本时期的针灸学发展也有其时代特征。针灸，以刺络放血泄热多见及多用灸法于临床，并出现了较多的以灸治为主的针灸学家。在针灸理论上，则相应发展了有关针刺泄热、灼艾保命等学说，在针刺操作手法方面也有发展，并出现了子午流注、飞腾八法等按时取穴法，提高了针灸疗效。
(一)针灸学说
金元四大家是金元时期的著名医家，他们在形成他们的医学特色时，在针灸方面也多有建树。如刘完素，他在经络辨证方面颇有发挥，提出治中风之六经分证法(见下表)，就很有特色。
张从正重视针灸在驱邪方面的作用。提出“血出与之发汗，名虽异而实同”认为刺络泄血除热攻邪最捷，因此临症多用。针放血，是对《素问·针解篇》“菀陈则除之者，去恶血也”的发展。
李杲发展了《内经》的脾胃理论，提出了“人以脾胃中元气为本”的观点，在针灸方面，常以“补外踝下留之”，（李杲《脾胃论·三焦元气衰旺》），(足太阳之昆仑穴)以达火生土，充实脾胃之气，及“以胃合三里穴中推而扬之以伸元气”，达到补脾胃元气以制阴火的目的，是补土思想在针灸学中的应用。其弟子罗天益发展了李杲的针灸法，以中腕、气海、足三里组成灸补脾胃的主方，治疗脾胃虚寒证。
刘完素六经分证表（魏稼《各家针灸学说》P.47，上海科学技术出版社，1987年）：
| 中风所属经脉 | 症状 | 针灸腧穴和作用 |
| 太阳经 | 无汗恶寒 | 针太阳至阴出血并刺昆仑阳跷 |
| 有汗恶风 | 针风府 | |
| 阳明经 | 有汗身热不恶风 | 针陷谷去阳明之贼刺厉兑泻阳明之实 |
| 太阴经 | 无汗身凉 | 刺隐白穴去太阴之贼 |
| 少阴经 | 有汗无热 | 刺太溪 |
| 少阳经 | 肢节挛痛 | 灸绝骨以引其热 |
| 厥阴经 | 麻木不仁 | 针大敦以通其经 |
金代何若愚，著有《流注指微论》和《流注指微针赋》，后经阎广明注为《子午流注针经》。该书记述了何氏创立的一种按时选穴方法一子午流注纳甲法，其开穴的规律是经生经，穴生穴，按五行相生（养子）的次字逐个推算。此选穴法对后世影响很大，至今临床上还有不少学者致力于子午流注法研究和实践。何若愚还按“河图”的生成数关系定出了一个针刺深浅的标准，虽较易于掌握，但失之机械，在临床上影响不大。
金元时期著名的针灸学家窦默著有《针经指南》，阐明了针刺与经络脏腑气血的关系，突出了手法在治疗中的作用，他提出的气至“觉针沉紧”说，使习针灸者能较准确的体会得气的概念，具有临床指导意义。他提倡之“流注八穴”法，及213种适应证，将子午流注之临床应用有所拓展。其传人王开之子王国瑞又创用了一种新的按时取穴法——飞腾八法，是对于午流注法的补充，子午流注法和飞腾八法是金元以后针灸学中比较重要的一项内容，代有学者进行研究和应用。
元末医学家滑寿将十二正经与任督二脉的经穴按经脉循行分布加以整理，规纳为十四经。认为这些有穴位的十四经脉是经络系统中的主体，在人体中具有更重要的作用。因而对十四经径穴循行进行了考证，纠正了《圣济总录》中足少阳经、足阳明经在头面部以及足太阳经在背腰部一些穴位的排列次序和循行走向的缺点，发展了经络学说。十四经说不仅对明清医家有较大影响，至今针灸临床和科研仍以十四经为主进行研究。
(二)针灸著作与针灸医家
针灸专作尚存世者有：金·何若愚《子午经》，今有残卷；《子午流注针经》三卷，何若愚撰、阎明广注；金大定时补注之《新刊补注铜人腧穴针灸图经》并闲邪聩叟撰之《针灸避忌太乙图》；窦汉卿《针经指南》；窦桂芳《针灸条杂说》；杜思敬辑《针经节要》，《洁古云岐针法》、《针经摘英集》、王国瑞撰《扁鹊神应针灸玉龙经》、西方子《明堂灸经》、琼瑶真人《琼瑶神书》、滑寿撰《十四经发挥》、胡元庆撰《痈疽神秘灸经》等。
(三)宋针灸铜人的流传与修复
12世纪中期，宋金战争宋人失利。在宋金议和时，金人以索取针灸铜人作为议和的条件之一。王惟一所铸铜人之一曾于1127年被金人带到东北，后元朝安抚使两次使宋时将铜人携归蒙古族领地。元中统间尼泊尔人阿尼哥曾在大都修理铜象，即说明宋针灸铜人在金元时期为统治者所重视，因而作为“国宝”。在金人攻陷汴京时被带往东北，而当元朝建立后又被携至蒙古族领地，从而使针灸知识更为广泛的得以传布。
(四)按摩术在民间流传
此时期在官方医疗机构中亦未设置按摩科。因此，按摩术的记载散见于民间著述。一些前代常用之自我按摩法如按摩涌泉法、擦肾俞穴法、摩腹法，在一些养生著作，如《寿亲养老书》中可见到。金元四大家之一的张从正，在其所著《儒门事亲)中，还把按摩列入汗、吐、下三法之中，认为按摩同汗法一样有疏解作用，首次将按摩同中医治则联系起来。元代危亦林在《世医得效方》中，按摩法除用于骨伤科外，对腰痛、息积、翻胃、齿痛等病亦都采用按摩方法。且《世医得效方》中还全部转录了《千金要方》中的按摩、养生术，如老子按摩法、婆罗门导引术及其他按摩手法等。
