滤色系统是荧光显微镜的重要部位，由激发滤板和压制滤板组成。滤板型号，各厂家名称常不统一。滤板一般都以基本色调命名，前面字母代表色调，后面字母代表玻璃，数字代表型号特点。如德国产品（Schott）BG12，就是种蓝色玻璃，B是蓝色的第一个字母，G是玻璃的第一个字母；我国产品的名称已统一用拼音字母表示，如相当于BG12的蓝色滤板名为QB24，Q是青色（蓝色）拼音的第一个字母，B是玻璃拼音的第一个字母。不过有的滤板也可以透光分界滤长命名，如K530，就是表示压制滤长530nm以下的光而透过530nm以上的光。还有的厂家的滤板完全以数字命名，如美国Corning厂的NO：5-58，即相当于BG12。
用于荧光显微镜的主要滤板如表3-1。
表3-1 荧光显微镜常用滤板型号和透光特点
| 基本色调 | 相应名称 | 2mm厚透光范围（峰值）nm | |||
| 上海电器元件厂 | 德国（Schott） | 苏联 | 日本 | ||
| 黑紫 | ZWB-1 | UG-1 | yΦC-2 | DV-1 | 300～400（365） |
| 黑紫 | ZWB-2 | UG-5 | yΦC-1 | 280～240（360） | |
| 靛蓝 | ZB-2 | BG-1 | ΦC-1 | BG-1 | 300～500（380） |
| 靛蓝 | ZB-3 | BG-3 | CC-4 | BG-3 | 260～520（400） |
| 靛蓝 | QB-24 | BG-12 | CC-8 | BG-12 | 310～570（420） |
| 淡蓝 | QB-10 | BG-38 | C3C-5 | 310～720（460） | |
| QB-12 | -8 | ||||
| -11 | |||||
| 橙黄 | CB-3 | OG-1（K530） | OC-11 | OG-1 | 530以上 |
| 橙黄 | JB-8 | OG-4（K510） | ЖC-18 | FY-5 | 510以上 |
| 绿橙 | JB-7 | GG-11（K490） | ЖC-17 | FY-3 | 480以上 |
| FY-4 | |||||
| 淡绿 | JB-4 | GG-3（K430） | жC-11 | US-10 | 420以上 |
引自：五九一节 五部队编：荧光显微术，见参考资料）
1．激发滤板 根据光源和荧光色素的特点，可选用以下三类激发滤板，提供一定波长范围的激发光。
紫外光激发滤板：此滤板可使400nm以下的紫外光透过，阻挡400nm以上的可见光通过。常用型号为UG-1或UG-5，外加一块BG-38，以除去红色尾波。
紫外蓝光激发滤板：此滤板可使300～450nm范围内的光通过。常用型号为ZB-2或ZB-3，外加BG-38。
紫蓝光激发滤板：它可使350～490nm的光通过。常用型号为QB24（BG12）。
最大吸收峰在500nm以上者的荧光素（如罗达明色素）可用蓝绿滤板（如B-7）激发。
近年开始采用金属膜干涉滤板，由于针对性强，波长适当，因而激发效果比较玻璃滤更好。如西德Leitz厂的FITC专用KP490滤板和罗达明的S546绿色滤板，均远比玻璃滤板效果好。
激发滤板分薄厚两种，一般暗视野选用薄滤板，亮视野荧光显微镜可选用厚一些。基本要求是以获得最明亮的荧光和最好的背景为准。
2．压制滤板 压制滤板的作用是完全阻挡激发光通过，提供相应滤长范围的荧光。与激发滤板相对应，常用以下3种压制滤板：
紫外光压制滤板：可通过可见光、阻挡紫外光通过。能与UG-1或UG-5组合。常用GG-3K430或GG-6K460。
紫蓝光压制滤板：能通过510nm以上滤长的荧光（绿到红），能与BG-12组合。通常用OG-4K510或OG-1K530。
紫外紫光压制滤板：能通过460nm以上波长的荧光（蓝到红），可与BG-3组合，常用OG-11K470AK 490，K510。
