胃肠道T淋巴细胞分布在上皮层、固有层、粘膜集合和散在淋巴滤泡及肠系膜淋巴结内。随着免疫细胞化学技术广泛应用和各类T细胞亚群单克隆抗体的制备成功，为进一步研究不同部位T淋巴细胞的分类和功能起极其重要的作用。
1．上皮内T淋巴细胞上皮内淋巴细胞（intraepithelial lymphocyte, IEL）是指位于上皮层基底部的T淋巴细胞。近年来，对IEL对邻近上皮细胞有压迹，位于两个上皮细胞交界处，并未进入上皮细胞内。近年来，对IEL研究非常深入。已经证实75%以上成人小肠IEL是TCRγαβ阳性细胞，说明它们来源于胸腺，接受过抗原刺激。其中大部分为诱导、杀伤性T淋巴细胞（CD8或OKT8阳性），10%左右为CD7阳性和CD3阴性的IEL，类似NK细胞，有细胞毒作用，但无NK细胞标记，对NK的靶细胞无破坏作用。10%～20%左右为TCRδ阳性IEL，不受胸腺的影响，其中70%CD4和CD8均阴性，为T淋巴细胞前体。说明人的部分IEL通过胸腺外途径进行分化。内毒素等腔内抗原与肠上皮细胞微绒毛、肠腺隐窝细胞、巨噬细胞和树突状细胞膜上的组织相关性抗原分子（鼠为MHL-II，人为HLA-DR、HLA-DP和HAL-DR）相结合后，将抗原分子传递到CD3阳性T淋巴细胞受体（t lymphocyte receptor, TCR）中的α和β亚单位可变区进行结合，在CD8分子作用下导致IEL增殖和分泌大量γ-干扰素（γ-INF），α-肿瘤坏死因子（α-TNF），和少量的白介素-2（IL-2），发挥细胞毒性作用，调节 上皮细胞再生和增强对食物抗原的耐受。
2．固有层T淋巴细胞固有层T淋巴细胞（lamina propria lyphocyte, LPL）分散在固有层，约占固有层免疫细胞总数10%左右。其中CD4阳性细胞（CD4LPL）显著多于CD8阳性细胞（CD8LPL）。40%CD4LPL表达CD45RO抗原，能产生大量IL-2、IL-4和γ-INF，为记忆性T淋巴细胞，能辅助B细胞转化成抗体产生细胞并促其分泌抗体。60%CD4LPL表达CD45RA和CD8抗原，能直接抑制抗体产生细胞转化和分泌。这两种细胞的比例在调节 抗体分泌中起着重要作用。CD8LPL也可以分两种：一种表达CD28抗原的LPL，能通过ADCC或直接溶解靶细胞。另一种表达CD16抗原，具有自然杀伤功能。LPL能被IL-2激活，激活的LPL能释放大量IL-2、IL-4、γ-INF和IL-5、IL-2又能激活LPL，起着自身分泌作用。IL-5能促进抗体产生细胞分泌抗体。
3．胃肠道相关淋巴组织T淋巴细胞胃肠道相关淋巴样组织（gut – associated lymphoid tissue,GALT）主要包括肠系膜淋巴结和粘膜中集合和散在淋巴滤泡。GALTT淋巴细胞多们于生发中心的外周部位，约占40%。其中CD8和CD4阳细胞比例与周围血相似。动物研究证明，肠系膜淋巴结内的CD4阳民生细胞多于固有层。分子生物学研究发现GALTT淋巴细胞含有IL-4和IL-5基因，激活后产生大量IL-4和IL-5，能特异性增加B和T淋巴细胞增殖。抑制B淋巴细胞分化。其表面糖蛋白主要为CD45RA和leu8(CD8)，证明是幼稚T淋巴细胞。它们对抗原刺激的增殖反应低，对刀豆素A等有丝分裂促进剂的增殖反应高，产生IL-2和γ-INF低，辅助作用弱。GALTT淋巴细胞如何调节 B淋巴细胞转化成IgA产生细胞和其它免疫细胞的增殖及功能，并不十分清楚。有待进一步研究。
近年研究发现，除M细胞和巨噬细胞外，胃肠上皮细胞在接受和传递抗原中也起重要作用。免疫细胞化学发现正常小肠上皮细胞微绒毛和侧膜有斑片状MHc II类抗原，人小肠为HLA-DR糖蛋白，能识别、加工和传递抗原使粘膜内T淋巴细胞产生免疫反应。HLA-DR表达受γ-IFN诱导。因此免疫反应中组织相关性抗原与IEL和LPL淋巴细胞互相进行调节 。
