小鼠的品种和品系很多，是实验动物中培育品系最多的动物。目前世界上常用的近交品系小鼠约有250多个，均具有不同特征。突变品系小鼠约有350多个。
1．以色而论，有白色、灰色、棕色、黄色、黑色等。如野生毛色小鼠有C3H、CBA/N等；黑色小鼠有C57BL/6、C57BL/10、C58品系等；灰色小鼠有C57L、DBA/2品系等；白色小鼠有A、AKR、BALB/c、RF、SWR等品系。
2．以肿瘤研究需要培育的品系很多，有自发瘤品系，如高癌株的C3/H/HCN、A系，津白Ⅱ号等；低癌株的C57BL/6N、C58、津白Ⅰ号等。诱发瘤品系，如乳腺癌小鼠：C3H、A品系等；胸腺癌小鼠：DBA（♀）、R111、BALB/C、C57BR等品系；肺癌小鼠：A、SWR、BALB/C、C57BL等品系；肝癌小鼠：C3H、C3He、C3Hf等品系；白血病小鼠：AKR、C58、C57BL等品系小鼠；卵巢癌小鼠C3H等品系。
3．为研究各种人类疾病需要培育的品系也很多，如研究心血管疾病的小鼠：DBA等品系；自家免疫性疾病小鼠：NZB/N、NZB×NZW等品系；脑积水病小鼠：C57BL/KaLwN、B10、D2/nSnN等品系；肾盂积水小鼠：C57L/N、STR/N等品系；白内障小鼠L：STAR/N等品系；多尿症小鼠：STR/N、STR/lN等品系；肾脏病A/HeN等品系；腭裂小鼠：A/HeN(自发)、C57BL/6N（诱发）等品系；放射病C57BR/CdJN(有抗力)、BALB/CAnN、LACA（敏感）等品系；毒浆原虫病小鼠：BALB/CAnN等品系；疟疾小鼠：C58/LWN、DBA/1JN（对疟原虫感染有抗力）、C57L/N（疟原虫易感）等品系。
4．为供药物和代谢等研究需要培育的品系有：矿物油过敏小鼠：BALB/CAnN等品系；免疫球蛋白缺乏小鼠：CBA/N等品系；胰岛素敏感小鼠：C57BR/CdJN等品系；类固醇代谢障碍小鼠：C57BL/10scN；维生素K缺乏小鼠： CBA/CaHN等品系；镇静剂实验小鼠：SJL、NZW等品系。
在微生物和各种实验研究中，以小白鼠最为普遍，有英国种、法国种、德国种和瑞士种等，而以瑞士种最著名。目前我国各生物制品、医学研究单位繁育的小白鼠为昆明种，该品系为封闭种群，最早在抗日战争时期从缅甸而来，在云南昆明繁殖，经过多年培育繁殖而成，该品系小鼠体型较大，繁殖力强。
近年来我国广大的医学、实验动物科研工作乾在研究肿瘤方面培育出L615品系小鼠、它系由C57BL品系小鼠与昆明品系杂交，通过二十代兄妹近亲交配培育出来的，对于白血病研究，它是比较好的一个品系；在这个品系基础上我国又培育出几个品系小鼠供白血病研究使用，如L7212、LS783、RS615、AL771、L6565和津638等品系；又如天津医学院培育出的自发瘤高癌系津白—Ⅱ小鼠，低癌系津白—Ⅰ小鼠，医科院培育出的A系小鼠，军科院培育出的Amml小鼠等都已在我国广泛应用。
5．为不同研究领域所培育的品系还有：供研究肿瘤常用的品系：A、AKR、BALB/C、RF、SWR、C3H、C57BL、C58、C57BR等品系；生理学研究上常用的品系：A、BALB/C、SWR、C3H、C57BL、C57BR等品系；研究辐射损伤常用的品系：RF、SJL、C3H、C57BL等品系；遗传学上常用的品系：C57BL等品系；免疫研究上常用的品系：C3H、C57BL、DBA/2、BALB/C等品系。
