培育近品系的重要手段，一是交配繁殖，二是人工选择，两者经常是同时进行的。交配繁殖的目的在于使存在于基代双亲（即用于培育近交系的最初一对小鼠）中的不同遗传位点的不同基因通过连续许多代的重新组合达到纯合的程度，并保持足够数量的后裔可供交配时选择。人工选择的目的是挑选符合培养需要（有繁殖能力或其它的特殊性状）和淘汰不需要的个体。
（一）近交的交配方式
开始培育近交系种群和引起的近交系原种的维持，一般采用以下三种方法：
1．单线法：从近交系原种选出3～5个兄妹对进行兄妹交配，从中选出生产能力最好的一对进行繁殖，然后从中选择一对作为下一代生产的双亲，如此一代代的延续下去。这个方法生产的个体比较均一，但选择的范围太小，由于只有单线的仔代，易发生断代危险。
2．平行法：选3～5对兄妹对，每个兄妹对都选留下一代种鼠，一代代的延续下去，这个方法生产的个体不太均一，但选择范围大，易发生分化。
3．选优法：这个方法保留了上述两个方法的优点克服了两个方法中的缺点，是个较好的保种方法。假定每代选6对，每对都选自同一双亲的仔代同胞兄妹，在繁殖过程中，每一代均保持6对，当某对出现不孕或生产能力降低，而不适于继续繁殖时，则可从另一对所生的后代中选择优良者加以代替。近交系原种动物的维持方法见图3-2。
图3-2近交系原种群（基础群）的维持方法
（二）交配繁殖
1．近交系的培育要在专用固定的饲养室内进行。为了避免别的鼠系的进入和防止可能发生的感染，应有严密的隔离设备和措施。如墙壁门窗都不能有缝道，饲养罐盖子要十分严密，不能让任何小鼠随便进入。外观相似种系不同的动物应分室饲养。工作人员进入饲养室时需带口罩，非饲养人员不能随便进入。饲养罐、饮器、食具等使用前都要灭菌消毒等。
2．应该严格遵照单对配对，父母同罐的要求。这样便于随时检查和发现问题。而且雄鼠不离开雌鼠可以减少搞错谱系的危险，雄鼠也不干扰幼鼠的哺育和成长。一般不应采取一雄二雌的交配饲养方式，因为两个雌鼠可能同时怀孕，有时难于辨认年龄相仿的仔鼠与母鼠的关系。
3．对同系的每个鼠都应有详细明确的谱系和户籍记录：包括饲养罐号，同对的雌雄鼠号码（可根据父母鼠号码、胎数、同胎中第几号等确定）、培育代数、生育日期、胎数、产雌雄仔鼠数、断乳后存活的雌雄仔鼠数，选作传代交配的仔鼠号等等。记录不全或户籍登记错误往往会造成无法挽救的损失，特别是当这个错误未被及时发觉时。如果对一个动物谱系身份有怀疑，应立即予以丢弃。另外，所有饲养罐也要加贴有明确记录的标签并随时进行检查，发现任何情况都就立即记入户籍记录。
4．选用第一、二胎同胎仔鼠作b×s交配比b×o交配更易处理，而且常常繁殖的更好。如有必要也可用同父母不同胎的仔鼠配对。譬如在一胎仔鼠的性别完全或大部分相同的时候，经过很多代的近交繁殖以后，有时也可以用亲缘关系较远的堂（表）兄妹进行交配。当然这时近交系数要退回到它们的共同祖先（对堂兄妹交配来说是退回到祖代）这一代的F值。但如这种做法只是为了想提高繁殖较差的生育率，那么倒不如停止这条线的繁殖，另找一个生育较高的亚系作为近交繁殖的新起点更为妥善，因为前面的做法即使能够培育出一个近交系来，它的后裔也往往难以提供足够的实验动物数量。
5．在近交系培育过程中，为了保证对生育力有一定的选择范围（生育力的选择常常需要挑选多产和断乳后存活的仔鼠较多的亚系进行交配繁殖），每一代都应保留一定数目（3～4个）的亚系，以后随着代数的增加，除留下最后2～3代分出的亚系外，其余可陆续淘汰或抛弃，直到最后留下一个可追溯到基代的品系。因此除了记录下谱系和户籍之外，常常还需要随时绘制象下面的那些谱系图，如图3-3，以便分清或随时终止某些亚系。
图3-3 近交系培育过程中动物的谱系图
提供交配繁殖的亚系选择应特别注意：
（1）这个亚系应具有培育所需要的性状。
（2）至少与准备终断的亚系有差不多的生育率和生活力。在繁殖良好的种系中一般在第3～4代以后就可终断其它的亚系而只留一个亚系。如果子裔不太多，至少需传5～6代甚至10代以后才能这样作。
6．在完成20代b×s交配繁殖而建成一个近交系之后，要繁殖足够的动物提供实验需要，同时又不放弃选择最适合的动物进行繁殖并尽可能的保持遗传的一致性，最好的作法是从近交系中取出几对较好的动物继续照上面的办法进行b×s交配传代，并保持谱系和户籍记录，同时把其余的动物另室饲养，让最后三代任意交配，加速繁殖。可以每罐放1雄4雌，待受孕后取出母鼠，用它们的后代提供实验需要。开始时，应注意多保留雌鼠。
