学者们从不同角度提出两种不同假说。一是胃泌素相关假说，即Hp感染—胃泌素释放增多—胃酶增多—胃十二指肠粘膜损伤。一是漏屋假说，即上皮细胞和粘液胶组成的胃粘膜屏障代表屋顶，可保护粘膜下组织不受胃酸（丙）的侵蚀，粘膜完整性的破坏使H+离子反渗（水洼形成），导致了粘膜下层损害。Hp感染产生很多产物，包括酶类如尿素酶、氧化酶，过氧化氢酸，脂酶，磷脂酶，蛋白酶等，及炎症反应产物导致胃、十二指肠粘膜完整性破坏。尿素酶分解尿素成氨使局部Hp升高，为Hp产生的其他酶提供合适的Hp，氨还对胃粘膜有破坏作用，Hp感染的胃液内磷脂酶A2（PLA2）活性显著高于Hp（―）者，扫描电镜发现Hp感染者胃粘膜层中磷脂结构破坏和减少，Hp感染的胃炎胃粘膜疏水性降低，PLA2可使粘液层中的磷脂酸胆碱和磷脂酰乙醇胺转变为溶血卵磷脂及溶血磷脂酰乙酵胺。同时溶血磷脂酰胆碱可生成血小板激活因子，加剧胃粘膜损害。Hp滤液中含有蛋白酶，使粘液层中的粘蛋白多聚体解体，破坏粘液屏障。Hp可产生糖基硫脂结构中的硫酸酯，不但破坏了粘液层中的有机结构，也有利于Hp的定值。
Hp的侵入导致炎症反应，产生与炎症有关的介质，如前列腺素、白三烯、血管活性胺、氧反应介质，以及单核细胞，中性细胞趋化因子，细胞毒素，白三烯B2（LTB4）是一种化学趋化因子和胃粘膜毒性因子，Hp（+）者的胃粘膜较阴性者含有更高水平的LTB4，且在急性炎症反应的胃粘膜中LTB4水平也显著高于无炎症者。因此内源性LTB4至少是Hp相关胃炎的促进因子。Hp相关胃窦炎嗜酸性粒细胞浸润明显增加，且其数量与慢性胃炎的炎症程度相关，聚细胞局部分泌的IgA可刺激嗜酸细胞脱颗粒释放阳离子蛋白质，包括大分子碱性蛋白，可损伤胃粘膜屏障。
但不同菌株产物很不一致，通过质粒纵切（Plasmid-profile typing）等方法检查证明不同的菌株毒力不同，并非所有菌株均可引起感染，粘膜改变及可能出现的症状，是否是感染的个体间有很大差异，或不同菌株导致了不同的临床症状或反应尚不清楚。
总之，Hp与NUD的关系是一个值得深入研究的课题。也许Hp感染并非NUD的唯一病原，而是引起NUD的多种因素之一。就当前临床实际，对Hp（+）的NUD病人，除了进行严格的有对照的抗Hp治疗研究以外，不提倡积极杭Hp治疗。
