1.1 光镜法
在Marshall和Warren的报告一、二个世纪之前已有人发现胃内存在细菌，之所以一直未被重视是因为组织切片中所见的细菌往往是可疑的和多变的，事实上传统的HE染色被认为证明Hp是不可靠的，因为在活检标本中检测Hp大大地受到所用染色法的种类和标本的采集两方面因素影响。
Hp特征性的形态表现是3.0um×0.5um螺旋状弯曲的细菌，定位于胃上皮细胞的表面或邻近，迄今没有一种所用的染色法是特异的（除非Mab染色）。一般染色法仅靠细菌的形态特征及定居部位判断，常规使用的HE染色也可以籍此识别Hp感染者，但必需具有丰富经验。凡是未能在HE染色下见到时可以建议进一步用其它染色方法，例如用Warthin-Starry镀银染色，使它更为明显。由于这一原因，镀银染色法尽管技术要求较高，费用较贵，还是得到较广泛采用，价廉的常规应用的Giemsa染色可获得类似的效果，亚叮橙荧光染色也比较简便有效，但需要有荧光显微镜，溴化乙锭，Gimenez和Hopps-Brown染色；相差显微镜；荧光抗体的免疫组织学方法也有人使用，但是似乎并不比常规使用的方法有更多优点。
除了所有的染色方法外，第二个影响组织学检验Hp的因素是细菌在整个胃粘膜上分布的不均一性，特别是在胃体和喷门部位易出现斑片状分布，虽然胃窦部位分布较均匀，一块活检标本仍有可能导致假阴性结果。事实上每一块不同来源活检标本上可观察到的细菌数有相当大的差异，一般认为，离幽门5cm部位至少采用两块活检标本才能满足诊断更求。活检标本作组织学检查的另一个优点是有机会同时去评估炎症反应的微观证据，因为在肉眼观察不存在粘膜异常时可能出现组织学胃炎，这一检查可说明Hp的出现和炎症之间的相关性。另外，没有找到Hp的组织学慢性胃炎应当小心的重复检查切片以排除细菌感染。由此，胃活检的组织学检查能提供关于Hp的存在和胃粘膜病情相关的重要信息，虽然，需要作胃镜检查（有一定损伤性，患者多在不得以情况下接受这一检查）是这一诊断方法上的障碍，但活检标本在有临床指征作胃镜时是很容易获得的。
1.2 电镜法
可分透射电镜和扫描电镜两种，而前者的超薄切片法对临床诊断更有价值。①通过电镜可观察Hp的形态结构特征及与胃粘膜上皮细胞间的关系，更易确证Hp感染；②同时也可以观察到胃上皮细菌表面和内部的微细病理变化及与各类炎症细胞间的关系。这一方法由于受到设备条件限制，可能更费时、费事、费钱，另外它也不可能避免Hp在胃粘膜上分布不均一性的影响。
