内服外治综合应用的治疗方法，源于脏腑经络辨证相结合的学术观点，内服外治，用常法亦用变法，根据脏腑经络的联络关系，用内服中药以调脏腑功能，亦用循经论治的方法以驱顽疾；根据脏腑经络先后的传变的关系制定出何时内服，何时外治的治疗方案；亦根据仲景先师的“知未病”、“知肝传脾，当先实脾”的理论，用针或灸，施以手法，或补或泻；用中药内服或温或寒，内泻外补，或内补外泻来达到“治肝实脾”之效果，亦在寒热夹杂，虚实夹杂的疑难病中，施以内服外治，用以寒热反激，补泻逆从的手法给予综合治疗，以达到疗病之目的。
推崇督脉理论，重视督阳的调动
古人均云：“督脉……以中道察视之”、“行背部之中行”、“为阳脉之都纲”、“督脉阳脉之海也”、“缘督以为经，可以保身，可以全生，可以养身”等等。秦老推崇督脉理论并且在临床上不断发展和应用督脉理论。他认为督脉是诸阳之会，诸阳之帅，通达手足三阳经，因此对于人体的阳气的协调，应首推督脉之阳。
用督脉治疗神经系统疾病，包括结核性脑炎后遗症，震颤麻痹症，神经官能症和顽固性失眠等，其机理应用了督脉“上贯心”“入络脑”的理论，针刺督脉施以泻法，来平督脉之阳气，使其振奋心阳，静脑宁神，施补法以之培补真阳，补脑益髓。
用督脉治高血压，其机理是潜阳先潜督脉之阳。高血压根本病机是阴阳失调，阴虚而阳亢，或阳亢不可制约。用督脉叩打使之微微出血的方法来泄阳，再则用养阴潜阳重镇利水的中药做成外治药袋，枕于风府大椎处，加用芳香的药，使药性透入百会，以此达到协调督脉阳气。
用督脉治寒喘，寒喘是人体感受外寒、卫阳不能通达，肺气失去宣降。因此辛温通阳的中药配止咳定喘的中药做成外敷药敷于大椎之上，以温煦督脉，以帅卫阳而祛邪治病。用督脉以治痿瘫诸症，包括四肢不用，阳事不举等，痿证是因元阴元阳不足，经络气血不通所致，针刺督脉穴痊，培补真阳，疏通经气，肾脉贯脊，可取督补肾，使之上下贯通，阳气通达，元阴充养，则痿瘫诸证可愈。
