1．操作简便目前PCR技术采用耐高温Taq DNA聚合酶，并且在有电脑控制的DNA扩增仪中进行，使操作大为简化，一次加入的酶即可满足反应全过程。DNA扩增仪能自动迅速升降温度，只需把反应所需的全部材料混匀，置入仪器内，反应便依所输入的程序进行。
2．省时应用TaqDNA聚合酶时，单核苷酸掺入速率较高，75～80℃时，每个酶分子每秒钟可完成150个核苷酸的合成。PCR每一周期需数分钟，所以，一般常取用20～30个周期能使目的DNA达数到百万倍扩增的反应只要数小时即可完成。在基因分离、突变体构建、DNA测序等方面，PCR方法均较之常规法快速的多。例如，用常规方法建立cDNA库或染色体DNA库来分离基因，需花几个月，用PCR方法只需1～2个月星期；用M13法构建突变体需1～2个月，而PCR法只用数天；PCR方法扩增的目的DNA片段可直接用作序列分析，较常用的通过克隆、培养扩增、纯化制备等步骤获得测序片段更为简便。
3．灵敏度高PCR产物的生成是以指数方式增加的，所以欲扩增pg量级的起始物到μg水平或放大真核细胞单拷贝基因，通过PCR方法都是不难完成的。PCR方法可用单、双倍体细胞、一根头发、甚至单一精子进行DNA定型。
4．特异性强作为引物的寡核苷酸与模板结合的正确性是决定反应产物是否特异的关键。Taq DNA聚合酶耐高温的性质使反应中引物与模板退火的步骤可以在较高的温度下进行，结合的特异性大大增加，被扩增的目的片段也能保持很高的正确程度。
5．对原始材料质量要求低由于PCR技术有较高的灵敏度和特异性，故仅含微量（pg,ng）的目的DNA的粗制品或者总RNA，就可以用做反应起始材料来获取目的产物。部分降解的DNA材料也可以通过PCR多次反应周期，最终得到所需的全长DNA片段。
6．有一定程度的单核苷酸错误掺入由于Taq DNA聚合酶缺乏3’→5’核酸外切酶活性，因而不能纠正反应中发生的错误的核苷酸掺入，标准条件下，其错误掺入率可达1.25×10-4～1×10-5。但是，这种错误并不意味着PCR产物一定会发生序列改变。Innis MA发现，错误掺入的碱基有终止链延伸的作用倾向，这就使得发生了的错误不会再扩大。
