患者治病。后半生行医于麦盖提，那儿的人民对他的墓地十分崇敬，称作“努肉孜阿訇寝陵”。
当时非常出名的用察合台语写成的长诗《古里与努诺孜》及后来的《赛卡克诗集》等中也都赞美了畏兀儿的医师和药物。
米尔咱·马黑麻·海答儿是一位军事家、文学家，同时也是医学家，博学多才，熟悉医术方药。擅长外科手术。
