为了克服三联疗法中对治疗依从性和细菌耐药性的问题，产生了一个不含甲硝唑的二联用药方案：PPI，包括奥美拉唑、兰索拉唑（lan－soprazole）或潘妥拉唑（pantoprazole）另一种适当抗生素，如阿莫西林、克拉霉素（clarithromycin）或罗红霉素（roxithromycin）的二联给药，用药2周。有不少研究结果表明这一方案的根除率亦可达80％以上。达到80％这一根除标准的用药方法多是奥美拉唑20mg或更多，每日2次，阿莫西林500mg，每日4次。已经证明，奥美拉唑和兰索拉唑具有内在性活体外抗Hp活性，前者的MIC90约为50mg/L～128mg/L，后者约为6.25mg/L。此外，PPI还可借助降低胃内酸度甚至增加胃粘膜抗生素浓度而改善对酸敏感的抗生素的抗微生物活性。在一个具有40例活动性十二指肠溃疡病的前瞻性随机对照试验中，对比了奥美拉唑20mg，每日2次＋阿莫西林500mg，每日4次和三联疗法（铋、甲硝唑和四环素）＋雷尼替丁2W的治疗效果；二联疗法和三联疗法的Hp根除率分别是78.9％和84.2％。仍需较大系列的病例研究来确定其根除效果，然而二联疗法的主要优点可能是对依从性的改善。
PPI—抗生素二联疗法的优点：除上述对依从性的改善外，就是症状缓解和溃疡愈合快，与此同时Hp得到根除。副作用有限或极为轻微。PPI—抗生二联疗法的缺点：主要是根除率变异性较大，有些研究结表明根除率达不到80％的水平。
枸橼酸铋雷尼替丁（ranitidinebismuth citrate，RBC）是英国葛兰素（Glaxo）公司最近研制出的一个新型化合物。它是由雷尼替丁和枸橼酸铋形成的雷尼替丁的一种新盐。RBC800mg，含有与雷尼替丁相符的雷尼替丁量和240mgTDB相似的铋量。RBC的抗胃酸分泌活性与相等量的盐酸雷尼替丁无显著区别。活体外研究表明：RBC对Hp的抑菌活性与TDB相似。文献报道在合并Hp感染的消化不良病人，在接受RBC800mg，每日2次，4周后有62％～77％的病人感染受到抑制或清除。RBC在进餐时服用（非餐前空腹服用）Hp的清除率和根除率可分别提高到100％和25％。这可能和具有杀菌作用的铋与胃粘膜接触的时间延长有关。
每一评定RBC（80mg，每日2次）外加单一或2种抗生素治疗2周的多中心、随机、具有可比性组别的开放研究表明，其对Hp的根除率高达100％。与RBC并用的最佳单一抗生素是阿莫西林500mg，每日4次或克拉霉素250mg，每日4次，根除率可分别达89％和83。这种治疗由于只接受2种药片，依从性要比三联治疗好得多。
无论应用以上哪一种方案，根除Hp感染后再感染并不常见。西方发达国家的一个研究结果显示，在治疗后12个月Hp仍为阴性的病人，每年的再感染率为0.44％。现尚不清楚如此低的再感染率是由于获得性免疫的存在，还是在发达社会中获得再感染的机会小的缘故。
根除Hp感染后对十二指肠溃疡病长期随访的结果支持感染和溃疡有联系的看法。一个对接受Hp根除治疗后7年的63例十二指肠溃疡病复查的结果表明，在感染被成功根除的病人，十二指肠溃瓣复发率在此期间显著低下，38例Hp阴性病人中仅1例复发，而25例持续感染病人中有5例复发。再者，35例Hp根除者中有32例（92％）在7年随访时Hp仍为阴性。
