金元时期，中医五百科随着整个中医学术的活跃，也出现一种新的面貌。
(一)眼科成就
五轮八廓学说作为眼科独特的辨证理论，经多次演变后，于金元时期定型并运用于临床。
据考成书于元末的《银海精微》对五轮的名称、部位、脏腑归属三者的关系作了论述，使五轮的长期演变过程宣告结束，并为后世眼科所宗。书中并将五轮学说初步融合于眼病80症中，用于分析病机，指导治疗。
八廓的演变较五轮为复杂，其眼部部位和脏腑分属，各书记载差异很大。元代《世医得效方》将八廓在眼部划分出一定的部位，并配属于相应的脏腑，以天、水、山、雷、风、火、地、泽给八廓命名，《银海精微》大体沿用《世医得效方》命名和脏腑方位配属并有初步运用例证。
《银海精微》卷下看眼法、察翳法、审瞳人法等，是前代医籍从未记载的眼科检查方法。如看眼法，着重指出了检查眼部病变应有的步骤和各部检查的要点，并注意到医生检查姿势应端正，手法宜轻柔。
由于检查方法的进步，此期时眼病症状的记载较前代更加详尽。如《眼科龙术论》记载瞳神干缺外障的重点在瞳神不圆和对视力的影响，而《银海精微》更明确指出：瞳神形如锯齿，偏缺参差，久则渐渐细小等，使认识水平进一步提高，同时注意到该病“失于医治，久久瞳多锁紧，如小针眼大，内结有云翳”。现代医学有关虹膜炎并发症和后遗症的主要体征，数百年前该书已作了比较准确地记录。
(二)眼科治疗方法的进步
金元时期，眼科内眼药方用药品种明显增加，药物组成较为灵活。如《银海精微》中方剂少则三、四昧，多则廿余味，部分方剂趋于精专，且对活血药、利水药、退翳药的运用都有创新，对后世影响较大。
《原机启微》卷下论方剂配伍，列有10余方，各方皆有说明，其中以东垣方比例较大，体现了倪维德对脾胃学说的重视和继承。用针多取头部诸穴以泄实邪，突出了火热等实邪在眼科发病中的地位。
(三)耳鼻咽喉科成就
咽喉单独成科，表示咽喉疾病受到重视。耳鼻喉科的治疗方法不断丰富，在理论上也进一步提高，如张子和的咽喉牙舌病皆属于火，李东垣的脾胃虚则九窍不通，“胃气一虚，耳目口鼻俱为之病”等理论，都给耳鼻喉科的内治方法开拓了新路。
危亦林的《世医得效方》把《儒门事亲》首创的“喉痹八法”补订为一十八种喉风，对进一步认识咽喉症有着重要作用，《丹溪心法》引《仁斋直指方》“眩者，言其黑运转旋，其状目闭眼暗，身转耳聋，如立舟船之上，起则欲倒”，类似今美尼尔氏综台症。
(四)口腔科的进步
口腔科在辽夏、金元时期，无论是口齿卫生或疾病认识水平，或医疗技术也都取得了比较明显的进步。
1、植毛牙刷的发明
1953年在发掘辽宁大营子村驸马卫国王墓葬时，从随葬品中发现了两把象牙制的牙刷柄，牙刷头部呈扁平长方形，有8个植毛孔，分两排，孔部上下相通，每两孔间的距离相等，虽因年代久远，牙刷头部所植毛束已消失，但仍可以看出植毛的痕迹。牙刷柄呈细圆柱状，整个牙刷的制法、形状与现代的标准牙刷很相似，该墓葬时间为辽应历9年(959)，由此可见，最晚在公元10世纪前，我国已经发明了植毛牙刷，这是继用手指揩齿及用杨柳枝头咬软擦齿以后的洁齿用具的一大进步。
2、对走马牙疳的认识与治疗
走马牙疳相当于现代医学之坏疽性口炎。曾世荣注意到该症所独具的特殊的恶臭气味。在病因病机上，曾氏指出该病内多责之于脏腑虚损，外责之于风热(寒)蕴积。更创制了许多内治方剂，攻补兼施，扶正祛邪，与外治相配合，丰富了走马疳的治疗方法。
3、对茧唇的认识与治疗
茧唇相当于现代医学唇癌。《疮疡经验全书》对该症描写最详：“始起一小瘤，如豆大，或再生之；渐渐肿大，合而为一，约有寸厚，或翻花如杨梅，如疙瘩，如灵芝，如菌，形状不一”，此描述概括了唇癌的几种常见类型，治疗上，《疮疡经验全书》中用烙铁烧红烫患处，这种处理可达列杀死癌细胞，消灭局部癌病灶的目的。
