随着闽粤等沿海省市之人民出于谋生、商贸、文化教育之需要，在明清时期更大批移居台湾。他们需要医药保证其健康，特别是郑氏父子出于经济、政治、军事之需要，多次组织数以万计的民众迁居台湾。清王朝为了统一中国，以军事手段大兵压境，逼统治台湾的郑成功孙郑克垓降服。在消灭了郑氏统治集团后，为了稳定政局之需要，并驻大军保卫台湾，期间由大陆移居台湾者，与日俱增。前后数百年间，先后移居台湾的福建、广东、浙江等地人氏至少已逾10万。其中大部分长期居处台省，婚娶台省，与台原住民通婚嫁娶，最初之不睦已逐渐为和睦大家庭所取代。在这千余年间，特别明末清代中叶前，数以百计的中医、中药人员赴台，中医药学也在台湾各民族医疗保健中逐渐发挥着重要的作用，大陆中医药学者迁台与年俱增。台产中药，或经台湾从东南亚转手的中药，不断以贡、贸方式运往内地；大陆名贵药材也不时运往台湾以供中医医疗用药之需要。
清代，政府与民间设有不少“恤政”机构，其中包括诊治与救济病患者的养济院，据地方志记载，此期各地均有建立养济院。如康熙二十三年(1584)台南、凤山、诸罗各地均建立养济院。乾隆元年(1736)彰化建养济院，收养麻疯残疾之人。此外，还有在嘉庆年间凤山县、光绪五年(1879)台北、光绪六年(1880)新竹县也均建立养济院。除了养济院以外，自乾隆后，台湾尚有普济堂、养留局、棲留所等之建置，目的也在于收养社会上无人照顾的孤老残疾者。如道光二十九年(1849)谈水厅治东门内(今新竹市)设有回生洞(后改为回春院)，收留无亲属可依之四方行旅病人。除供养外，并加以医治，死后则为之收埋，中医药学在台湾取得了空前的发展，仅据日本占据台湾后，公元1897年统计，台湾中医药人员共有1070人。其中博通医书、讲究方脉，有良好的声誉者29人，以儒学而兼施医者91人，自称祖传世医97人，其他则为稍有文字素养的一般时医，占绝大多数。四年后，日本当局于1901年举办了中医考试，申请者更多达2126人，经考试及格者有1097人；还有未经考试而有许可证者650人，以及考试虽不及格而给予同情许可者156人。当时台湾共有行医执照的中医1903人，足可证明台湾中医发展之一斑。
大陆中医赴台与台湾中医：由于历史的原因，譬如最初赴台之中医，多出于谋生，或寻求出路，其技术水平并不高明。虽能在台立脚，而学术未必能使社会注目，故文献未见有记述者。因此，对早期赴台行医者，已很难知其名氏。仅就有关文献记述，赴台中医之最早者可能是沈佺期与沈光文二人。他们于明末在台的医疗中虽不甚广泛，但影响不小。
沈佺期(1608～1682)，字云佑，号鹤斋，福建南安人。崇帧十六年(1643)进士，授以吏部郎中，精医药。明亡南下，经厦门抵台湾，“监军曾公从龙，劝其挽成功而卒不见，及成功卒”，以医术济台人，对疾病者不分富贵贫穷，治愈者颇众，为民众所敬重。
沈光文(1611～1685?)，字文开，号斯庵，浙江鄞县人。少时以明经贡太学，南明福王元年(1645)曾授太常博士。次年闽师渍，闻桂王立粤中，乃走肇庆，累升太仆少卿。南明桂王永历三年(1649)，由潮州航海至金门入泉州，遇飓风飘至台湾。居台三十余年间，初为郑成功以客礼见，不署其官。郑成功死后，子郑经继位，光文以赋寓讽，几遭不测，乃变服为僧而入山，寄寓于高山族人之目加溜湾社。以教读为生，同时用自己的医术为当地民众诊治疾病。光文在与当地群众之相处中，关系十分融洽。”与诸罗(今嘉义)令李麒光辈结社联诗，著述甚多”，季麒光撰有《台湾杂记》一书，由于沈光文为避郑经之迫害，入山教读，并为民众医治疾病，深得群众的敬重。
