Komada等于1990年用配体亲和层析和免疫亲和层析，将牛肺巨噬细胞清道夫受体纯化，并由其部分氨基酸序列（见图6-7）克隆得到Ⅰ型、Ⅱ型清道夫受体cDNA，以后相继将人、兔和小鼠的清道夫受体cDNA克隆成功。该受体C-末端为半胱氨酸的为Ⅰ型，具有短肽结构的为Ⅱ型清道夫受体。以三聚体形式存在，分子量为22kD的膜糖蛋白。N末端在细胞膜内侧，C末端在膜外侧存在，是“inside out”型的受体。该受体的Ⅰ、Ⅱ型均由6个区域部分组成，如图6-8所示。
1．N-端胞浆域 由50个氨基酸残基组成，可能与包涵素结合，类似LDL受体结构。其中央部分是磷酸化部位，摄取配体的最重得要的部位。
2．跨膜域（transmembrane） 由第51～76氨基酸残基构成。为疏水性氨基酸组成的单一结构，“抛描”固定于细胞膜上。
3．间隔域 由第77～150氨基酸残基构成。
4．α-螺旋卷曲螺旋域（α-hericalcoiled-coil）由第151～271共121个氨基酸残基组成。在这段蛋白中，其中含糖基结构域中有7个氨基酸残基组成的一含疏水性氨基酸的高氨酸拉链（leucine-zipper-helix）结构或者称为“七联体”，如图6-9所示，这种结构可以多达23个。
图6-7 清道夫受体氨基酸序列比较
图6-8 清道夫受体结构模式图
图1-9 清道夫受体的亮氨酸拉链结构
图中为α-螺旋卷曲螺旋域中的螺旋轮示意图（人与牛）
亮氨酸拉链结构的肽段先叠成右手α-螺旋，每一圈含3.5个氨基酸。尔后这些α-螺旋以疏水氨基酸中心构成的平行的三聚体结构。该结构域内，亮氨酸与异亮氨酸残基出现部分对人则是分别为155～203和240～272氨基酸残位置。
5．胶原蛋白样域 属第273-343个氨基酸残基肽段，这种序列与胶原蛋白非常相似，推测这段肽链为右手胶原蛋白样三联体螺旋。
6．C端侧特异域 属第344～453个氨基酸残基肽段，为羧基末端。该段富含半胱氨酸。清道夫受体的8个Cys有6个在此域范围，所以称为清道夫受体富半胱氨酸域（scavenger receptor cystein rich domain like, srcR域）。半胱氨酸的二硫键交联而成的区域非常紧密，牢固，形成球状，足以经受细胞外环境的变动，属于细胞外区域。
srcR域长约430nm，犹如三朵郁金香的“花苞”，有由间隔域到α-螺旋卷曲螺旋域构成的“花茎”为支撑，这一“花茎”约占总长度的52%或胞外部分的62%。Ⅱ型清道夫受体没有srcR域，代之以6个氨基酸残基，所以是“截短”的清道夫受体。但Ⅱ型清道夫受体比Ⅰ型清道夫受体具有高亲和力结合和介导内移修饰LDL作用。
