目前已发挥许多自身抗体，如抗胆小管抗体，见于原发性胆汁性肝硬化病人，阳性率达75%。用大白鼠肝的胆小管作抗原，间接免疫荧光染色阳性荧光定位于胆小管上皮细胞，呈均匀荧光。抗生殖细胞的自身抗体除精子外还有卵巢细胞抗体，常见不孕症患者。
心肌抗体常见于心脏手术后综合症和心脏移植的受体。
结肠粘膜抗体可见于溃疡性结肠炎患者的血清中，还有抗网织纤维抗体等。
近年对垂体细胞自身抗体研究发现，在多内分泌自身免疫疾病中存在抗促乳素细胞抗体，生长激素细胞抗体，ACTH细胞抗体等。
在神经系统中抗神经髓鞘成分的自身抗体，常见于神经脱鞘性疾病。
在一些眼科疾病中存在的自身抗体如抗晶体成分抗体，抗眼肌抗体等。
用大白鼠组织作抗原检查自身抗体，在心肌间质，肝枯否氏细胞，平滑肌和横纹肌模，胃及肾、肝的间质，肾小管近曲管刷状缘等出现阳性荧光，这是所谓异嗜性抗体（Heterophile anti－body），它和自身抗体易发生混淆，必须注意区分。
免疫细胞化学技术在自身免疫性疾病诊断中以免疫荧光技术应用最广泛，但应用免疫酶技术和免疫金-银技术也可以取得良好结果，作用用葡萄菌A蛋白的辣根过氧化物酶标记物代替荧光抗体作自身抗体检测，所得到的结果可用光学显微镜检查，适于在没有荧光显微镜的实验室应用。
