2.1 直接镜检法
这是一种简便易行的方法。只要取一块活检标本在玻片上作涂片，经革兰染色，即可在油镜下观察，由于革兰染色为一细菌鉴别染色法，放大倍数较组织学方法常用倍数为大，细菌形状特征较明显，因此，准确性较高。
2.2 快速尿素酶试验
构成几种诊断Hp感染试验基础的一个重要特征是这个细菌产生尿素酶的能力特别强。尿素酶降解尿素成氨与CO2，使周围培养基pH升高，因此活检标本中的Hp能籍pH指示剂显色而检测到，最早检测Hp的尿素酶试验采用Christensen2％尿素肉汤，它是一种标准的微生物学试剂，用于尿素酶产物的测定，在这个理论基础上已发展了许多变化，范围从自已能配制的尿、酚红指示剂水溶液到商品化的CLOTest试剂盒等。目前常用的快速尿素酶制剂通常在活检标本放入后几分钟内即可显示，?
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化酶（＋），进一步可用种特异的单克隆抗体免疫斑点染色作检定。另一个需要注意的问题是Hp活检标本长期暴露在大气中易死亡，因此应即时临床接种或将标本存放于运输培养液中运送，及时送检。
与组织学检验方法一样，Hp的不均匀分布可能导致假阴性结果，从理论上讲，这似利不应成为问题，因为一个活菌即能形成一个菌落，实际上因为菌落非常细小，或因被杂菌遮盖，很难绝对避免疏忽遗漏，其他涉及Hp分离培养有成功的因素还可能包括：患者近期应用了抗生素；作胃镜检查时摄入了局部麻醉药；活检钳污染了杂菌或戊二醛等。
当前在治疗慢性胃炎、消化性溃疡等慢性胃病以抗菌疗法为主的形势下，为了帮助选择合适的抗Hp药物，需做药敏试验，通过培养方法获得患者自身菌株是任何其他方法所不能取代的。Etest的出现简化了原先MIC测定的步骤。
上述三种微生物学检查方法可以说是各种其他检查方法的基础，在每发展一种新方法常需以之对照，尤其是直接涂片镜检和分离培养，因此有人曾称之为“金标准”。
