一、医药企业的整顿与改革
卫生部、国家医药管理局等八个部委于1979年5月15日联合向国务院提出《关于在全国开展整顿药厂工作的报告》，国务院于同年6月8日以国发［1979］144号文件批转给各省、市、自治区人民政府和各部委。经过必要的准备工作，于1980年初在全国范围内开展了整顿药厂工作。
重新审批颁发营业执照全国纳入整顿药厂范围的制药企业共2465个，经过整顿批准保留了1833个；关停并转632个（包括自行关停的企业）；批准保留的制药企业颁发了制药企业营业执照，作为准予生产药品的合法凭证。整顿药品品种，重新颁发生产批准文号。改善了制药企业的生产条件、加强了企业管理。制止乱办药厂和取缔游医药贩。
据年底统计，医药工业企业整顿验收合格总数为1068个，占列入整顿规划总数的80.3%；医药商业企业整顿验收合格总数为2087个，占列入整顿规划总数的73.6%。列入《全国预算内国营工业企业整顿规划》的60个医药工业企业中，已有59个整顿验收合格。国家医药管理局直属的9个工商企业已全部完成全面整顿任务，医药企业1984年整顿验收合格的累计进度达到了全国企业整顿领导小组和医药行业年初提出的预定指标。
1986年企业整顿工作全面完成，基础工作得到加强，列入全国企业整顿规划的1320个医药工业企业和2919个医药商业企业，已全部完成整顿任务并已验收合格。
国家医药管理局于1989年7月19日下发《关于加强医药批发市场管理的通知》，12月2日与国家工商行政管理联合印发《关于集体、私营企业和个体工商户零售药品的规定》，与参加联合调查的有关部门共同起草《关于进一步治理整顿医药市场的意见》上报国务院。
1990年5月5日，国务院以国发〔1990〕29文件批转国家医药管理局《关于治理整顿医药市场的意见》，同年6月上旬即召开了各省市人民政府秘书长、医药局局长参加的全国治理整顿医药市场工作会议，提出了贯彻国务院29号文件的方针、目标、措施和工作步骤。
据28个省市不完全统计经营药品批发业务的单位有5万多个，已撤并17000多个，正在研究或提出撤并方案的8000多个。
二、医药工业
1949年以后，党和政府十分重视医药工业的发展，确定了“以发展原料药为主”的方针。在重点发展原料药的同时，积极发展药物制剂生产，到1952年，针剂产量比1950年增长6.3倍，片剂增长5倍；1958年第一个五年计划完成时针剂产量又增长为1952年的8.6倍，片剂为8.5倍；1979年建国30周年时，我国的药物制剂工业已经具有了一定的规模和较高的水平，在医药工业系统已有制剂厂330多个，能够生产的药物制剂已达3000多种。1955年起，大批量合霉素、氯霉素、磺胺药等原料药生产车间也在此时相继建成投产。以生产抗生素为主的华北制药厂和以生产磺胺药为主的太原制药厂先后于1958年和1960年建成投产。至1959年，全国建立起一批化学制药工业，在老厂的基本上，十年中改造、扩建和新建的车间就有140多个。
1964年试办医药工业托拉斯，成立中国医药工业公司。
粉碎“四人帮”以后，医药工业狠抓了药厂整顿工作，到1979年，中国医药工业公司系统已有经过整顿的药厂680多个，职工近30万人，能生产各种化原料药1000多种，30多种剂型，3000多个品种的制剂，全国已建成技术比较先进的药厂38个，为药厂配套的制药机械、药用玻璃、辅料和包装材料等厂家共50多个。1979年全国十二大类化学药品产量达到4.1万吨，工业总产值59亿多元，创造了历史最好水平。
1982年新鉴定的项目，据不完全统计有26项，其中采用乙炔、丙酮连续炔化法合成维生素E中间体-异植物醇新工艺，使原料成本大幅度下降，其它科研项目都取得了可喜的进展。
1983年化学医药工业总产值完成82亿元，比1982年增长13.17%。
1984年化学医药工业总产值完成87.8%亿元，比1983年增长15.4%；十二大类原料药产量完成5.2万吨，比1983年增长9.6%。
1985年是第六个五年计划的最后一年，化学医药工业取得了较好的成绩。化学医药工业总产值完成105亿元，比1984年提高16.69%。
1986年在改革开放的方针指导下，化学医药工业生产得到较大发展，工业总产值完成126亿元，比1985年增长17.76%；按工业普查要求，原料药产量计划由原12大类调整为24大类，24大类原料药产量完成6.3万吨，比1985年增长8.3%；销售收入超过100亿元，比上年提高约20%；实现利税19亿元，比上年提高10%；1986年药品出口创汇达3.19亿美元，增长较大。
1987年是改革进一步深化的一年，工业总产值完成156亿元，提前两个月完成年计划，较1986年增长22.7%；24类原料药完成6.5万余吨,比1986年增加3.52%。
1988年完成工业总产值191亿元，与1987年相比,增长23.25%。主要原料药产量完成7.18万吨，药品销售额达129亿元，生产青霉素1700吨，大输液4.8亿瓶，使这两种最紧缺的常用药品供应得到缓和。
1990年是“七五”计划的最后一年，化学制药工业遇到了资金短缺、销售不畅等较大困难。由于认真贯彻治理整顿、深化改革的方针，在各级领导部门的支持和全体职工的努力下，生产较上年仍有增长，工业总产值完成237亿元，比89年增长15.96%；24大类计划品种产量完成8.4万吨，比1989年增长5.22%；销售收入195.1亿元，比上年增长12.42%。突出的问题是经济效益下降，实现利税18.95亿元，比上年下降22.47%。
三、医药商品供应
1949年后，国营医药商业处在双重困难之中，一方面国内资本主义势力趁国营医药商业基础薄弱，争夺医药市场，大搞投机倒把；另一方面，以美国为首的西方国家对我实行封锁、禁运。1949年9月军委、卫生部在全国第二届药工会议上制定了“发展原料药生产为主”与“先国内、后国外；先社会主义国家、后资本主义国家”的方针，经过各地医药部门的努力，很快就使过去一向依靠进口的青霉素、磺胺等品种相继投入生产，保证了供应。
十年动乱时期，由于“左”的错误影响使医药商业工作在一段时间内有所削弱。
党的十一届三中全会以后，确定了调整、改革、整顿、提高的八字方针。1978年6月7日，经国务院批准成立了国家医药管理总局，1979年召开了全国医药工作会议，明确提出“以需定产、截长补短、以长创新做到适销对路”等原则。医药商业从扩大购销、疏通供应渠道改善经营管理等各个方面作了努力取得了成效。自1989年以来，一些紧俏品种由紧转缓，部分品种甚至变为长线市场出现让利竞销状态，比如氨苄青霉素针，庆大霉素针等大宗品种的商品库存增加；药品价格相对稳定，当前的价格水平除受价值规律的影响外，同时也随着供求关系的变化而上下波动，这是医药工业总量失衡、产大于销的必然现象。
实行计划生育是我国的一项基本国策。1982年全国各级医药经营单位配合各级计划生育部门，对18种免费发放避孕药具的生产、收购、分配和调拨进行专门安排。在全国各地城镇的医药商店大都设有避孕药具免费发放专柜，形成一个遍布全国的供应发放网，方便群众领取使用。
