明代重视医学典籍的整理研究，把它视作提高医生素养，加强医学理论建设的基础工作。
(一)《内经》的经理研究：明代治《内经》的医家颇多，撰有约20种著作，突出者有如下诸种：
1、《灵》、《素》合注与发微：马莳对《素问》、《灵枢》全部作注，是合注最早的人，《黄帝内经素问注证发微》9卷，以期有补于对《素问》的理解。王冰分《素问》为24卷，马氏非之，改分为9卷，马氏注于每篇首有提纲挈领之总论，再逐章逐节逐句注之，颇有发明，亦有望文生义处。
2、《灵枢》最早的全注本：马莳的《黄帝内经灵枢注证发微》是现存对《灵枢》最早的全注本。马莳，以为《灵枢》和《素问》都为9卷，原文悉依宋代史崧本，认为《灵枢》较《素问》更重要，不能视《灵枢》仅为用针之书，指出书中用针方法，都可引伸为用药之法，不可“泥为用针”之书，这些说法很有道理。此书体例同《素问》注，后世学者认为此书之注在内容上优于《素问》，且属首创，其功颇宏。
3、张景岳的《类经》：张景岳把《内经)重新分类，再予合编，成《类经》一书。全书以《内经》原文为纲，吸取各家医论，附以个人心得，并对难懂词句加以通俗解释，有些议论十分精彩，全书分为摄生、阴阳、藏象、脉色、经络、标本、气味、论治、疾病、针刺、运气、会通共12类，390条。
4、小型阐释《内经》之悴为使人掌握《内经》的基本精神，明代出现了由博返约，提纲挈领，讲解《内经》主要现点的著作。由滑寿原注、汪机续注的《读素问钞》，是《素问》的节录注本，刊于1519年，该书分藏象、经度、脉候、病能、摄生、论治、色诊、针刺、阴阳、标本、运气和汇萃12类。汪氏在原注基础上作了重要补充，是学习《内经》的入门书。
李中梓的《内经知要》，执简驭繁，将《内经》按内容分成道生、阴阳、色诊、脉设、藏象、经络、治则和病能8类。本书除辑录原文外，结合基础和临床加以阐析，内容简要，条理清晰，选录切要，讲解明白，是便于初学员优秀的选本之一。1764年经薛雪重校加按，更为流行。
(二)《难经》的研究：《难经》于明代注家颇多，如王九思等的《难经集注》，马莳的《难经正义》，徐述的《难经补注》、姚浚的《难经考误》，张景皋的《难经直解》，张世贤的《图注难经》等，王九思的《难经集注》，5卷，系在石右谅、王鼎象、王惟一协助下，于1505年成书，本书属于集注，集吴时吕广、唐代杨玄操、宋代丁德用、虞庶、杨康候诸家之注，于每难下胪列诸家之说，历附说明主要是校正和音释。该书在保存明代以前的资料上，是有贡献的。
(三)《伤寒论》的研究：明代从事《伤寒论》研究的医家较多，有著作传世的也在20家以上。开始强调《伤寒论》编次真伪问题，是这一时期的突出特点。方有执始强调编次谬误，提出错简简订之说。以后，张遂辰主张维护原有编次，成为针锋相对的观点。到了清代，他们各有一批追随者，故一般认为伤寒学流派之争始于明代。
明代研究《伤寒论》诸家，涉及内容广泛。董的《伤寒秘要》重在约论经义；卢之颐的《仲景伤寒论疏钞金》偏于订正注家之误。有些医家则把重点放在临床治疗上，王肯堂的《伤寒准绳》、张吾仁的《撰集伤寒世验精法》，从分析病证入手；陈长卿《伤寒五法》从论述治法入手；张介宾的《景岳全书·伤寒典》对诸家方剂进行归类分析，都有临床参考价值。明代有人提出伤寒与温病的区别，如王履的《医经溯洄集》，强调“感天气恶毒异气”的温病，受到后世的重视。万全的《伤寒摘锦》、戈维城的《伤寒补天石》都论述了时行疫病的证治。李中梓的《伤寒括要》、陶华《伤寒六书》中的《伤寒一提金》，则属于普及启蒙的通俗之作。
1、错简重订说的提出：方有执的《伤寒论条辨》，是明代研究《伤寒论》最有影响的著作。他认为张仲景与王叔和仅两朝相隔，王叔和所撰纵不全是，也不会全非，按王叔和所列篇目看，王氏尤重太阳病，是明于辨证的。世传《伤寒论》，不合辨证处甚多，太阳三篇尤为混乱。这种编次肯定非叔和方位，乃后世误人之作。为此，方氏尽二十余年努力，置加考订，以还叔和之故，通仲景之源。
方氏指“伤寒例”一篇为赘附，宜删，“平脉”、“辨脉”为叔和赞经之辞，当移诸书尾；“平脉”篇题不符实，去其篇名，并入各篇。《伤寒论条辨》对六经均有改订，以太阳篇变动最大。将太阳病卫中风而病者列为上篇，收桂技汤证及其变证为卷一；荣伤于寒而病者为中篇，收麻黄汤证及其变证为卷二；荣卫俱中伤于风寒而病者为下篇，收大青龙汤证及其变证为卷三。其余备篇分为5卷，凡8卷。这种分法由清代喻昌发展成为“三纲鼎立”说。
方有执研究《伤寒论》，是有成绩的，但《伤寒论》是否因此恢复原貌，又当别论。方氏错简重订主观上是以“心仲景之心，志仲景之志以求之”。但并未找到错简的有力依据。对错简重订说，后世褒贬不一，争论激烈，并由此形成一个伤寒学术流派。
2、维护旧论说的首端：明末张遂辰在其《张卿子伤寒论》中明确提出，维护原有编次，他认为，“仲景之书精入无比，非善读者免滞于语下”。张氏尊重历代《伤寒论》研究医家，谓“诸家论述，各有发明”，书中未贬斥任何一家，认为王叔和的编次只在卷数上与仲景原书不同，成无己的注释尤称详洽。张氏依成氏《注解伤寒论》之编次，自“辨脉”、“平脉”始，至“汗吐下可与不可”先后次序分毫末动，只在分卷上厘为7卷。文后注释亦以成无已说为主，兼采郭雍、张洁古、庞安常、李东垣、朱丹溪等人之说；张氏虽未明确反对方有执的错简重订说，事实上却形成相互对立的两种观点。他的学生张志聪、张锡驹承袭师说，进行发挥，形成伤寒学中的维护旧论派。
