李杲师从张元素，深受元素医学思想的影响，结合自己多年的亲身经历和体会，创立了以“脾胃论”、“内伤论”为主的理论学说，成为这一时期最著名的医家之一，对金元医学的繁荣和后世中医学的发展都产生重要影响。在学术上，他独称一时，归纳而言，可以概括为三点：
(一)尊师重道，发扬张元素药物学说
张元素对药物学有所创见，发明药物气味、阴阳、厚薄、升降、浮沉之理，创药物归经之说。李杲继承考师学说，并加以发扬，他著《用药法象》一书，原书虽佚，但大部份内容都收录在王好古之《汤液本草》一书中。《汤液本草》共六卷，前二卷以“东垣先生药类法象”和“东垣先生用药心法”为题，收录李杲主要药学论述。在“药性要旨”一节中指出：苦药平升，微寒平亦升，甘辛药平降，甘寒泻火，苦寒泻湿热，苦甘寒泻血热。他还认为治病应知标本，必先治其本，后治其标，这样疾病便可除去。为此，李杲按病症详述了用药心得。这些用药心得除宗法张元素说外，李杲更为完善的学识，对后世医生用药很有启发。
(二)战争中建立内伤学说
李杲生活年代正值金元战争期间，金哀宗正大九年，改元开兴元年，又改天兴元年(1232)之际，金朝都城汴梁（今河南开封)被元兵围困半个月，解围之后，人民无病者极少，既病而死者接踵不绝。
李杲目堵了实际情况，当时这些疾病患者，医生大都是按外感风寒治疗的，结果疾病不能痊愈，反而大量死亡，这不能不引起李杲的重视和思考。李杲回忆在金宣宗贞祐至兴定年间(1214～1221)也有类似情形，李杲考虑战争期间都城被围，人们惊恐之余，起居不时，劳役频仍，寒温失所，朝饥暮饱，以致胃气亏乏。解围之后，一旦饱食太过，因胃气亏乏太久，兼以营卫失养，反而不能承受，如果调治失宜，便可促成死亡。
李杲指出：“伤外为有余，有余者泻之；伤内为不足，不足者补之。”“内伤不足之病，苟误认作外感有余之病而反泻之，则虚其虚也”，因此内伤外感不容混同。
李杲内伤学说的建立是前人没有提出的，也是在战争时期他临床中独创的心得，为此他拟制了补中益气汤以及升阳益胃汤，均取甘温除热、温养脾胃、扶养元气为主，为治内伤病的主方，深得后世医家赞赏。
(三)发扬扶护元气和温养脾胃学说
李杲《脾胃论》，指出“人以水谷为本”，人的“元气充足”，皆由脾胃之气无所伤，而后能滋养元气”。人不能断绝水谷，断绝水谷则胃气不生，五脏无由通利。李杲强调“夫饮食不节，则胃病，胃病则气短精少，而生大热。”“胃既病，则脾无所禀受……故亦从而病焉。”反过来说，如“形体劳役则脾病，病脾则怠惰嗜卧，四肢不收，大便泄泻，脾既病，则其胃不能独行津液，故亦从而病焉。”因此脾胃之作用非常重要，脾胃虚弱，总会影响人体阳气不得生发，阳气不足，阴气则有余，人之百病，皆由脾胃虚弱所生，故治疗必须重在脾胃。
综上可见，李杲医学学说的形成，首先是在其师张元素学说基础上，进一步根据自己的临床体会而发挥的，并把“易水之学”的发展推向一个新的高峰。所以他的理论学说诞生以后，在金末元初医学界受到人们的重视。金末时，李杲已具国医之名，他的学说通过其著作的陆续出版及其弟子罗天益的继承发扬，在元初产生了更大的社会影响，人们不仅突出地强调李杲发展“洁古之学”扶养胃气的意义，而且逐渐把李杲“补土”理论的特色，作为与“河间学说”形成鲜明对比的“易水学说”主要特点。
这最终奠定了李杲在金元各医家中的突出地位，而成为金元四大家之一。其术自元朝以来，继承者甚众，受到医学界的普遍重视。人们对于李杲因时创立“脾胃内伤”理论给予较高评价。
