SPF动物由于排除了传染病和寄生虫，因此实验结果准确可靠，在生物医学各个领域的研究中得到了广泛的应用和肯定，SPF动物和普通动物在实验中的使用优点和医学科学各研究领域应用不同类型动物的选择可参见表6-3和表6-4。
通常的动物群中有许多病原体是隐性感染，在一般条件下，微生物与宿主间能保持相对平衡，动物不显现症状。一旦条件变化或动物在承受实验处理的影响下，这种平衡遭到破坏，隐性感染被激发，动物出现疾病的症状，这将严重地干扰实验的结果。尤其在非短期的实验中，这种现象（包括动物的死亡）在时间上、经济上以及实验的准确性方面，将带来巨大的损失。SPF动物就不会有这种现象，因此，近十几年来，SPF动物已成为标准的实验动物，其使用量不断增加，并有逐步取代普通动物的趋势。
绿脓杆菌的自然界中广泛存在，通常对动物不致病，对大鼠和小鼠的繁殖也没有影响，但用污染本菌的动物进行放射性照射试验时，却能诱发动物致死性的败血症。污染大肠杆菌、变形菌、葡萄球菌或某些极普通细菌的动物，经照射、实验性烧伤或可的松处理，也能出现这种现象。消化道寄生虫，除大量寄生虫外，对宿主常无严重影响，但在放射性照射试验中，消化道寄生虫所致的损伤部位，发生弥漫性出血感染，致使动物死亡。因此SPF动物在放射、烧伤等研究中比普通动物有稳定的应用价值。
SPF动物体内尚带有一些非病原性微生物，带菌情况不如悉生动物那样清楚明瞭，但它可以较安全、可靠地排除用普通动物作实验研究时所带病原体的干扰。
