明代儿科学渐趋成熟，在儿科理论和临床实践方面，都取得了较显著的进展。儿科名家辈出，儿科著述丰富，人痘接种术发明和应用，以及对麻疹、惊风、疳积等疾病的防治积累了不少新的经验。
明代的儿科著作相当丰富，仅存世的就有30多种，著名的有万全《幼树发挥》2卷(1549)和《育婴秘诀》(16世纪中期)；薛铠与薛已父子合著《保婴撮要》20卷(1556)、王肯堂《幼科证治准绳》9卷(1602)等。当时痘疹流行，研究专著甚多，约有20多种，如汪机《痘治理辨》3卷(1531)、万全《痘疹心法》12卷(1568)和《片玉痘疹》13卷等。此外，其他医书中也有较多的儿科内容，如张介宾《景岳全书·小儿则》等。
明代儿科学术是在继承前人的基础上，结合临床证治不断发展的。如薛己继承了钱乙五脏虚实辨证，又吸收金元张洁古等医家的论说，加以总结、归纳，使原有理论进一步完善提高。在儿科理论上，万全根据钱乙“五脏所主”说，提出肝常有余、脾常不足；心常有余，肺常不足；肾常虚的观点，对后世医家探讨小儿生理、病理特点具有一定的意义。在治疗上，万全推祟李杲学说，重视调理脾胃；保护胃气；提出“五脏以胃气为本，赖其滋养……如五脏有病，或补或泄，慎勿犯胃气”；这都是在前代的基础上加以发挥而成的。
小儿指纹诊法是自唐发明后一直为儿科应用的独特诊法。至明代，《保婴撮要》对这一诊法作了进一步的研究，薛氏父子将小儿指纹概括为流球形、透关射指形、透关射甲形等13种，绘图说明，并分别论述各种指纹的主证及其治疗。多数医家重视四诊合参，对小儿则更强调形色望诊。除了一般望诊方法之外，在《全幼心鉴》、《古今医统》、《婴童类粹》、《片玉心书》等医著中还载有颅囟望诊法，通过望小儿颅囟的形状来辅助诊断。
在小儿病治疗上，万全赞同钱乙提出小儿“脏腑柔弱、易虚易实、易寒易热”的论点，认为小儿气血未定，易寒易热，肠胃软脆，易饥易饱。主张“调理但取其平，补泻无过其剂”、“当攻补兼用，不可偏补偏攻。”尤其推崇李杲学说，重视调理脾胃，保护胃气。《保婴撮要》非常重视乳母对婴儿身体的影响，凡因乳母的体质、情绪、饮食、疾病等因素所引起的小儿病，必须同时治疗乳母与婴儿。薛氏还提出“药从乳传”的论点，认为药物的有效成分通过乳汁可以对小儿起治疗作用。某些小儿病通过调治乳母的方法治愈，今已为现代医学所证明。
万全在临证中则非常重视小儿心理，常心身兼治。当时医家已注意到社会、心理因素对小儿健康的影响，真是难能可贵。
儿科病治疗方法上，除了药物之外，还有外科手术、推拿等。明代太医院设有按摩科，按摩术被应用于儿科疾病，并改称“推拿”，出现了专门的小儿推拿专著，如陈氏《小儿按摩经》(收入《针灸大成》)、龚云林《小儿推拿秘旨》、周于蕃《小儿推拿秘诀》等，形成了小儿推拿独特的理论体系。其中《小儿推拿秘诀》影响较大，书中将推拿多种多样的手法归纳为按、摩、掐、揉、推、运、搓、摇八法，颇得后世推崇。
明代关于麻、痘、惊、疳等儿科疾病的证治水平较前人有所梴进步。“麻疹”作为病名最早出现于明代。龚信《古今医鉴》首次记载“麻疹”一词，并详细叙述了麻疹症状、并发症、治法与预后、并从证候上与痘症作了鉴别。王肯堂曾补订《古今医鉴》，他对麻疹与其他发热性疾病作了鉴别：“痘症与麻疹，发热之初，多似伤寒。惟麻疹则咳嗽，喷嚏，鼻流清涕，眼胞肿，眼泪汪汪，面浮，腮赤，或呕恶，或泄利，或手掏眉目鼻面，此为异耳”，龚廷贤指出麻疹“黑陷及面目，胸腔稠密，咽喉攒缠者逆。发不出而喘者，即死”的不良预后(《万病回春》卷7)。可见，明代医家对麻疹的认识比前人更为深刻。其治疗，经过历代许多医家的不断探索，以解毒发表为麻疹的治疗da法逐渐形成，使后世医家临证有所准绳。
至明代中叶，对痘疹(天花)的预防有了新的突破，这就是人痘接种术的发明，并开始在临床使用取得成功，已如前所述。至于已发痘疹的治疗，明代儿科家多有研究，仅专著就有魏直《痘疹全书博爱心鉴》、汪机《痘治理辨》、翁仲仁《痘疹金镜录》、《痘疹杂证论》、孙一奎《痘疹心印》、万全《痘疹心法》、《片玉痘疹》、朱惠明《痘疹传心录》、吴勉学《痘疹大全八种》、徐谦《仁端录》等20多种，以及其他医著也多涉痘疹证治，对天花的治疗作了许多有益的探索。如万全在研究痘疮发病过程之后，提出痘疮发病经历生热、见形、发起、成实、收靥、落痂6个阶段，并分别给出治疗方药。治痘主张兼取钱乙凉解、陈文中温补之长，“温补凉泻，各随其宜”，并不偏执一法，然以清热解毒为常法，温补扶正为变法，更符合临床实践。
对惊风的证治，《古今医鉴》提出惊、风、痰、热为“惊风四证”，《幼科证治准绳》。提出“八候”：搐、搦、掣、颤、反、引、窜、视，为惊风的主症。“四证八候”提纲擎领，对于认识惊风很有意义。万全分析了急、慢惊风的病因，认为各有三种，并观察到瘫痪、失语等惊风的后遗症。其治疗，万氏在《幼科发挥》中介绍了家传秘法：惊风热甚之时，宜泻肝胆之火，吐泻不止，欲发慢惊风，宜补脾平肝。王肯堂从慢惊风中又分出慢脾风一证，治以生胃回阳为法。
小儿疳证。宋《圣济总录》分24种，钱乙分五脏之疳论治。至明，杨继洲《针灸大成》卷10简述为“面黄肌肉瘦，齿焦发落”，如此执简驭繁，大大方便了临床鉴别诊断，有较大实用价值。万全认为“疳证虽有五脏之不同，其实皆脾胃之病也”。因而治疗以健脾益肾、消积、杀虫为da法。