如果台湾之中医在明代，其知名者尚少，那么到清代已大量增加，医疗水平也不断提高，而且出现了医方著作，考其原因，除移居台湾之民众大量增加(其中包括中医)外，与明、清重视在台湾兴办教育，提高台湾民众的文化知识，鼓励高山族上层子弟赴中央攻读各种文化知识息息相关。所谓：“天子思磨钝振聩，乃设岁科二试以鼓励之”，“渐有彬彬文学之风矣”，文化知识的提高，就为学习中医创造了较好的基础与客观条件。同时，由于海峡交通的改善，两岸医药交流也日趋发展，也是台湾中医大量增加，医疗水平不断提高的重要因素。据日本占据台湾时1897年统计之1070名中医药人员分析，认为讲究方脉有良好声誉，或有儒学基础之医师，或俱祖传世医资格者，共计217人，占20%以上。又据台湾地方志等所收载之清代至民国初名医也多达80余人。
胡焯猷，字瑞铨。少时以家累，弃儒业医，康熙(1662～1722)间，渡台至台湾淡水，以医为业，求者颇众。乾隆时于淡水创建“西云崖”，后改名“明志书院”，广施义学，开台北之文风。
吴沙(1731～1798)，福建漳浦人，善医擅长痘疹。中岁来台，寄居淡水，性侠，与高山族交往密切。嘉庆二年(1797)，高山族三十六社天花流行，死亡甚众，按其习俗，阖社迁徒。吴沙为其传授方药，病者疑而不敢服用，有的病者服用后，痘病多愈，经他治疗而痊愈者百数十人。由此，高山族人视之为神，纳土谢之。
徐麟书（1781～1849），原籍广东蕉岭。他出身于六世医药世家，从祖上起代代均以经营中药材商为业，同时以精通医道为人治病为专长。麒书继承祖上，对医药知识、技术之钻研勤奋，造诣很深，独具匠心，对妙剂良方积累发明尤多，颇受世人好评。清道光年间曾被证为太医院御医。徐氏因亲眼所见清廷腐败，不愿立身其中，决意远离京都而赴台。于台湾新屋后源柯悬壶行医，以其高效而医名渐盛。一时以“和扁再世”之誉而闻名遐迩。他除了忙于诊秀外，还将所用妙剂良方编撰成书，名《秘传医书》。该书是为后代子孙继承其医业而撰，故多经验心得以及临证时诸种诊疗等要点，或可视之为传世之作，故其子孙世代均继承其学，名于时。
范元成(1844～1922)字瑞嘉，自幼随父由泉州渡台，居基隆，潜心于医术之学习，尤擅外科，名闻遐迩。光绪十年(1884)，法国军舰侵犯台湾，台胞被炮伤者甚众，元成一一为之悉心救治，被治愈者不计其数，一时医名鹊起。基隆海防分府局知林源荣，聘元成为官医；有海军舰长颈部患奇疾，群医束手，命在倾刻，经元成诊治而愈，船长誉“华佗再世”，欲以重金酬谢，元成拒收。且曰：“乘危取财，甚于盗贼，吾平日引以为戒，予救君岂为是哉”。为此，舰长特聘元成为军医，随舰游历各埠，及壮年而归，隐居故乡，求医者益众，名噪一时。惜以“谋生多术，奚必歧黄，非有德者，不可为医，吾所以不轻授人者，恐乘危取财也”之理论，不原授生带徒，使其医术未能传至后世。
防治霍乱、鼠疫等传染病与黄玉阶的贡献：黄玉阶(184～1910)台湾台中人。先习汉学，年二十跟随中医师李清机学习医学，后即为人诊治疾病，边学习边诊治疾病，医术进步很快，约于光绪八年(1882)由台中迁居台北悬壶，医术精良，求诊者日众，加之每多免费施舍，为民众所敬重。公元1884年台北地区霍乱流行，死亡甚众，黄氏精选良方，独创合剂，诊治施药，治愈者达七、八百人。公元1895年台北再次霍乱流行，黄氏除施济合药诊治外，并印发《霍乱吊脚痧》医书千册分送全台。据称经他治愈者千余人。其后，台湾鼠疫流行，蔓延数年，其间斑疹也流行很盛，黄氏更加繁忙于诊治，均取得显著成绩。特别鼠疫蔓延之势甚猛，民众缺乏防治知识，他请求当局准予成立“黑死病治疗所”，自任该所主任，号召社会捐款，他自己以身示范捐款500元，对防治工作进行全盘计划，并编撰《黑死病疙瘩瘟治法新编》，印刷数千册以遍赠全台各地，为阻遏疫症之传染流行发挥了重要作用。由于他医术高明，疗效显著，热心防治等社会公益事业，在民众中与社会高层均有很高的知名度，为人们所崇敬和尊重，许多医疗机构聘请他作顾问、会长、主任等。例如，台北县黑死病治疗所医务嘱托、仁济医院嘱托、检疫委员、传染病预防委员、医生会会长、艋舺保安医院传染病隔离所医务主任等等。他在如此繁忙的治疗与社会兼职中，任劳任怨，勤恳奋进，作出了重大贡献。与此同时，他还很重视学生培养，跟从学习者甚众，其中尤以叶炼金、尤子樵、王成渠、周仪垲等最为出色。
