秦代以法冶国，在医药卫生方面也是如此。据云梦秦简记载，凡外来宾客入城，对其车上的衡轭要用火熏燎，以防马身上未被消灭的寄主虫等附着在衡轭和驾马的皮带上。用火熏燎的风俗是历史上延续最久的风俗之一，用这种方法除有防虫害作用外，对一些细菌和病毒也有杀灭作用，带有防疫性质，对于麻风病，秦人已不认为是命中注定，而是早发现，严格管理，地方官吏知有可能患麻风病者，即送官府由专人检查。采取隔离措施，对麻风病人死囚，采取活埋和淹死的办法，这在当时在一定程度上对防止麻风病，有其积极意义。
《吕氏春秋》和《淮南子》，表现出道家与医学的密切联系。《淮南子》中对养生导引、炼丹、药物等多有研究，道家思想至《周易参同契》出现了又一个嬗变，更将研究的目标放在医药和人体的深层文化问题上。
从汉武帝以后，儒家思想占据了统治地位，对医药文化的发展同样产生了深刻影响。儒学的伦常原则，济世利天下的入世理想，在医药实践中强调上以疗君亲之疾，下以救贫贱之厄，中以保健自身。有些儒士弃儒从医，既扩大了医生的队伍，提高了医生队伍的文化素质，对医术和医德的发展都有促进作用。在儒学思想的影响下，对病人的护理上也体现出君亲有疾，臣子须精心侍候。但孝道中的提倡：“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”的倾向，则导致对解剖学发展的阻碍，而儒学重人事远鬼神的观点，对促进医药学科学化、冲刷宗教神学的渗透起着积极作用。
秦汉时方仙道的影响较深，秦代的茅蒙，汉代的张良习服食辟谷、王仲都修炼御寒暑功夫，多有神秘色彩，东汉道教兴起后，为了在民间发展教徒，也多采用医药作为手段。《太平经》中对炼气、眼药、针灸等也有记述，大量吸收医药知识为宗教活动服务。
秦汉时期的具有唯物主义思想的学者及其学派，对于破除神仙宗教的迷雾，正风俗、美教化、促进科学文化事业发展发挥了良好作用，汉初陆贾指出：“人不能怀仁行义，分别纤微，忖度天地，乃苦身劳形。入深山，求神仙，弃二亲，捐骨肉，绝五谷，废诗书。背天地之宝，求不死之道，非所以通行防非者也。”东汉时王充，在《论衡》中有多篇论及天人关系、神形关系、医药史事、卫生保健、疾病防冶，以及改变不良卫生时尚等等，在王充所处的时代，宗教意识泛滥，仅汉光武帝二年（公元26年）“初制效兆于洛阳城南”时，所祠诸神多达1514种，至汉章帝时这种风气更盛，在这样的文化氛围中，王充力匡时敝，批判神仙说、骨相说、以及感生巫术、迷信禁忌、不求实际的择时择地等，阐述富有哲理而又科学的医学见解，认为人寿命的长短与禀气薄厚有关，并非命定。“称赤松、王乔好道为仙，度世不死，是以虚也。”“图仙人之形，体生毛，臂变为翼，行于云，则年增灸，千岁不死，此虚图也。”