中医界参与防治台北十九世纪鼠疫的医师，还有黄守乾，台北人，本名鹿港，人称鹿港乾，是当时台北又一名知名中医师，人们誉为台北中医界之翘楚，门庭若市，疗效卓著，处方用药只是聊聊数味，且附有药论，并兼用针灸。日本侵占之初，台湾地区鼠疫流行，死亡枕藉，他被聘为艋舺(今台北)传染病院(今仁济院)中医部主任医师,被他治愈的鼠疫病人甚众。鼠疫平息后，他仍回寓所行医，求诊者更多。于民国初卒，年近60岁。关于医学著作，此期尚少。《台湾杂记》载有：清·黄逢昶《医方》一书，据称“台湾横山跨海，烟瘴迷漫，忽雨忽睛，湿热又相乘为患，内地人不合水土，致病亡，爱拟医方。壬午三月禀请岑宫保刊行，医人多资调治，板藏台北府考棚内，后为滇军取去”，未见。
台湾中医药学之发展与普及：明清时期台湾中医学虽有显著进步与发展，而且普及较快，但因医家忙于诊务而很少著作留传，对其实际状况也难以得到确切的依据。黄叔璥(17世纪)，清大兴人，康熙进士，曾奉命以御使巡视台湾，撰《台湾使槎录》八卷，详述了他在任职时对台湾史、地、政治、经贸、民俗等等的调查情况。该书有鲁煜序曰：“煜闻先生之言曰：余之订是编也，凡禽鱼草木之细，必验其形焉，别其色焉，辨其族焉，察其性焉，询之耆老，诘之医师，毫厘之疑，靡所不耀，而后即安……先生必务详审精密。”由此可见黄氏在其著作中关于药物、医疗病症的记述当是十分认真的，有着很高的可信性。现将其所述摘引如下，从而可以了解当时台湾医药学发展水平的一个侧面。黄叔璥述说：“志载药材，有内地所不经见者：如斑节草、柏菰、蒜茶菰、穿山龙草、土木瓜、风藤、水烛；亦有志所不载者：如金锁匙治疳；铃草、茶匙草、虎咬黄、龙鳞草、四时春、马蹄香(一名一枝香)、金剑草、龙舌黄、羊耳草、治黄姜、蔚子黄、金子龙、船花、正埔姜、鱼签草、苦麻草、鸡骨黄等去风解热；乌甜叶(一名对面乌)止血；柏子草、半天飞凉血；鸡卵藤、宜梧草、万年薯、撮鼻草治疯，鸭嘴黄(一名定经草)调经；千里光治目……等。
所记述之中草药共计133种，所治病证种类共计27种。分析27个病种，属内科杂病者8种，属外科(包括骨伤、肿瘤)者15种，属妇科者1种，属儿科者2种，其他为眼科、喉科各1种。可知台湾当时依靠中医药治疗的疾病群状况，医师们医疗病种之特点与水平。所记述之药物绝大多数有台湾特色或仅只产于台省者，而病种名目则与内地十分相似，或完全一致（清，黄叔璥《台湾使槎录》卷三，丛书集成本，商务印书馆1936年），如果将黄氏所记述之药物，与赵学敏《本草钢目拾遗》所收录者作一比较研究，虽然还缺乏完全对应之依据，但也有脉络可寻，因为，赵氏自称编撰中主要“参以旧存江闽秘书”。如斑节草，赵氏记述为斑节相思，注明来自《诸罗(今台湾台南市之佳里镇)志》药用也相仿。又如：猪母菜，《台湾青草药》指出即马齿苋，其药用也与黄氏所述相同。考黄氏所述虎咬黄、茶匙黄，《台湾青草药》认为两者均是连钱草之别名，实为一物。当是黄氏调查时所误作两药，药用相当。
台湾在清代已有药物栽培。周煌《琉球国志略》卷15引蔡文溥《同乐苑八景》之一的“种药堤”，诗曰，“闻道仙家延寿草，移栽堤上自成丛，莫教刘阮（刘阮：相传东汉时人，阮肇二人,同入天台山采药遇仙人者）长来采，留与君王佐药笼”。《台湾青草药》载：“延龄草，乃因传说陷人延年益寿”故名。“古时以地下茎煎汁，用以治疗胃肠疾病”。
此外，黄氏在他的著作中还零星提到一些医药知识，例如：“夙山县有姜，名三保姜，相传明初三保太监所植，可疗百病”，“水沙连荼，在深山中……性极寒，疗热症最效，每年通事于各番议明，入山培制”，等等。可见黄氏对医疗经验调查之重视与态度之认真，他或许是一位精通医药的官员。
